Citriculture is an important agroindustrial activity for Brazil and citrus production is concentrated in São Paulo State. However, the activity is facing a Huanglongbing (HLB) epidemic which is considered to be the main threat to global citrus production. In spite of many management efforts, the incidence of HLB continues to increase since its detection in São Paulo State, in 2004. The difficulty of handling HLB is associated with the migration of the vector, Diaphorina citri, which acquires the bacteria in external inoculum sources and the limited effect of the strict HLB management performed by farms (eradication of symptomatic trees and frequent vector control) on the primary dissemination of the disease. Thus, epidemiological studies can facilitate the understanding of the complex pathosystem and help in the decision of more efficient control measures. The objectives of this study were: 1) to determine the spatial pattern of HLB in 24 citrus blocks under strict management of the disease and 2) to study the temporal progress of the disease and the spatial distribution of HLB and the vector in a large scale property that carried out the strict management of the disease and its association with external inoculum sources. To verify the spatial pattern of HLB, modified Ripley\'s K-function and kernel density estimation maps were used. The results showed that the regular distribution pattern of HLB symptomatic trees prevailed in the blocks studied and a weak aggregation of approximately 58 m was observed at the edges of the blocks. The largest aggregation distances and averages of D. citri/trap occurred in blocks located at the periphery of the properties. The regular spatial pattern and the concentration of disease and vector in the periphery of the properties evidenced the importance of primary dissemination. For the study of the disease temporal progress, the Gompertz and logistic models were adjusted to the annual progress of HLB for 177 blocks. The distribution of HLB progress rates and incidence (for 177 blocks) and average D. citri/trap (for 296 blocks) were visualized on gradient maps. The disease progress rate values obtained with the Gompertz model (0.04 to 0.28 per year), average HLB incidence (0.11) and average D. citri/trap (0.016) were low compared with literature data. The variables presented the highest values for blocks located at the periphery of the property, rather than for blocks surrounded by citrus. Many noncommercial plants, potentially serving as source of inoculum, were found near blocks with the highest rates of disease progress, HLB incidence and average D. citri/trap. The results demonstrated the importance of primary dissemination in areas that carry out a strict HLB management. Therefore, in order to reduce new infections, HLB management must effectively reduce external sources of inoculum and regional management should include, in addition to commercial orchards, noncommercial plants. / A citricultura é uma importante atividade agroindustrial para o Brasil e grande parte da produção se concentra no estado de São Paulo. Entretanto, a produção de laranja enfrenta, atualmente, uma epidemia de Huanglongbing (HLB), doença considerada a principal ameaça à citricultura mundial. Apesar de muitos esforços no manejo, a incidência de HLB continua aumentando desde a sua detecção no estado de São Paulo, em 2004. A dificuldade de manejo de HLB está associada à migração do inseto vetor, Diaphorina citri, que adquire a bactéria em fontes de inóculo externas e ao efeito limitado do manejo rigoroso da doença realizado pelas fazendas (erradicação de plantas sintomáticas e controle frequente do vetor) sobre a disseminação primária da doença. Assim, estudos epidemiológicos podem facilitar o entendimento do complexo patossistema e auxiliar na decisão de medidas de controle mais eficientes. Os objetivos desse trabalho foram: 1) determinar o padrão espacial de HLB em 24 blocos cítricos sob o manejo rigoroso da doença e 2) estudar o progresso temporal da doença e a distribuição espacial de HLB e do vetor em uma propriedade de larga escala que realizou o manejo rigoroso da doença e sua associação com fontes externas de inóculo. Para verificar o padrão espacial de HLB, utilizou-se a analise função-K de Ripley modificada e mapas de densidade de kernel. Os resultados demonstraram que o padrão de distribuição regular de plantas sintomáticas de HLB prevaleceu nos blocos estudados e uma agregação fraca de aproximadamente 58 m foi observada nas bordas dos blocos. As maiores distâncias de agregação e médias de D. citri/armadilha ocorreram em blocos localizados na periferia das propriedades. O padrão espacial regular e a concentração