Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-06-24T16:49:26Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_DiegoHenriqueFagundesMacedo.pdf: 750718 bytes, checksum: 69e1b7d13b430597210880a96a2027d5 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-06-24T16:49:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_DiegoHenriqueFagundesMacedo.pdf: 750718 bytes, checksum: 69e1b7d13b430597210880a96a2027d5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-24T16:49:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_DiegoHenriqueFagundesMacedo.pdf: 750718 bytes, checksum: 69e1b7d13b430597210880a96a2027d5 (MD5) Previous issue date: 2015 / Made available in DSpace on 2016-07-22T13:24:54Z (GMT). No. of bitstreams: 3 Dissertacao_BCM_DiegoHenriqueFagundesMacedo.pdf.txt: 70515 bytes, checksum: 03b3fccd821cb9508501f357620a7f85 (MD5) Dissertacao_BCM_DiegoHenriqueFagundesMacedo.pdf: 750718 bytes, checksum: 69e1b7d13b430597210880a96a2027d5 (MD5) license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Leishmania RNA vírus (LRVs) são comumente encontrados infectando espécies de Leishmania, especialmente as do subgênero Viannia. O LRV1 é um vírus RNA de cadeia dupla (Totiviridae) descrita pela primeira vez em cepas de Leishmania guyanensis e Leishmania braziliensis da região amazônica. Dados anteriores demonstraram que cepas infectados com LRV1 provoca um perfil pró inflamatório mais Exacerbado parcialmente causada pela activação de receptores Toll like 3 (TLR3) através do cDNA viral. A presença de cepas infectadas pelo LRV1 já foi detectado em biópsia de pacientes com leishmaniose cutânea (LC) da cidade de Caratinga, Minas Gerais. No entanto, não há informações da frequência de LRV1 para outras regiões endêmicas do Estado. O principal objetivo deste estudo é a prospecção da presença de LRV1 em cepas de Leishmania braziliensis isoladas de regiões no estado de Minas Gerais incluindo São João das Missões, onde são relatados muitos casos de CL na reserva indígena de Xacriabá e também formas atípicas de leishmaniose cutânea causadas por L. braziliensis que nunca antes haviam sido prospectadas para o LRV1. As reacções de PCR utilizaram iniciadores para a cápsideo viral e o cDNA de L. guyanensis (MHOM/BR /75/M4147) foi utilizado como controlo positivo. Foram prospectadas 41 cepas de L. braziliensis de várias regiões do Estado de Minas Gerais e alguns outros de outras regiões. A presença de LVR1 em parasitos isolados a partir de pacientes não foi observada. Esses resultados sugerem que a frequência de LRV1 em cepas de L. braziliensis parecem ser muito baixa na região Sudeste do Brasil / Leishmania RNA virus (LRVs) are commonly found infecting Leishmania species, especially from the subgenus Viannia. LRV1 is a doublestranded RNA virus (Totiviridae) first described in Leishmania guyanensis and Leishmania braziliensis strains from the Amazon region. Previous reports have shown that L. guyanensis infected with LRV1 causes a higher pro-inflammatory profile partially caused by the activation of Toll like receptors 3 (TLR3) by the viral dsRNA. The presence of LRV1 infected strains was already detected in biopsy from patients with cutaneous leishmaniasis (CL) from Caratinga, Minas Gerais state. However, no information for LRV1 presence are available for other endemic regions of the State. The main objective of this study is to prospect the presence of LRV1 in Leishmania strains isolated from regions in the state of Minas Gerais, including São João das Missões, where many cases of CL are reported in the Indigenous reserve of Xacriabá and atypical forms of cutaneous leishmaniasis caused by leishmania braziliensis whose were never prospected for LRV1. The detection was by PCR reactions used primers for the viral capsid and cDNA from L. guyanensis (MHOM/BR/75/M4147) was used as positive control. We prospected 41 strains of L. braziliensis from various regions of the Minas gerais State and a few others from other regions. The presence of LVR1 in parasites isolated from patients was not detected. Those results suggest that the frequency of LRV1 in L. braziliensis strains seems to be very low in the Southeast of Brazil.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-01-07T16:38:39Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_JeronimoMarteletoNunesRugani (1).pdf: 1205673 bytes, checksum: 9782a5cd43a0368938ad2c3c5d706db3 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-01-07T16:38:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_JeronimoMarteletoNunesRugani (1).pdf: 1205673 bytes, checksum: 9782a5cd43a0368938ad2c3c5d706db3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-07T16:38:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_BCM_JeronimoMarteletoNunesRugani (1).pdf: 1205673 bytes, checksum: 9782a5cd43a0368938ad2c3c5d706db3 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Rene Rachou / No Brasil, de todas as espécies do gênero Leishmania, a mais frequentemente encontrada parasitando o homem é a Leishmania (Viannia) braziliensis. Esta espécie pode causar um amplo espectro de manifestações, desde lesões únicas ao envolvimento mucoso, sendo esta última a complicação mais séria. Análises que visam acessar a variabilidade genética de Leishmania (Viannia) braziliensis são essenciais para o estudo de possíveis correlações entre manifestações clínicas de leishmaniose tegumentar americana (LTA) com parasitos geneticamente variantes e sua origem geográfica. O objetivo do estudo é analisar a variabilidade genética de isolados de L. braziliensis provenientes de diversas regiões de Minas Gerais. Foi realizado o diagnóstico clínico e molecular de indivíduos portadores de manifestações típicas e atípicas de várias regiões endêmicas do estado e os isolados separados em dois grupos amostrais: o grupo 1 contendo amostras de variadas macrorregiões do estado; e grupo 2 composto por amostras isoladas na terra