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PCR em tempo real na detecço e discriminação de Aspergillus fumigatus, Rhizopus arrhizus e Fusarium solani em biópsias obtidas de infecções invasivas em modelo experimental murino / Real-time PCR in the detection and discrimination of Aspergillus fumigatus, Fusarium solani and Rhizopus arrhizus in biopsies taken from murine models of invasive infection

Felix, Gabriel Naves 26 October 2018 (has links)
Nas últimas décadas, tem sido relatado o aumento de casos de infecções fúngicas invasivas por agentes oportunistas, tais como Aspergillus spp., Fusarium spp. e fungos da ordem Mucorales, em pacientes hospitalizados, particularmente os imunocomprometidos. Como os sintomas são frequentemente inespecíficos, esses patógenos não são identificados inicialmente como agentes causais. Além disso, muitas vezes o diagnóstico só é estabelecido em estágios tardios da infecção, pois as metodologias diagnósticas de rotina, como cultura e microscopia, apresentam limitações caracterizadas, sobretudo, por baixa sensibilidade e especificidade. Os métodos moleculares, incluindo as amplificações de material genômico por PCR, em tecidos a fresco e parafinados, têm sido mais aplicados para a melhoria na detecção e identificação desses patógenos. A técnica de PCR em tempo real apresenta a vantagem de fornecer resultados com rapidez e elevada sensibilidade, além de minimizar os riscos de contaminação ambiental das amostras. Para aprimorar o conhecimento sobre a eficácia desta técnica na detecção e identificação dos patógenos, neste estudo foram utilizados camundongos da linhagem BALB/c para o desenvolvimento de modelos de infecção invasiva por Aspergillus fumigatus, Rhizopus arrhizus e Fusarium solani. Após inoculação dos fungos por via intravenosa, os órgãos (pulmão, fígado, rins, cérebro e coração) foram retirados para realização dos exames de cultura, histopatologia, PCR semi-nested e PCR em tempo real. As culturas foram realizadas em ágar Sabouraud dextrose e incubadas por 3 a 5 dias à temperatura ambiente. Para as análises histopatológicas, uma parte dos órgãos foi emblocada em parafina e cortes foram submetidos às colorações por hematoxilina-eosina e Gomori-Grocott. Para as análises moleculares, foram realizadas clonagens dos amplicons obtidos com os mesmos primers gênero-específicos (Aspergillus spp. e Fusarium spp.) e ordem-específicos (mucoráceos) empregados nas reações de PCR. Os clones foram empregados na técnica de PCR em tempo real para avaliação da sensibilidade analítica dos ensaios e como controles positivos. Os tecidos a fresco e parafinados foram submetidos a extrações de DNA, e as amostras foram avaliadas por PCR do tipo semi-nested, e por PCR em tempo real, empregando-se os primers gênero e ordem-específicos. Após 48-72 horas, observou-se crescimento fúngico nas culturas, porém a identificação macroscópica foi possível somente após 96 horas. Nos exames histopatológicos foram observadas presença de estruturas fúngicas e alterações na morfologia tecidual, confirmando a disseminação da infecção nos três modelos experimentais. Os dois métodos de PCR (convencional e tempo real) empregando os primers para Aspergillus e mucoráceos demonstraram 100% de especificidade. Além disso, os primers para mucoráceos amplificaram amostras de DNA dos gêneros Rhizopus, Mucor e Lichtheimia, confirmando serem ordem-específicos. Por outro lado, os testes moleculares com emprego de diversos primers de Fusarium apresentaram reatividade cruzada, principalmente com amostras de DNA de Aspergillus e Rhizopus. O limiar de detecção (LD) das PCR semi-nested para Aspergillus e Rhizopus foi de 50 fentogramas de DNA, enquanto na PCR em tempo real o LD foi de 20 fentogramas de DNA e 2x102 plasmídios/ul. Os dois métodos moleculares detectaram DNA de Aspergillus e Rhizopus, em 100% das amostras de tecido a fresco e parafinado, corroborando com os resultados de cultura e histopatologia. Os resultados do estudo demonstraram que a PCR em tempo real foi capaz de detectar e diferenciar Aspergillus e Rhizopus nos tecidos a fresco e parafinados, com 