La maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) est principalement causée par le tabagisme chronique. Les sujets atteints présentent des altérations pulmonaires et systémiques les rendant intolérants à l'effort et réduisant leurs qualité et espérance de vie. Le poumon des sujets MPOC compte un plus grand nombre de cellules inflammatoires, notamment de macrophages, de neutrophiles et de lymphocytes T CD8+, que les sujets non-MPOC. On note également la présence d'un stress oxydant chronique ainsi qu'une augmentation du niveau d'apoptose alvéolaire. Les raisons pour lesquelles le niveau d'apoptose alvéolaire est augmenté chez ces sujets ne sont pas connues. L'accumulation des lymphocytes T CD8+, ou lymphocytes T cytotoxiques, dans le poumon MPOC pourrait expliquer cette augmentation de l'apoptose alvéolaire. Nous avons démontré que les lymphocytes T CD8+ circulants de sujets MPOC n'étaient pas plus activés que ceux de sujets contrôles, suggérant que l'activation des lymphocytes T CD8+ se ferait davantage au niveau pulmonaire. Le stress oxydant chronique, de pair avec les cellules inflammatoires, pourrait également influencer fortement la survie des cellules épithéliales alvéolaires pulmonaires. En effet, nous avons démontré que le tissu pulmonaire MPOC ainsi que les cellules épithéliales alvéolaires exposées in vitro au peroxyde d'hydrogène (stress oxydant) présentaient des niveaux plus élevés des molécules pro-apoptotiques p53, Bax et récepteurs de TRAIL 1 et 2. De plus, ces derniers étaient davantage sensibles à l'apoptose induite de manière extrinsèque par le ligand TRAIL, un ligand de mort relâché par les Natural killer, les lymphocytes T et les macrophages activés. Les résultats retrouvés dans cette thèse ont permis de souligner l'importance de l'activation locale des lymphocytes T CD8+ ainsi que le rôle du stress oxydant dans la sensibilisation du tissu pulmonaire MPOC à l'apoptose induite par TRAIL. Ensemble, ces données mettent l'emphase sur l'importance des cellules cytotoxiques et du stress oxydant dans l'augmentation de l'apoptose alvéolaire observée dans le poumon MPOC.

La technologie des biopuces à ADN est un outil puissant permettant d'étudier en profondeur le profil transcriptomique d'une population cellulaire donnée. Nous avons mis à profit cette technique pour étudier les changements induits par le VIH-1 chez divers types cellulaires du système immunitaire. Notamment, nous avons déterminé l'influence du VIH-1 sur une population hautement enrichie en lymphocytes T CD4+. Cette étude nous a permis d'identifier des modulations transcriptionnelles dans plusieurs voies cellulaires importantes, dont l'apoptose, le cycle cellulaire, le métabolisme de l'ARN et la réparation du dommage à l'ADN. Nous nous sommes attardés sur la modulation de p53 au niveau de l'ARNm; nous démontrons que cette induction est dépendante d'une réponse interferon de type I. En cours de route, nous avons réalisé que le taux d'infection par le VIH-1 chez les cellules primaires était très faible - les changements décrits ci-haut sont donc susceptibles de survenir dans la population exposée au virus mais non-infectée. Afin de mieux comprendre les facteurs qui influencent l'infection au VIH-1 et les effets de celle-ci sur le transcriptome des cellules infectées, nous avons construit un virus rapporteur permettant l'isolation de cellules infectées. Nous avons utilisé ce virus pour quantifier le profil transcriptomique de lymphocytes T CD4+ infectés à l'aide de puces à ADN de dernière génération. Ces puces contiennent des sondes dirigées vers chaque exon connu, ce qui permet de détecter des changements au niveau de l'épissage alternatif en plus de l'expression génique. Les résultats démontrent qu'une sous-population de lymphocytes est particulièrement susceptible à l'infection. Finalement, nous avons procédé à la quantification transcriptomique à grande échelle des changements induits par un virus portant CD40L à sa surface sur une population de cellules B. Nous démontrons que ce virus est présent dans le plasma de patients infectés et est suffisant pour activer les lymphocytes B de façon polyclonale, ce qui pourrait expliquer en partie les déficiences observées chez ce type cellulaire chez les patients infectés au VIH-1.