indígena Xakriabá, em São João das Missões. A identificação específica de todas as amostras como L. braziliensis foi confirmada utilizando a técnica de PCR-g6pd. A análise da variabilidade genética foi realizada para os marcadores genéticos hsp70, Cpb, ITS1, g6pd e 6pgd. Na PCR-RFLP do hsp70 foram observados dois perfis de restrição: todas as amostras do grupo 1 e as cepas MG15 e MG16 do grupo 2 tiveram perfil de restrição indistinguível ao da cepa L. braziliensis referência, enquanto a maioria as amostras do grupo 2 exibiram perfil de restrição variante. O fragmento obtido pela PCR do hsp70 foi sequenciado e foram observados polimorfismos inclusive no sítio de restrição da enzima HaeIII. Na PCR-RFLP do Cpb, as amostras do grupo 1 e as cepas MG15 e MG16 do grupo 2 tiveram perfil de restrição indistinguível ao da cepa referência, enquanto a maioria das amostras do grupo 2 apresentaram perfil de restrição correspondente às demais espécies do subgênero Viannia. O sequenciamento do fragmento revelou polimorfismos inclusive no sítio de restrição da enzima TaqI. Na PCR-RFLP do ITS1 foi observado que as amostras do grupo 1 e as cepas MG15 e MG16 exibiram perfil de restrição semelhante a L. guyanensis, enquanto as amostras do grupo 2 perfil de L. braziliensis. As cepas MG19 e MG27 (grupo 2) exibiram perfis de restrição diferentes das cepas referência utilizadas. O sequenciamento do fragmento da PCR-6pgd exibiu polimorfismos que diferenciam entre as espécies L. braziliensis e L. guyanensis nas amostras estudadas. Os perfis de restrição e as sequências foram utilizadas em análises estatísticas de classificação por similaridade por partição e hierárquico. A análise de partição corroborou a divisão das amostras em dois grupos, sugerindo uma maior variabilidade genética entre as amostras do grupo 2. As análises aglomerativas suportaram a de partição onde foi observada associação do grupo 2 com a origem geográfica e presença de manifestações atípicas de LTA não sendo observada associação com número de lesões. As sequências foram utilizadas em análises filogenéticas onde foi observado que tanto utilizando somente L. guyanensis quanto outras espécies filogeneticamente mais distantes de L. braziliensis como outgroup, a divisão em grupos proposta foi suportada. A partir do painel de amostras de L. braziliensis estudado conclui-se que em Minas Gerais observamos a presença de um grupo de amostras geneticamente variantes, associadas ao perfil atípico de lesões e provenientes da região norte do estado. / Leishmania (Viannia) braziliensis is the most common species of Leishmania genus which parasites humans in Brazil. This species may present a huge spectrum of clinical symptoms, from single wounds to serious mucosal involvement, which is the most severe complication. Analyzes that assess the genetic variability of L. braziliensis are essential to clarify a possible correlation between atypical clinical manifestations of LTA with parasites genetically variants and their geographical distribution, and contribute to population structure studies of this species in Minas Gerais state. The aim of this study was to analyze the genetic variability of Leishmania (V.) braziliensis isolates from different regions of Minas Gerais State. Clinical and molecular diagnosis of patients with typical and atypical lesions from various endemic areas of Minas Gerais were carried out and the isolates were separeted into two sample groups: group 1 containing samples from various geographical regions of the state; and group 2 composed b isolates from Xakriabá Indigenous Reserve localized in São João das Missões district. The specific identification of samples was performed with PCR-G6PD method and L. braziliensis was confirmed in all of them. The analysis of genetic variability was carried out using genetic markers hsp70, Cpb, ITS1, G6PD and 6PGD. In PCR-RFLP of hsp70 two restriction patterns were observed: all samples from group 1 and MG15 and MG16 isolates of group 2 showed indistinguishable restriction profile to L. braziliensis reference strain, while most of the Group 2 samples exhibited a variant restriction profile. The hsp70 amplicon was sequenced and polymorphisms were observed even at the HaeIII restriction enzyme’s site. In PCR-RFLP of Cpb, samples of group 1 and MG15 and MG16 strains of group 2 restriction profile were indistinguishable to the reference strain L. braziliensis, while most of the group 2 samples showed restriction profiles identical to other species of the subgenus L . (Viannia). The sequenced fragment showed polymorphisms including one at restriction site of TaqI enzyme. Results of ITS1 PCR-RFLP from group 1 and MG15 and MG16 strains were a restriction profile similar to L. guyanensis specie, while Group 2 samples presented L. braziliensis profile. The MG19 and MG27 strains (group 2) exhibited different patterns of those reference strains. The sequencing of the PCR-6pgd showed inter-species polymorphisms. Restriction profiles and sequences were used in hierarchical, partition and similarity statistical analyzes. The partition analysis confirmed the division of samples into two groups, suggesting greater genetic variability between samples of group 2. The clustering analysis supported the partition where was observed an association of group to the geographical origin and presence of atypical manifestations of LTA, but no association was observed with number of wounds. The sequences were used in phylogenetic analyzes and was observed that both using only L. guyanensis as other more phylogenetically distant species L. braziliensis as outgroup, the division into two groups proposal was supported. Considering the L. braziliensis samples panel studied in this project it is possible to conclud that there is a group of samples genetically variants associated with atypical profile of wounds from the northern region of Minas Gerais state.