da doença e do vetor na periferia da propriedade evidenciaram a importância da disseminação primária na área. Para o estudo do progresso temporal, os modelos Gompertz e logístico foram ajustados ao progresso anual da doença de 177 blocos. A distribuição das taxas de progresso e incidência de HLB (para 177 blocos) e a média de D. citri/armadilha (para 296 blocos) foram visualizadas em mapas de gradiente. Os valores encontrados de taxa de progresso da doença, obtida com o modelo de Gompertz (de 0,04 a 0,28 por ano), incidência média de HLB (0,11) e média de D. citri/armadilha (0,016) foram baixos em comparação com dados da literatura. As variáveis apresentaram os maiores valores para blocos localizados na periferia da propriedade do que para blocos rodeados por citros. Uma grande quantidade de plantas não comerciais, e potencialmente servindo como fonte de inóculo, foi encontrada perto de blocos que apresentam as maiores taxas de progresso e incidências de HLB e médias de D. citri/armadilha. Os resultados encontrados demonstraram a importância da disseminação primária em áreas que realizam o manejo rigoroso de HLB. Portanto, para reduzir novas infecções, o manejo do HLB precisa reduzir efetivamente as fontes externas de inóculo e o manejo regional deve incluir, além de pomares comerciais, plantas não comerciais.

O desenvolvimento industrial tem, como conseqüência, a maior geração de resíduos, muitos deles tóxicos aos seres vivos. Dentre esses, benzeno, tolueno e xilenos (BTX), derivados do petróleo, estão contaminando aqüíferos por acidentes no transporte e no armazenamento. Por esse motivo, diversas pesquisas têm sido realizadas buscando formas de biodegradar BTX. Esses trabalhos indicam que os principais fatores que podem influenciar a degradação biológica dos BTX são temperatura, pH, disponibilidade de nutrientes, concentração de tóxicos e diversidade de microrganismos. Visando contribuir com o estudo desses fatores, este trabalho teve por objetivo avaliar a influência do inóculo e de aceptores de elétrons no processo de degradação anaeróbia de BTX. Neste trabalho três inóculos foram pesquisados: 1- biomassa proveniente de reator anteriormente submetido à mistura de gasolina comercial e água; 2- biomassa proveniente de reator da estação de tratamento de esgoto da USP - São Carlos; 3- biomassa proveniente de reator tratando água residuária de abatedouro de aves. Os resultados obtidos comprovaram que a origem do inóculo foi fundamental na degradação anaeróbia de BTX, pois os inóculos apresentaram diferentes períodos de adaptação e porcentagens de degradação do tóxico. Depois de 93 dias de operação os inóculos 1, 2 e 3 apresentaram eficiência de remoção de BTX da ordem de 57%, 83% e 90%, respectivamente. O reator com o inóculo 3 foi submetido a condições metanogênica, sulfetogênica com presença e ausência de Ferro (III). Os resultados demonstraram que a degradação dos BTX foi influenciada pelas diferentes condições adotadas. A adição de Fe (III) melhorou a degradação dos BTX, do reator sob condições sulfetogênicas. / The industrial development has increased the generation of residues. Some of them are toxics and impact the environment. Benzene, toluene and xylenes (BTX), petroleum sub products, are examples of such toxic compounds. These compounds may contaminate aquifers as a result of accidents during transportation or of leakages of storage tanks. Several factors are reported to affect the biodegradation of BTX, such as: temperature, pH, availability of nutrients, concentration of toxics and diversity of microorganisms. This research aimed to study some of these factors, such as different inoculum sources and different electrons acceptors during BTX degradation processes in an horizontal-flow anaerobic immobilized biomass (HAIB) reactor. In this research three inocula were studied: 1- an adapted microbial community for BTX degradation; 2 - microorganisms collected from a pilot-scale UASB reactor treating domestic wastewater; and 3 - Microorganisms collected from an UASB treating poultry slaughterhouse industry wastewater. The results have shown that the inoculum sources were fundamental to the adaptation period for the toxic biodegradation, producing different BTX removal efficiencies. After 93 days of operation, the inocula 1, 2 and 3 showed BTX removal efficiency of 57, 83 and 90%, respectively. The inoculum 3 was submitted to conditions of methanogesis and sulfetogenesis in the presence and absence of Fe (III). The results demonstrated that BTX degradation was affected by the different conditions adopted, showing that the addition of Fe (III) improved biodegradation in the reactor under sulfate reduction condition.

