Liver possesses the capacity to restore its tissue mass and attain optimal volume in response to physical, infectious and toxic injury. The extraordinary ability of liver to regenerate is the effect of cross-talk between growth factors, cytokines, matrix components and many other factors. Adult liver normally has a very low level of hepatocyte cell division. However, most hepatocytes will rapidly proliferate in response to liver mass reduction. In this study the differences in gene expression in rat liver at 1, 2, 4 and 6 hours after the partial hepatectomy were analyzed using cDNA microarrays. These time points correspond to quiescent liver and early G1 phase in this system. The experiments showed that 309 genes had significantly altered expression for at least one of the analyzed time-points. Differentially expressed genes were clustered according to their temporal expression profiles. PAINT analysis identified several TF binding sites (~20) enriched in specific individual expression patterns. We have obtained time series data on the activity of nine transcription factors (NF-κB, HNF-1, CREB, C/EBP-α, C/EBP-β, AP-2α, PAX-6, GATA-1, STAT-3) that were implicated in our analysis. An early transient activation of NF-κB, HNF-1 and C/EBP-β was observed. By contrast, C/EBP-α rapidly declined. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay was performed to examine the binding of NF-κB to the promoter regions of Sod2, Mt1a and Cebpb. We see increased NF-κB binding to both Sod2 and... [to full text] / Infekcijos, toksinų ar fizinių veiksnių pažeistos kepenys gali gana greitai atstatyti prarastą audinio masę. Mitozė vyksta tik labai nedidelėje suaugusio organizmo kepenų ląstelių dalyje. Tačiau sumažėjus kepenų masei hepatocitai ima sparčiai proliferuoti. Kepenų gebėjimą regeneruoti lemia sudėtinga augimo veiksnių, citokinų ir kitų ląstelės veiklą reguliuojančių junginių sąveika. Šiame darbe buvo tiriami genų raiškos pokyčiai žiurkės kepenų ląstelėse pradiniame kepenų regeneracijos tarpsnyje. Genų raiškai nustatyti buvo panaudotos DNR mikrogardelės. Buvo nustatyti 309 genai, kurių raiška patikimai pakinta per pirmąsias 6 valandas po dalinės hepatektomijos operacijos. Nustatytieji 309 genai buvo suskirstyti į šešias grupes pagal laikinius raiškos pokyčius. PAINT programos pagalba buvo nustatyti 22 transkripcijos veiksniai, galimai lemiantys laikinius genų raiškos pokyčius po dalinės hepatektomijos operacijos. Devynių transkripcijos veiksnių (NF-κB, GATA-1, HNF-1, C/EBP-α ir C/EBP-β, STAT-3, PAX-6, AP-2α ) aktyvumo pokyčiai buvo įvertinti eksperimentiškai. Nustatyta, kad aktyvių NF-κB, HNF-1 ir C/EBP-β kiekis hepatocitų branduoliuose staigiai padidėja po dalinės hepatektomijos operacijos. Priešingai, aktyvios C/EBP-α formos kiekis sumažėja. Chromatino imunoprecipitacijos (ChIP) metodu buvo tiriamas NF-κB jungimasis prie Sod2, Mt1a ir Cebpb promotorių sričių praėjus 1 valandai po hepatektomijos. Regeneruojančių kepenų mėginiuose rasta daugiau NF-κB prisijungusio prie Sod2... [toliau žr. visą tekstą]

Infekcijos, toksinų ar fizinių veiksnių pažeistos kepenys gali gana greitai atstatyti prarastą audinio masę. Mitozė vyksta tik labai nedidelėje suaugusio organizmo kepenų ląstelių dalyje. Tačiau sumažėjus kepenų masei hepatocitai ima sparčiai proliferuoti. Kepenų gebėjimą regeneruoti lemia sudėtinga augimo veiksnių, citokinų ir kitų ląstelės veiklą reguliuojančių junginių sąveika. Šiame darbe buvo tiriami genų raiškos pokyčiai žiurkės kepenų ląstelėse pradiniame kepenų regeneracijos tarpsnyje. Genų raiškai nustatyti buvo panaudotos DNR mikrogardelės. Buvo nustatyti 309 genai, kurių raiška patikimai pakinta per pirmąsias 6 valandas po dalinės hepatektomijos operacijos. Nustatytieji 309 genai buvo suskirstyti į šešias grupes pagal laikinius raiškos pokyčius. PAINT programos pagalba buvo nustatyti 22 transkripcijos veiksniai, galimai lemiantys laikinius genų raiškos pokyčius po dalinės hepatektomijos operacijos. Devynių transkripcijos veiksnių (NF-κB, GATA-1, HNF-1, C/EBP-α ir C/EBP-β, STAT-3, PAX-6, AP-2α ) aktyvumo pokyčiai buvo įvertinti eksperimentiškai. Nustatyta, kad aktyvių NF-κB, HNF-1 ir C/EBP-β kiekis hepatocitų branduoliuose staigiai padidėja po dalinės hepatektomijos operacijos. Priešingai, aktyvios C/EBP-α formos kiekis sumažėja. Chromatino imunoprecipitacijos (ChIP) metodu buvo tiriamas NF-κB jungimasis prie Sod2, Mt1a ir Cebpb promotorių sričių praėjus 1 valandai po hepatektomijos. Regeneruojančių kepenų mėginiuose rasta daugiau NF-κB prisijungusio prie Sod2... [toliau žr. visą tekstą] / Liver possesses the capacity to restore its tissue mass and attain optimal volume in response to physical, infectious and toxic injury. The extraordinary ability of liver to regenerate is the effect of cross-talk between growth factors, cytokines, matrix components and many other factors. Adult liver normally has a very low level of hepatocyte cell division. However, most hepatocytes will rapidly proliferate in response to liver mass reduction. In this study the differences in gene expression in rat liver at 1, 2, 4 and 6 hours after the partial hepatectomy were analyzed using cDNA microarrays. These time points correspond to quiescent liver and early G1 phase in this system. The experiments showed that 309 genes had significantly altered expression for at least one of the analyzed time-points. Differentially expressed genes were clustered according to their temporal expression profiles. PAINT analysis identified several TF binding sites (~20) enriched in specific individual expression patterns. We have obtained time series data on the activity of nine transcription factors (NF-κB, HNF-1, CREB, C/EBP-α, C/EBP-β, AP-2α, PAX-6, GATA-1, STAT-3) that were implicated in our analysis. An early transient activation of NF-κB, HNF-1 and C/EBP-β was observed. By contrast, C/EBP-α rapidly declined. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay was performed to examine the binding of NF-κB to the promoter regions of Sod2, Mt1a and Cebpb. We see increased NF-κB binding to both Sod2 and... [to full text]