The phylogeny of Juncaceae and Cyperaceae is still not fully understood. The morphology of this group is intricate and without clear homology, and molecular relationships are mostly studied on smaller parts of this large group of Monocots. Proper study is therefore needed. To obtain the most objective view on the phylogeny of these two families, we gathered data on 1174 taxa of rbcL, trnL-trnF, and ITS and analysed them by maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian inference. Markers of cpDNA appeared much more useful than nDNA (ITS) due to the high rate of mutations in ITS which led to homoplasy and unsure alignment. By considering taxonomical impact of our study, the monophyly of the families and main inner topology of Juncaceae and several tribes of Cyperaceae (Abildgaardieae, Bisboeckelereae, Cariceae, Cypereae, Cryptangieae, Eleocharideae, Rhynchosporeae, Sclerieae, and Trilepideae) were confirmed; some changes in taxonomy were suggested (uniting of Chrysitricheae and Hypolytreae; division of Fuireneae; uniting of Cariceae, Dulicheae, Scirpeae, and Khaosokia caricoides into one tribe, or division of Scirpeae; and separation of Cladieae); changes in the classification of certain taxa were also suggested (the transfer of Distichia, Marsippospermim, Oxychloë, Patosia, and Rostkovia into Juncus, or division of Juncus into more genera; the transfer of Nemum spadiceum into Bulbostylis; Schoenoplectus corymbosus, S. gemmifer, S. hondoensis, and S. multisetus into the genus Schoenoplectiella; and Oreobolopsis into Trichophorum); and the identification of some taxa which possess special combinations of molecular and morphological features and should be studied further was made (Juncus capitatus, J. dregeanus, Bulbostylis juncoides, Crosslandia setifolia, Schoenoplectus litoralis, S. americanus, Cyperus iria, and Amphiscirpus nevadensis).

Este trabalho apresenta o estudo taxonômico da família Juncaceae Juss. para o Rio Grande do Sul, Brasil. A família é cosmopolita e tem 7 gêneros distribuídos no mundo. No estado, ocorrem os gêneros Juncus L. e Luzula DC. O primeiro gênero apresentou 20 espécies e o segundo, apenas 1 espécie. Foram encontradas 2 novas ocorrências para o Brasil, J. venturianus Castillón e J. ilanquihuensis Barros. Foram realizados chaves dicotômicas de identificação e descrições dos táxons, sinônimos, ilustrações e mapa de distribuição geográfica no Estado. Descreveu-se algumas considerações sobre hábitat, aspectos ecológicos, uso e importância econômica, fenologia e filogenética. / This work presents a taxonomic study of Juncaceae Juss. in the state of Rio Grande do Sul, Brazil. The family is cosmopolite and have 7 genus by the World. The State have the ocurrence the genus Juncus L. and Luzula DC. The first genus have 20 species and the second, have only 1 specie. J. venturianus Castillón and J. ilanquihuensis Barros, are citet as a news occurrences to the flora of Brazil. Analitical keys and descriptions of the taxons, synonyms, illustrations, maps of geographic distribuition are realized.

Este trabalho apresenta o estudo taxonômico da família Juncaceae Juss. para o Rio Grande do Sul, Brasil. A família é cosmopolita e tem 7 gêneros distribuídos no mundo. No estado, ocorrem os gêneros Juncus L. e Luzula DC. O primeiro gênero apresentou 20 espécies e o segundo, apenas 1 espécie. Foram encontradas 2 novas ocorrências para o Brasil, J. venturianus Castillón e J. ilanquihuensis Barros. Foram realizados chaves dicotômicas de identificação e descrições dos táxons, sinônimos, ilustrações e mapa de distribuição geográfica no Estado. Descreveu-se algumas considerações sobre hábitat, aspectos ecológicos, uso e importância econômica, fenologia e filogenética. / This work presents a taxonomic study of Juncaceae Juss. in the state of Rio Grande do Sul, Brazil. The family is cosmopolite and have 7 genus by the World. The State have the ocurrence the genus Juncus L. and Luzula DC. The first genus have 20 species and the second, have only 1 specie. J. venturianus Castillón and J. ilanquihuensis Barros, are citet as a news occurrences to the flora of Brazil. Analitical keys and descriptions of the taxons, synonyms, illustrations, maps of geographic distribuition are realized.

Este trabalho apresenta o estudo taxonômico da família Juncaceae Juss. para o Rio Grande do Sul, Brasil. A família é cosmopolita e tem 7 gêneros distribuídos no mundo. No estado, ocorrem os gêneros Juncus L. e Luzula DC. O primeiro gênero apresentou 20 espécies e o segundo, apenas 1 espécie. Foram encontradas 2 novas ocorrências para o Brasil, J. venturianus Castillón e J. ilanquihuensis Barros. Foram realizados chaves dicotômicas de identificação e descrições dos táxons, sinônimos, ilustrações e mapa de distribuição geográfica no Estado. Descreveu-se algumas considerações sobre hábitat, aspectos ecológicos, uso e importância econômica, fenologia e filogenética. / This work presents a taxonomic study of Juncaceae Juss. in the state of Rio Grande do Sul, Brazil. The family is cosmopolite and have 7 genus by the World. The State have the ocurrence the genus Juncus L. and Luzula DC. The first genus have 20 species and the second, have only 1 specie. J. venturianus Castillón and J. ilanquihuensis Barros, are citet as a news occurrences to the flora of Brazil. Analitical keys and descriptions of the taxons, synonyms, illustrations, maps of geographic distribuition are realized.