El objetivo del presente estudio fue aislar e identificar por técnicas moleculares cepas bacterianas pertenecientes a géneros con potencial aplicación probiótica presentes en el intestino de cuyes (Cavia porcellus), como futura posible alternativa al uso de antibióticos. Para ello, se utilizaron 13 cuyes, diez de ellos neonatos de 2 a 6 días de edad y tres adultos de 2 meses de edad, se les extrajo el intestino de cada uno de ellos y se tomaron muestras raspando la mucosa intestinal, éstas se sembraron en diferentes medios de cultivo sólido con la finalidad de lograr aislar colonias con características fenotípicas de géneros bacterianos de conocido potencial probiótico (Lactobacillus, Enterococcus, Streptococcus, Bacillus, Bifidobacterium). Se identificaron las 27 cepas más representativas por medio de la amplificación, secuenciamiento y análisis bioinformático del gen 16S RNAr. Las secuencias de DNA fueron comparadas con tres diferentes bases de datos: Blast server for bacterial identification, Ribosomal database Project, BIBI database para identificar género. Resultó que el 85.18% (23) de las bacterias identificadas pertenecieron a los géneros Lactobacillus, Enterococcus, Streptococcus y Bacillus; el 14.81% (4) restante identificó géneros bacterianos gran positivos que no son objetivo de éste estudio, pero que, sin embargo, contribuyen con la identificación de la microbiota intestinal del cuy; se halló, Staphylococcus. Finalmente, se llegó al objetivo en cuestión; la identificación de géneros bacterianos con probable potencial probiótico. Se sugiere evaluar; en investigaciones posteriores; el potencial probiótico de dichos géneros bacterianos. Palabras clave: Cuy, potencial probiótico, PCR, identificación. / --- The objetive of this study was to isolate and identify bacterial strains by molecular techniques belonging to genera with potential for probiotics in the intestine of guinea pigs (Cavia porcellus) as possible future alternative to antibiotics. To do this, we used 13 guinea pigs, ten infants from 2 to 6 days old and three adults from 2 months old, the intestine was extracted from each sample were taken by scraping the intestinal mucosa, they were planted in different culture media in order to achieve isolated colonies with phenotypic characteristics of bacterial species of known potential probiotic (Lactobacillus, Enterococcus, Streptococcus, Bacillus, Bifidobacterium). We identified 27 representative strains by amplification, sequencing and bioinformatic analysis of 16S rRNA gene. DNA sequences were compared with three different databases: Blast server for bacterial identification, Ribosomal Database Project, BIBI database to identify the genus. It turned out that 85.18% (23) obtain Lactobacillus, Enterococcus, Streptococcus and Bacillus, the 14.81% (4) remaining bacterial species gram positive identified that are not objective of this study, but that however, contribute to the identification of guinea pig intestinal microbiota, was found Staphylococcus. Finally, we reached the target in question, identification of probable bacterial genera with probiotic potential. Is suggested to evaluate, in subsequent research, the probiotic potential of these bacterial genera. Keywords: Guinea pig, probiotic potential, PCR, identification.