L'interface native permet à un logiciel de profiter des avantages des langages natifs ainsi que de ceux du langage de haut niveau. Elle intervient entre les différents langages pour permettre les appels de méthodes et la conversion des données. Son utilisation amène cependant généralement une perte de sûreté à l'exécution du logiciel et son emploi est souvent complexe. Dans le cadre de cette recherche, nous développons l'interface native du langage de programmation à objets Nit. Notre recherche vise à résoudre au mieux les problèmes soulevés par l'utilisation d'une interface native, et ce, par une analyse rigoureuse des différents détails de conception d'une interface. Notre intention est donc de concevoir, selon des objectifs précis, l'interface native idéale pour le langage Nit. Pour mettre à l'épreuve notre proposition, nous avons conçu et implémenté l'interface native du compilateur Nit. La conception de cette interface native s'appuie donc sur des objectifs que nous considérons garants d'une interface native de qualité. Ces objectifs consistent à préserver la sûreté d'exécution du logiciel, maintenir une connaissance du flot d'appels, utiliser le langage Nit de façon expressive et selon ses forces, conserver une syntaxe naturelle en C ainsi qu'offrir une interface native versatile et d'utilisation rapide par tout autre moyen. Pour atteindre ces objectifs, nous proposons quatre grandes approches clés : la forme des modules hybrides pour gérer la coexistence de deux langages; une déclaration explicite des appels de méthodes réalisées depuis le langage C pour conserver la connaissance du flot d'appels; une représentation symétrique des types et méthodes Nit en C pour en permettre une utilisation naturelle et vérifiée statiquement; les classes natives qui représentent les types C en Nit et leur appliquent les forces du paradigme de programmation à objets, dont le polymorphisme. Enfin, pour valider l'interface native proposée et implémentée, nous présentons comment nous avons utilisé cette interface pour réaliser des modules et des logiciels Nit. Nous démontrons également que cette interface peut être utilisée dans le développement d'autres interfaces spécialisées en fonction de besoins spécifiques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : interface native, interface de fonctions étrangères, compilation, langages de programmation à objets

Le débogage tient une place grandissante dans le cycle de développement d'un logiciel. Les recherches dans ce domaine tentent de créer des outils permettant un accès plus rapide aux fautes, quel que soit le langage de programmation utilisé. Étant donné l'indépendance du code Java vis-à-vis de la plateforme sur laquelle il est exécuté, la machine virtuelle Java doit fournir un ensemble de mécanismes permettant aux outils de débogage d'accéder aux informations relatives à l'exécution de l'application déboguée. Bien que la grande majorité des machines virtuelles commerciales soient dotées de mécanismes de support au débogage, aucune libre, en revanche, n'offrait une telle fonctionnalité à l'achèvement de nos travaux. La principale motivation derrière ce mémoire a été la mise en lumière des différentes étapes jalonnant la mise en place d'une architecture de débogage Java totalement libre. Nous décrivons ici le choix de l'architecture et les critères nous ayant conduits à ce choix. Nous détaillons également les entités intervenant dans cette architecture, leur nature et leur rôle. Nous proposons enfin une critique constructive des normes régissant ce domaine, suggérant quelques améliorations possibles. Dans le cadre de nos travaux, nous avons réalisé l'implantation de l'interface de débogage Java (Java Virtual Machine Debug Interface, JVMDI) au sein de SableVM, machine virtuelle Java libre et conforme aux normes. D'autre part, nous avons développé un module indépendant permettant d'établir la connexion entre machine virtuelle Java et débogueur. Ce module gère également les objets manipulés durant une session de débogage, ainsi que les événements générés par la machine virtuelle. Finalement, nous avons connecté les éléments conçus ou modifiés dans le cadre de notre étude à d'autres éléments existants au préalable (Eclipse, un débogueur Java disponible librement). Les résultats obtenus lors des tests nous ont conforté dans les différents choix effectués lors du développement. L'utilisation de débogueurs totalement indépendants de la machine virtuelle utilisée, tel Eclipse, et la bonne tenue des sessions de débogage effectuées ont permis la validation de la conformité de nos travaux aux normes en vigueur. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Machine virtuelle, Java, SableVM, Débogage, Interface de débogage, Architecture de débogage, JDWP, JVMDI, JPDA, JVMTI, JRE.

Depuis son apparition, le logiciel T-Rex (tree and reticulogram recontruction) est un outil puissant pour la reconstruction et la visualisation d'arbres phylogénétiques et de réticulogrammes. Un réticulogramme est un réseau phylogénétique permettant de représenter les phénomènes d'évolution réticulée tels que l'hybridation, la recombinaison génétique et le transfert latéral de gènes. La reconstruction peut être faite à partir des matrices de distances complètes, des matrices de distances incomplètes et des séquences moléculaires. Dans le but de permettre aux biologistes et aux bioinformaticiens de bénéficier des différentes options, modes de calcul, ainsi que des diverses nouveautés de T-Rex, nous avons développé la version Web de ce logiciel. Dans ce mémoire, nous décrivons les différentes fonctions, méthodes et outils inclus dans T-Rex Web. Nous décrivons aussi les nouveaux programmes ajoutés à T-Rex Web, tels que ClustalW, Calcul de la distance topologique de Robinson et Foulds, et Species Taxonomy. La dernière option permet de générer une matrice de distances d'arbre et de reconstruire des arbres phylogénétiques à partir des listes des lignées des espèces données. La version Web du logiciel T-Rex est disponible à l'adresse URL suivante: www.trex.uqam.ca. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : T-Rex, arbre phylogénétique, matrice de distance, réticulogramme, interface Web, taxonomie d'espèces.

Je souhaite pouvoir explorer le graphisme, l'ergonomie et la visualisation de l'information dans la création de produits multimédias et partager mon expérience et le résultat de ces recherches, avec les interacteurs qui utiliseront cette oeuvre. Mais je veux aussi leur offrir une possibilité d'expression afin d'améliorer, par la suite, ma propre expérience sur ces sujets. Pour que cela soit possible, j'ai développé deux aspects distincts: ma recherche personnelle avec le moyen de la mettre à disposition pour exprimer mon besoin de création, et les procédés pertinents pour y intégrer une participation créatrice de l'interacteur. De ce fait, cette oeuvre est produite comme un outil, utile et attirant pour l'interacteur, qui intègre un système de collecte de l'information. « Tracks31 », se découpe donc en deux parties: Un outil Internet et un jeu « exploratoire » ou ludoéducatif. Au travers de ce document, je vais définir ces deux aspects du projet et bien d'autres éléments s'y rattachant. Pour résumer simplement ce qu'est tracks31, voici les phrases qui définissent l'oeuvre en elle-même et qui se retrouvent sur son site, ww.tracks31.com : « Träcks31 » est un outil simple pour créer, sauvegarder et partager vos navigations sur Internet. Vous pouvez démarrer une session de navigation maintenant, ou explorer celles qui existent et suivre les traces d'un utilisateur de « träcks31 ». Si vous voulez garder un historique de vos sessions de navigations, ou les modifier, vous pouvez créer ou utiliser un compte. « Träcks31 » est aussi une base de données universitaire pour la recherche sur les interfaces multimédias et la visualisation de l'information. Ces informations sont recueillies au travers d'une interface, qui vous permet de vous tester en jouant une session « träcks31 ». ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Ergonomie, Visualisation de l'information, Internet, Multimédia, Graphisme, Outil, Web 2.0, Exploration, Ludoéducatif, Tracks31, Session de navigation, Jeu, Création, Échange, Captation de données, Gestion de données, Architecture de l'information, Interfaces, Recherche.