El presente trabajo de investigación tiene por objetivo presentar una propuesta de innovación con relación a los procesos de gestión institucional de la investigación de la Universidad Nacional de San Cristóbal de Huamanga. El planteamiento del presente trabajo de investigación es dar a conocer las deficiencias en los procesos de gestión institucional para el fomento y desarrollo de la investigación en la Universidad. Ello por la razón (justificación) de que, si una universidad no desarrolla investigación, no es universidad. Dando a entender que, si no existe gestión acorde según los recursos disponibles de la universidad (presupuesto, personal administrativo, docentes, estudiantes, publicación de artículos científicos), los resultados a obtener en investigación serán poco favorables y sostenibles para la institución. La metodología de investigación fue la revisión de fuentes bibliográficas acerca del sistema universitario, gestión presupuestal orientada a la investigación y marcos normativos. Asimismo, se aplicaron entrevistas a profundidad de actores claves de otras universidades, en diferentes experiencias de gestión. Se identificaron cuatro causas posibles del problema y se registraron experiencias gestión de la investigación en dos universidades públicas. Se concluye con la presentación del prototipo de innovación como propuesta de cambio innovador ha implementado de manera paulatina en la gestión institucional de la Universidad. Por último, se presenta el análisis de deseabilidad, factibilidad y viabilidad de la propuesta de innovación.