O desenvolvimento industrial tem, como conseqüência, a maior geração de resíduos, muitos deles tóxicos aos seres vivos. Dentre esses, benzeno, tolueno e xilenos (BTX), derivados do petróleo, estão contaminando aqüíferos por acidentes no transporte e no armazenamento. Por esse motivo, diversas pesquisas têm sido realizadas buscando formas de biodegradar BTX. Esses trabalhos indicam que os principais fatores que podem influenciar a degradação biológica dos BTX são temperatura, pH, disponibilidade de nutrientes, concentração de tóxicos e diversidade de microrganismos. Visando contribuir com o estudo desses fatores, este trabalho teve por objetivo avaliar a influência do inóculo e de aceptores de elétrons no processo de degradação anaeróbia de BTX. Neste trabalho três inóculos foram pesquisados: 1- biomassa proveniente de reator anteriormente submetido à mistura de gasolina comercial e água; 2- biomassa proveniente de reator da estação de tratamento de esgoto da USP - São Carlos; 3- biomassa proveniente de reator tratando água residuária de abatedouro de aves. Os resultados obtidos comprovaram que a origem do inóculo foi fundamental na degradação anaeróbia de BTX, pois os inóculos apresentaram diferentes períodos de adaptação e porcentagens de degradação do tóxico. Depois de 93 dias de operação os inóculos 1, 2 e 3 apresentaram eficiência de remoção de BTX da ordem de 57%, 83% e 90%, respectivamente. O reator com o inóculo 3 foi submetido a condições metanogênica, sulfetogênica com presença e ausência de Ferro (III). Os resultados demonstraram que a degradação dos BTX foi influenciada pelas diferentes condições adotadas. A adição de Fe (III) melhorou a degradação dos BTX, do reator sob condições sulfetogênicas. / The industrial development has increased the generation of residues. Some of them are toxics and impact the environment. Benzene, toluene and xylenes (BTX), petroleum sub products, are examples of such toxic compounds. These compounds may contaminate aquifers as a result of accidents during transportation or of leakages of storage tanks. Several factors are reported to affect the biodegradation of BTX, such as: temperature, pH, availability of nutrients, concentration of toxics and diversity of microorganisms. This research aimed to study some of these factors, such as different inoculum sources and different electrons acceptors during BTX degradation processes in an horizontal-flow anaerobic immobilized biomass (HAIB) reactor. In this research three inocula were studied: 1- an adapted microbial community for BTX degradation; 2 - microorganisms collected from a pilot-scale UASB reactor treating domestic wastewater; and 3 - Microorganisms collected from an UASB treating poultry slaughterhouse industry wastewater. The results have shown that the inoculum sources were fundamental to the adaptation period for the toxic biodegradation, producing different BTX removal efficiencies. After 93 days of operation, the inocula 1, 2 and 3 showed BTX removal efficiency of 57, 83 and 90%, respectively. The inoculum 3 was submitted to conditions of methanogesis and sulfetogenesis in the presence and absence of Fe (III). The results demonstrated that BTX degradation was affected by the different conditions adopted, showing that the addition of Fe (III) improved biodegradation in the reactor under sulfate reduction condition.

