Cette thèse vise à combler une lacune de la connaissance sur les effets systémiques des outils de contrôle de gestion dans son acception de pilotage organisationnel. Elle se repose sur une étude ethnographique longue de plus de 3 ans, réalisée dans une direction de ligne d'une entreprise européenne de transport ferroviaire Eurorailway. Elle montre qu'une direction de ligne a utilisé successivement deux ensembles d'outils de pilotage pour gouverner, conduire et animer les entités internes contributrices à la production ferroviaire. D'abord un ensemble d'outils de la contractualisation dans une relation horizontale avec ses entités internes; ensuite un autre ensemble d'outils de pilotage par la hiérarchie dans une structure verticale. Leurs cohabitations, concurrences et affrontements ont généré des effets systémiques complexes sur les individus, les processus et pratiques organisationnels et in fine sur la performance: des effets de congruence bénéfiques dans certaines pratiques, absence d'effets dans d'autres pratiques et des effets néfastes par leurs interactions. Éclairée par la théorie de la pratique de Schatzki qui contourne l'opposition gênante entre le déterminisme fonctionnaliste et les critiques psycho-sociologiques, notre recherche montre que leurs effets réels ne peuvent se comprendre qu'en lien avec la pratique de gestion qui les mobilise. / This dissertation contributes to the limited body of knowledge on systemic consequences of management control tools, also to the limited body of research on management control as system by mobilizing management tools as an analyzer of organizational phenomena. Based on an ethnography case study in a large European railway company, this research finds that this organization utilizes successively two packages of management tools for the governance of internal entities involved in the production of services delivered ta passengers: the first one based on the levers of customer/supplier relationship, the second one by hierarchal levers. The systemic effects generated by these packages of management tools are complex, some are beneficial, other are neutral, and some are even harmful to the performance. By applying Schatzki's practice theory which circumvents the unhelpful opposition between the functionalist determinism and the sociological/psychological critical approaches, we argue that the systemic consequences of management tools can only be apprehended in the practice where they are used. Mobilizing management tools as an analyzer of organizational phenomena offers a new vista to study management control as a system.