100% de especificidade e maior sensibilidade analítica quando comparada à PCR semi-nested. Entretanto, os resultados obtidos com diversos primers de Fusarium utilizados nos ensaios de PCR foram inconsistentes em relação à especificidade das amplificações. A PCR em tempo real constituiu um método rápido para diagnosticar, com acurácia, aspergilose e mucormicose em tecidos, podendo ser implementada como alternativa na rotina diagnóstica de laboratórios de patologia ou microbiologia. Por outro lado, a técnica apresentou baixa especificidade com os primers de Fusarium selecionados neste estudo. Outras sequências gênicas deste fungo deverão ser avaliadas na técnica molecular para se atingir resultados precisos / Increase of invasive fungal infections by opportunistic agents, such as Aspergillus sp., Fusarium sp. and fungi from the order Mucorales, in immunocompromised patients has been reported in the last decades. As the symptoms are often non-specific, diagnosis are only established in late stages of infection. Routine diagnostic methodologies, such as culture and direct microscopy, have limitations due to their low sensitivity and specificity. Molecular methods, including amplifications of nucleic acids by PCR in fresh and paraffined tissues, have been more frequently applied to improve the detection and identification of these pathogens. The real-time PCR (qPCR) technique has the advantage of providing fast results with high sensitivity, as well as minimizing the risks of environmental contamination of the samples. This study aimed to evaluate the effectiveness of this technique for detection and discrimination of the fungal pathogens in tissues taken from BALB/c mice intravenously inoculated with Aspergillus fumigatus, Rhizopus arrhizus and Fusarium solani. The organs (lung, liver, kidneys, brain and heart) were removed from animals and analysed by culture, histopathology, semi-nested PCR and qPCR. Recombinant plasmid clones containing small sequences of Aspergillus, Fusarium and mucoraceous were used to draw qPCR standard curves and to evaluate the analytical sensitivity of the assays. The fresh and paraffined tissues were submitted to DNA extractions, and samples were evaluated by semi-nested PCR and qPCR with genus-specific primers for Aspergillus and Fusarium, and order-specific primers for mucoraceous. Cultures were positive for all fresh tissue samples. Presence of typical fungal structures and alterations in tissue morphology were observed in the histopathological examinations, confirming the dissemination of infection in the three experimental models. Both PCR assays employing Aspergillus and mucoraceous primers demonstrated 100% specificity. On the other hand, molecular tests using at least six different Fusarium primers showed cross reactivity, mainly with Aspergillus and Rhizopus DNA samples. The limit of detection (LD) of the semi-nested PCR for Aspergillus and Rhizopus was 50 femtograms of DNA, while for the qPCR it was 20 femtograms of DNA, and 2x102 plasmids/?l. Both molecular methods detected Aspergillus and Rhizopus DNA in 100% of fresh and paraffined tissue samples, corroborating the results with cultures and histopathology. The results of the study demonstrated that qPCR assay was able to detect and differentiate Aspergillus and Rhizopus in fresh and paraffined tissues, with 100% of specificity and higher analytical sensitivity when compared to semi-nested PCR assay. However, the results obtained with several Fusarium primers in the PCR assays were inconsistent regarding specificity of the amplifications. Real-time PCR assay is a fast and accurate method to diagnose aspergillosis and mucormycosis in tissues, and could be implemented as an alternative tool for diagnostic routine in pathology or microbiology laboratories. On the other hand, the technique showed low specificity with the Fusarium primers selected in this study. Other gene sequences should be evaluated by PCR assays techniques to achieve accurate results