Las enfermedades de la madera se encuentran entre las patologías más dañinas que afectan al cultivo de la vid. El pie negro es una de las más destacadas, afectando a las plantas en vivero y en plantaciones jóvenes. Los agentes causales están incluidos dentro de los géneros Campylocarpon, ¿Cylindrocarpon¿, Cylindrocladiella e Ilyonectria. Éstos se caracterizan por ser habitantes del suelo y, se ha demostrado que permanecen en él, infectando al material de propagación cultivado en campos de vivero. La presencia de hongos asociados al pie negro en vivero, así como sus fuentes potenciales de inóculo en suelos de vivero y de viñedos comerciales, no han sido nunca estudiados en España. En este sentido, el objetivo de esta Tesis ha sido estudiar la epidemiología de hongos que causan el pie negro de la vid en España. En primer lugar, las distintas fases del proceso viverístico se evaluaron como fuentes potenciales de inóculo de estos patógenos. Se tomaron muestras en cuatro fases del proceso de propagación de las que se extrajo el ADN, detectándose las especies causantes del pie negro de la vid mediante multiplex, nested PCR. En las fases estudiadas se detectaron I. liriodendri y el complejo I. macrodidyma. También se estudió la detección de especies de Ilyonectria en material de propagación de vid, antes y después de la fase de enraizamiento en campos de vivero, mediante técnicas de aislamiento y multiplex, nested PCR. Este estudio confirmó que el número de plantas infectadas con estos patógenos aumenta durante el proceso de enraizamiento en campos de vivero. Ilyonectria torresensis fue la única especie aislada de las plantas tras la inducción del callo. Sin embargo, las especies I. liriodendri, I. novozelandica e I. torresensis se aislaron frecuentemente tras el período de cultivo en campos de vivero. Respecto a la detección molecular, se detectaron un número elevado de muestras positivas en planta tras la inducción del callo y después del proceso de enraizamiento. Mediante el uso de cuatro técnicas diferentes, aislamiento fúngico a partir de raíces de plántulas de vid utilizadas como plantas trampa, aislamiento a partir de raíces de malas hierbas, multiplex, nested PCR y qPCR, se estudió el suelo de campos de plantas madre como fuente de inóculo de estos patógenos. De las raíces de plantas trampa se aislaron las especies I. alcacerensis, I. macrodidyma, I. novozelandica e I. torresensis. ¿Cylindrocarpon¿ macrodidymum fue la única especie aislada de las raíces de malas hierbas. En los análisis de suelos realizados mediante multiplex, nested PCR así como mediante qPCR se observó un elevado porcentaje de detección del complejo I. macrodidyma en muestras de ADN de suelo, mientras que el porcentaje de detección de I. liriodendri fue menor. Las mismas técnicas descritas para campos de plantas madre se utilizaron para estudiar los suelos de campos de vivero y de viñedos comerciales. Los resultados obtenidos en estos dos tipos de campos fueron similares a los obtenidos en campos de plantas madre. Finalmente, se estudió el efecto de la temperatura, pH y potencial osmótico (¿s) sobre el crecimiento miceliar, la esporulación y la producción de clamidosporas de ¿C.¿ liriodendri, ¿C.¿ macrodidymum y ¿C.¿ pauciseptatum, con el objetivo de mejorar el conocimiento de los factores que afectan al crecimiento, reproducción y supervivencia de estos patógenos. Todos los aislados estudiados crecieron en un rango de temperaturas comprendido entre 5 y 30ºC. Se observó crecimiento miceliar en un rango de pH comprendido entre 4 y 8. Respecto al efecto del ¿s, el crecimiento miceliar fue mejor en medio de cultivo PDA ajustado a -0,5, -1,0 y/o -2,0 MPa en comparación con el crecimiento miceliar observado en PDA sin ajustar a ningún ¿s (-0,3 MPA). La mayoría de los aislados de ¿Cylindrocarpon¿ esporularon a todas las temperaturas, pHs y valores de ¿s estudiados. En general, la producción de clamidosporas no se vio afectada por la temperatura, el pH y el ¿s. / Agustí Brisach, C. (2013). Studies on the epidemiology of black-foot disease of grapevine in Spain [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/27598