Cette thèse, qui s'inscrit dans le questionnement économique général sur la recherche d'outils de régulation des industries de réseaux, questionne la pertinence du choix français de régionalisation ferroviaire. Ce dernier, depuis la réforme introduite par la loi SRU, associe le maintien du monopole d'exploitation de la SNCF pour le Transport Express Régional (TER) avec la décentralisation aux Régions d'une prérogative jusqu'alors assurée de manière bureaucratique et centralisée. Dans cet environnement institutionnel, original au regard du mouvement européen, les Régions françaises ont-elles réussi à écrire et à gouverner le "système SNCF-TER" ? Pour répondre à cette double interrogation, l'auteur mobilise la théorie néo-institutionnelle, à partir de laquelle il propose une matrice interprétative de l'architecture économique des conventions TER et présente une transposition de la méthode des comptes de surplus (MCS), pour l'étude de la performance économique de ces contrats. Les résultats obtenus, sur l'échantillon des sept régions qui ont expérimenté la régionalisation, ne confirment que partiellement les déductions habituelles obtenues à partir de la théorie standard du monopole et de la capture du réglementateur par la firme régulée. Si la contractualisation SNCF / Régions, très éloignée du modèle « net cost », exprime l'acceptation par le Législateur d'une large couverture des risques industriels, commerciaux, et plus encore sur investissements, par la Collectivité, la régionalisation s'est traduite par une grande diversité contractuelle. Une analyse fine montre le caractère hybride des modes de gouvernance que l'auteur qualifie de « fiduciaro-autoritaires ». La MCS révèle que si l'effet du monopole est bien présent et s'impose aux Régions, il ne profite guère à la SNCF, mais plutôt à RFF. Tendanciellement, les voyageurs sont devenus « gagnants » de la régionalisation ferroviaire.