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Efeitos da deficiência de vitamina D na função renal de ratos tratados com Anfotericina B em emulsão lipídica / Vitamin D deficiency induces acute kidney injury in rats treated with lipid formulation of amphotericin B

Ferreira, Daniela 24 June 2019 (has links)
As infecções fúngicas invasivas (IFIs) são um problema de saúde pública e representam uma importante causa de morbidade e mortalidade. A Anfotericina B (AnfB) é a droga de escolha no tratamento das IFIs. Apesar da sua eficácia, a AnfB está associada com efeitos adversos como a nefrotoxicidade. Com o número elevado de pacientes suscetíveis às IFIs, estudos foram desenvolvidos e demonstraram que a nefrotoxicidade pode ser prevenida através do uso de AnfBs modificadas. Dessas modificações, a AnfB incorporada à uma emulsão lipídica (AnfB/EL) apresenta baixo custo e similar eficácia. Existe uma alta prevalência de deficiência de vitamina D (dVD) na população mundial. Sendo assim, a hipovitaminose D pode acelerar a progressão da doença renal e refletir em mau prognóstico em casos de nefrotoxicidade. Esse trabalho visa analisar se a deficiência da vitamina D pode induzir a nefrotoxicidade da AnfB/EL. Ratos Wistar foram divididos em quatro grupos: controle, animais que receberam dieta padrão por 34 dias; AnfB/EL, animais que receberam dieta padrão por 34 dias e injeção intraperitoneal de AnfB/EL (5mg/kg/dia) nos últimos 4 dias; dVD, animais que receberam dieta depletada em vitamina D por 34 dias; e dVD+AnfB/EL, animais que receberam dieta depletada em vitamina D por 34 dias e a injeção intraperitoneal de AnfB/EL (5mg/kg/dia) nos últimos 4 dias. Amostras de sangue, urina e tecido renal foram coletadas para a análise dos efeitos da droga sobre a função, hemodinâmica e morfologia renal. A associação de AnfB/EL com a hipovitaminose D levou a injúria renal, lesão tubular discreta, hiperfosfatúria, hipermagnesiúria, hipertensão e comprometimento do mecanismo de concentração urinária. Dessa forma, é essencial monitorar os níveis de vitamina D em pacientes tratados com AnfB/EL, uma vez que a deficiência dessa vitamina é um fator indutor de nefrotoxicidade associada ao uso da AnfB/EL / Invasive fungal infections (IFI) have become a worldwide serious health problem and represent a significant cause of morbidity and mortality. Amphotericin B (AmB) is the drug of choice for the treatment of IFI. Despite its efficacy, use of AmB has been associated with adverse reactions such as nephrotoxicity The increasing number of high-risk patients, who are more susceptible to IFI and are more likely to use AmB, has enabled the development of modified AmBs in order to reduce nephrotoxicity. Among these formulations, an extemporaneous lipid emulsion preparation of AmB (AmB/LE) is a lower cost alternative with similar benefits. Moreover, studies have shown a high prevalence of vitamin D deficiency (VDD) in immunocompromised individuals and patients hospitalized in intensive care units. Thus, vitamin D deficiency or insufficiency may hasten the progression of kidney disease and reflect on a worse prognosis in cases of acute kidney injury and drug-induced nephrotoxicity. In view of the high worldwide incidence of hypovitaminosis D, the aim of this study was to investigate whether vitamin D deficiency may induce AmB/LE-related nephrotoxicity. Wistar rats were divided into four groups: control, received a standard diet for 34 days; AmB/LE, received a standard diet for 34 days and AmB/LE (5mg/kg/day) intraperitoneally in the last 4 days; VDD, received a vitamin D-free diet for 34 days; and VDD+AmB/LE, received a vitamin D-free diet for 34 days and AmB/LE (5mg/kg/day) intraperitoneally in the last 4 days. Blood, urine and renal tissue samples were collected in order to evaluate the effects of the drug on renal function, hemodynamic and morphology. Association of AmB/LE and vitamin D deficiency led to impaired renal function, mild tubular injury, hypertension and urinary concentration defect. Hence, it is important to monitor vitamin D levels in AmB/LE treated patients, since vitamin D deficiency induces AmB/LE nephrotoxicity

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