Ces dernières années, la biologie a subi une profonde mutation, impulsée notamment par les technologies à haut débit et la montée de la génomique personnalisée. L’augmentation massive et constante de l’information biologique qui en résulte offre de nouvelles opportunités pour comprendre la fonction et l’évolution des gènes et génomes à différentes échelles et leurs rôles dans les maladies humaines. Ma thèse s’est articulée autour de la relation entre chercheurs et information biologique, et j’ai contribué à (OrthoInspector) ou créé (Parsec, MyGeneFriends) des systèmes permettant aux chercheurs d’accéder, analyser, visualiser, filtrer et annoter en temps réel l’énorme quantité de données disponibles à l’ère post génomique. MyGeneFriends est un premier pas dans une direction passionnante, faire en sorte que ce ne soient plus les chercheurs qui aillent vers l’information, mais que l’information pertinente aille vers les chercheurs sous une forme adaptée, permettant l’accès personnalisé et efficace aux grandes quantités d’informations, la visualisation deces informations et leur interconnexion en réseaux. / In recent years, biology has undergone a profound evolution, mainly due to high through put technologies and the rise of personal genomics. The resulting constant and massive increase of biological data offers unprecedented opportunities to decipher the function and evolution of genes and genomes at different scales and their roles in human diseases. My thesis addressed the relationship between researchers and biological information, and I contributed to (OrthoInspector) or created (Parsec, MyGeneFriends) systems allowing researchers to access, analyze, visualize, filter and annotate in real time the enormous quantity of data available in the post genomic era. MyGeneFriends is a first step in an exciting new direction: where researchers no longer search forinformation, but instead pertinent information is brought to researchers in a suitable form, allowing personalized and efficient access to large amounts of information, visualization of this information,and their integration in networks.

Einer der bestimmenden Faktoren moderner Gesellschaften ist die fortlaufende Digitalisierung von Informationen und Resourcen. Dieser Trend spiegelt sich in heutiger Forschung wider und hat starken Einfluss auf akademische und industrielle Projekte. Es ist nahezu unmöglich, ein modernes Projekt aufzusetzen, welches keinerlei digitale Aspekte beinhaltet und viele Projekte werden mit dem alleinigen Zweck der Digitalisierung eines Teils der Welt ins Leben gerufen. Dieser Trend führt zur Entstehung neuer Forschungsfelder an den Schnittstellen zwischen der analogen Welt -- beispielsweise den Geisteswissenschaften -- und der Digitalen -- beispielsweise der Informatik. Eine davon ist das für diese Arbeit interessante Gebiet der Digital Humanities. Dabei werden komplexe Forschungsfragen, -techniken und -prinzipien verbunden, die sich unabhängig voneinander entwickelten. Viel Mühe ist nötig, um die Kommunikation zwischen deren Konzepte zu definieren um Missverständnisse und Fehleinschätzungen zu vermeiden. Dieser Prozess der Brückenbildung ist eine zentrale Aufgabe der neu entstehenden Forschungsfelder. Diese Arbeit schlägt eine solche Brücke für die textorientierten Digital Humanities vor. Diese Lösung basiert auf einem Referenzsystem für digitalen Text, welches in den Geisteswissenschaften spezifiziert und im Rahmen dieser Arbeit zu einem Datenkommunikationsprotokoll für die Informatik uminterpretiert wurde: dem Canonical Text Service (CTS) Protokoll. / One of the defining factors of modern societies is the ongoing digitization of information, resources and in many ways even life itself. This trend is obviously also reflected in today's research environments and heavily influences the direction in which academic and industrial projects are headed. It is borderline impossible to set up a modern project without including digital aspects and many projects are even set up for the sole purpose of digitizing a specific part of the world. One of the side effects of this trend is the emergence of new research fields at the intersection points between the analog world -- represented for example by the humanities -- and the digital world -- represented for example by computer science. One set of such research fields are the digital humanities, the area of interest for this work. In the process of this development, complex research questions, techniques, and principles are aligned next to each other that were developed independently from another. A lot of work has to go into defining communication between the concepts to prevent misunderstandings and misconceptions on both sides. This bridge building process is one of the major tasks that must be done by the newly developed research fields. This work proposes such a bridge for the text-oriented digital humanities based on a digital text reference system that was previously developed in the humanities and is in this work reinterpreted as a data communication protocol for computer science: The Canonical Text Service (CTS) protocol.