Cette thèse vise à reconstituer les politiques publiques liées à l'organisation de la recherche universitaire au Québec au moyen d'un cadre conceptuel qui permet de mettre au jour les référentiels et les dynamiques de ces politiques. Les référentiels sont les «visions du monde» qui inspirent les politiques. Les dynamiques sont associées aux variables qui conditionnent l'exercice du pouvoir par les acteurs. Dans le chapitre 1, je présente la problématique de l'étude, orientée vers les transformations de l'organisation de la recherche universitaire au Québec. Le principal problème qui s'y rattache est l'instrumentalisation de la recherche universitaire, induite par une proximité plus grande entre l'université et le marché mondialisé. Dans le chapitre 2, je fais l'exposé critique des principaux instruments conceptuels que les auteurs proposent afin de rendre intelligibles ces transformations. Je· présente le cadre conceptuel dans le chapitre 3. Il s'agit d'un modèle exploratoire d'étude des politiques qui tient compte de la complexité. Dans le chapitre 4, je pose les questions de recherche et précise les moyens pour récolter les matériaux. Trois articles constituent le corps de la thèse. Le premier, au chapitre 5, présente un récit de politiques publiques de l'organisation de la recherche universitaire au Québec (1960-2008) divisé en trois périodes. La période comprise entre 1960 et 1979 est associée au référentiel de la république de la science, caractérisé par la grande autonomie de la communauté scientifique universitaire. Une période de transition s'échelonne de 1980 à 1989. La période comprise entre 1990 à 2008, associée au référentiel de l'économie du savoir, est marquée par la volonté d'instrumentalisation de la recherche universitaire. Les deuxième et troisième articles, des études de cas proposées aux chapitres 6 et 7, considèrent les politiques publiques rattachées à la valorisation commerciale de la recherche universitaire et celles liées à l'innovation sociale dans le contexte des universités québécoises, pour la période comprise entre 2000 et 2008. Dans la conclusion, après une brève récapitulation, je précise les contributions et les limites de la thèse·et je présente quelques pistes de recherche qui se dégagent de l'étude. / The goal of this thesis is to reconstruct public policies regarding the organisation of university-based research in Québec using a conceptual framework that updates the systems of reference and dynamics of these policies. The systems of reference are the "world views" that inspire policies. The dynamics are the variables that condition the exercise of power by those involved. I present in chapter 1 the research problem, which concerns the organisational transformation of university-based research in Québec. The key issue is the instrumentalization of university-based research, induced by an increasing proximity of the university and the globalized market. In chapter 2, I critically examine the principal conceptual instruments that authors who propose in order to better understand these transformations. I present the conceptual framework in chapter 3, an emerging model for the study of policies that considers complexity. In chapter 4, I state the research questions and specify means used for present methods used to gather data. Three articles make up the core of the thesis. The first, in chapter 5; presents public policies regarding the organisation of university-based research in Québec (1960-2008), divided into three time periods. The period between 1960 and 1979 is associated with the system of reference of the republic of science, characterized by the autonomy of the university's scientific community. A transitionary period takes place from 1980 to 1989. The period from 1990 to 2008, associated with the system of reference of the knowledge economy, is marked by the increasingly voluntary instrumentalization. The second and third articles, proposed case studies in chapters 6 and 7, particularly consider the public policy linked to the commercial value of university-based research and policy tied to social innovation in· the context of Québec universities for the period between 2000 and 2008. In conclusion, after a brief recapitulation, I specify the contributions and the limits of the thesis and present some future research directions that emerge from the study.