En Europe de l’Ouest, de nombreuses espèces de léporidés sont endémiques, ce qui en fait de bons témoins de l’évolution des écosystèmes terrestres dans lesquelles ont évolué les sociétés humaines préhistoriques. Paradoxalement, leur variabilité morphologique est mal connue et la phylogénie établie aujourd’hui, discutable. Ce travail propose de renseigner la diversité morphométrique des lapins et des lièvres sur près de deux millions d’années d’évolution, à travers l’application d’études ostéométriques et en morphométrie géométrique. L’analyse de restes osseux et dentaires – de populations actuelles et de 73 séries fossiles provenant de régions périméditerranéennes couvrant le Pléistocène – permet de caractériser les adaptations des léporidés face aux changements environnementaux et leurs tendances évolutives. Cette étude propose une nouvelle phylogénie pour le lapin et présente les différentes phases de dispersion des taxons à l’échelle de l’Europe occidentale. Ainsi, plusieurs événements de type expansion des populations, recolonisation des territoires depuis des zones refuges et extinctions locales, sont mis en évidence en réponse aux changements climatiques globaux. Ces résultats permettent de discuter la présence de ces petits gibiers dans l’environnement et alimente le débat sur les relations entre ces espèces et les communautés humaines. Leur augmentation significative dans la diète des groupes humains à la fin du Paléolithique supérieur, ne semble pas seulement s’expliquer par des changements cognitifs, culturels ou économiques, mais coïncide davantage avec les variations biogéographiques de ces espèces. / Fossil remains of small mammals of the Leporidae family are abundant in numerous paleontological and archaeological deposits from the Quaternary. Many species are endemic to Western Europe, which makes them reliable markers of change in the ecosystems in which prehistoric human societies evolved. Paradoxically, morphological variability of leporids is still poorly understood and current phylogeny remains a subject of debate. This work focuses on the morphometric diversity of rabbits (Oryctolagus) and hares (Lepus) over nearly two million years of evolution. We applied osteometry and geometric morphometric analyzes to bone and dental remains of current populations and 73 fossil samples from perimediterranean regions (Spain, France, Italy, Portugal) during different moments of the Pleistocene. These data provide insights concerning Leporidae adaptations to environmental change as well as more general evolutionary trends. Here we propose a new phylogeny for the genus Oryctolagus and present different dispersion phases for Western Europe. Several population expansion events coupled with the recolonization of refuge areas and local extinctions are highlighted in response to global climate change. These results allow us to discuss the presence of these small game species in the environment and contribute to the debate concerning relations between leporids and human communities. Humans have regularly consumed leporids since at least the Middle Paleolithic. Their significant increase in the diet at the end of the Upper Paleolithic, however, cannot be explained solely by cognitive, cultural or economic changes but rather coincides with biogeographic variations of these species.

Le travail présenté dans ce manuscrit traite des mécanismes d'émergence des maladies infectieuses. Une première partie du texte est consacrée à la réflexion menée sur ces processus, et à leurs conséquences pour la gestion des maladies. Dans une deuxième partie nous exposons les travaux de modélisation réalisés ; l'objectif est de tester si des changements dans l'expression d'une infection peuvent être expliqués par la dynamique de circulation de l'agent infectieux dans la population hôte, à travers la protection de groupe. Nous montrons que l'apparition de la maladie de Carré chez les lions du Serengeti peut être due à une perte d'immunité de groupe suite à l'extinction du virus. Nous étudions ensuite les conséquences sur le patron épidémique d'une protection partiellement croisée entre souches. Enfin, nous intégrons à cette problématique la structure spatiale de la population hôte, pour expliquer des observations faites sur les systèmes lagomorphes/lagovirus en France.

Titre de l'écran-titre (visionné le 12 janvier 2024) / Cette recherche a pour objectif d'explorer l'aspect social de la mobilité des communautés de chasseurs pêcheurs-cueilleurs qui ont habité, marché et navigué dans les Laurentides méridionales, à l'intérieur du territoire formé par les bassins-versants des rivières du Lièvre, Rouge et de la Petite Nation. La recherche propose une analyse et une comparaison de données archéologiques d'un échantillon de 7861 artefacts lithiques provenant de 79 sites archéologiques. Ces derniers ont été sélectionnés en raison de l'abondance et de la diversité de leur assemblage lithique et de leur représentativité spatiale. L'étude repose sur une méthodologie en deux parties. La première correspond à une caractérisation visuelle macroscopique d'outils et de débris en pierre taillée. La seconde utilise les outils et concepts de l'analyse de réseaux et la théorie des graphes afin de représenter des interactions entre sites archéologiques. La recherche s'intègre par conséquent dans une perspective relationnelle de la culture. Ce mémoire démontre que les Laurentides méridionales constituent un univers culturel relativement homogène et que les variations culturelles les plus importantes se retrouvent entre le contexte méridional de la vallée de la rivière des Outaouais et celui plus nordique de la Haute-Mauricie. Si de nouveaux phénomènes émergent de la projection de six graphes, l'absence de contrôle chronologique des données limite toutefois la portée interprétative de la méthode. / The goal of this research is to explore the social aspect of mobility among hunter-gatherer communities who inhabited, walked, and navigated the southern Laurentian region within the territory formed by the watersheds of the Lièvre, Rouge, and Petite Nation rivers. The research proposes an analysis and comparison of archaeological data from a sample of 7861 lithic artifacts originating from 79 archaeological sites. These sites were selected based on the abundance and diversity of their lithic assemblage and their spatial representativeness. The study is based on a two-part methodology. The first part involves a macroscopic visual characterization of lithic tool and debris. The second part utilizes tools and concepts from networkanalysis and graph theory to represent interactions between archaeological sites. Therefore, the research integrates a relational perspective of culture. This master's thesis demonstrates that the southern Laurentian region constitutes a relatively homogeneous cultural universe, and the most significant cultural variations are found between the southern context of the Ottawa River Valley and the more northern context of Upper Mauricie. While new phenomena emerge from the projection of six graphs, the lack of chronological control over the data limits the interpretive scope of the method.

Le travail présenté dans ce manuscrit traite des mécanismes d'émergence des maladies infectieuses. Une première partie du texte est consacrée à la réflexion menée sur ces processus, et à leurs conséquences pour la gestion des maladies. Dans une deuxième partie nous exposons les travaux de modélisation réalisés ; l’objectif est de tester si des changements dans l'expression d'une infection peuvent être expliqués par la dynamique de circulation de l'agent infectieux dans la population hôte, à travers la protection de groupe. Nous montrons que l'apparition de la maladie de Carré chez les lions du Serengeti peut être due à une perte d’immunité de groupe suite à l’extinction du virus. Nous étudions ensuite les conséquences sur le patron épidémique d'une protection partiellement croisée entre souches. Enfin, nous intégrons à cette problématique la structure spatiale de la population hôte, pour expliquer des observations faites sur les systèmes lagomorphes/lagovirus en France. / The study presented here aims to suggest and to test several mechanisms to explain how infectious diseases impact could increase, in relation to microparasite circulation and loss of herd protection. We first introduce the main characteristics of host/microparasite interaction and display some knowledge about emerging infectious diseases, and their consequences for diseases control. Stochastic modelling is then used to study epidemic patterns under several hypotheses and for different host/parasite systems: i) we explain canine distemper emergence in Serengeti lions through a break in virus circulation and the resulting loss of herd immunity; ii) we study the consequences of partial crossprotection induced in hosts by different strains in a small homogeneous host population; and iii) we extend this study to spatially structured host populations to explain data observed in lagomorphs/lagoviruses in France.

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