En cryptographie classique, un algorithme de chiffrement est considéré comme une boîte noire, et un attaquant n'a accès qu'aux textes clairs et chiffrés. Mais un circuit cryptographique émet aussi des informations sensibles lors d'une opération cryptographique, comme sa consommation de courant ou ses émissions électro-magnétiques. Par conséquent, différentes techniques, appelées attaques par canaux auxiliaires, permettent d'exploiter ces fuites d'informations physiques pour casser des algorithmes cryptographiques avec une complexité très faible en comparaison avec les méthodes de la cryptanalyse classique. Dans ce travail, les attaques par canaux auxiliaires basées sur la consommation de courant ou les émissions électro-magnétiques sont d'abord étudiées d'un point de vue algorithmique, et différentes améliorations sont proposées. Ensuite, une attention particulière est consacrée à l'exploitation du canal auxiliaire électro-magnétique, et un flot de simulation des radiations magnétiques des circuits intégrés est proposé et validé sur deux microcontrôleurs. Finalement, certaines contremesures permettant de protéger les algorithmes de chiffrement contre ces menaces, basées sur des styles de logique équilibrées, sont présentées et évaluées. / In cryptography, a cipher is considered as a black-box, and an attacker has only access to plaintexts and ciphertexts. But a real world cryptographic device leaks additionnal sensitive informations during a cryptographic operation, such as power consumption or electro-magnetic radiations. As a result, several techniques, called Side-Channel Attacks, allow exploiting these physical leakages to break ciphers with a very low complexity in comparison with methods of classical cryptanalysis. In this work, power and electro-magnetic Side-Channel Attacks are firstly studied from an algorithmic point-of-view, and some improvements are proposed. Then, a particular attention is given on the exploitation of the electro-magnetic side-channel, and a simulation flow predicting magnetic radiations of ICs is proposed and validated on two microcontrollers. Finally, some countermeasures allowing to protect ciphers against these threats, based on balanced logic styles, are presented and evaluated.