Les musiques du Gabon semblent se distinguer par certains aspects importants des autres musiques d'Afrique centrale, en particulier du Cameroun et de Centrafrique. Cette singularité pourrait être liée à l'histoire complexe des populations de cette région. L'histoire de ces musiques, aujourd'hui presque inconnue, pourrait aider à mieux comprendre celle des personnes qui les pratiquent. Cette thèse explore l'utilisation des méthodes d'inférence historique, développées parallèlement en philologie, en systématique biologique et en linguistique historique afin de retrouver l'histoire des musiques et des populations. J'étudie un jeu de données obtenu par l'analyse (via les outils de la systématique musicale) de près de 200 pièces voco-instrumentales collectées dans une vingtaine de populations provenant de différentes régions du Gabon. Cette recherche nourrit des questionnements empiriques et théoriques concernant l'usage de la musique comme source historique, mais aussi sur la pratique de l'interdisciplinarité. / Gabonese music differs in several important ways from other Central African musics, especially music from Cameroon and Central African Republic. This could be due to the complex history of populations in this area. The history of these musics, almost unknown up to now, could help better understand the history of the people playing them. This thesis investigates the use of historical inference methods, indepndently developed in philology, in biological systematics and in historical linguistics, in order to discover the history of musics and populations. I analyse a dataset obtained through the analysis (thanks to the tools of musical systematics) of almost 200 voco-instrumental pieces collected in 20 different populations from various regions of Gabon. This investigation raises interesting empirical and theoretical questions concerning the use of music as historical source, but also concerning the practice of interdisciplinarity.