Darbe apžvelgiama Lietuvoje gautos ES finansinės paramos valdymo ir kontrolės sistema, susisteminami pagrindiniai Europos Komisijos reikalavimai kontrolės sistemai, apibrėžiamas Europos Sąjungos finansinės paramos lėšų vidaus audito vaidmuo visoje paramos lėšų kontrolės sistemoje ir analizuojamas vidaus audito pasirengimas tinkamam priskirtų funkcijų įgyvendinimui. Darbe iškelta hipotezė pasitvirtino tik iš dalies. Lietuvos valstybinio sektoriaus vidaus auditas nesuteikia pilnos garantijos, kad Europos Sąjungos paramos lėšos naudojamos teisėtai, tinkamai ir tik finansuotinoms išlaidoms dengti, dėl nepakankamų praktinių įgūdžių, nepakankamo vidaus auditorių skaičiaus, specialiųjų gebėjimų neturėjimo, nemotyvuotos mokymo politikos, netobulo veiklos planavimo. / This job reviews the system of the European Union funds control, the role of internal audit and the internal audit readiness to guarantee that the European Union funds are used legallyand properly. The hypothesis suggested at the beginning of the work proved out only partially. The internal sector of the Lithuanian state sector does not give a full guarantee that the European Union funds are used legally, properly and only in order to reimburse the costs to be financed, due to the lack of efficient practical skills, insufficient number of internal auditors, absence of special capasities, unmotivated training policy, incomplete planning of activities.