En France, comme dans de nombreux autres pays de l'OCDE, la forte augmentation du nombre de diplômés scientifiques de niveau doctoral du milieu des années 80 au milieu des années 90, puis la progressive désaffection pour les études doctorales qui s'en est suivie, se sont combinées à une internationalisation accrue et à des transformations importantes des processus d'innovation. Notre hypothèse est qu'on assiste à l'émergence d'un marché du travail scientifique intermédiaire, à l'intersection du secteur académique et du secteur de la R&D privée, qui permet de répondre à ces évolutions. Une analyse détaillée, essentiellement à la lumière de l'économie du travail, des processus de production des scientifiques et des transformations récentes des carrières des jeunes scientifiques est tout d'abord entreprise. Puis, davantage dans la perspective de l'économie de l'innovation, les caractéristiques de l'emploi et de l'activité de R&D des jeunes chercheurs sont étudiées en fonction de leur appartenance à une des trois communautés scientifiques isolées (enseignants-chercheurs et chercheurs du secteur académique, chercheurs du secteur privé, chercheurs du secteur intermédiaire).

Cette thèse a comme objectif d'apporter une contribution à l'économie de l'innovation au niveau microéconomique. Elle est composée de trois chapitres portant sur le marché du travail des scientifiques et ingénieurs, les incitations à l'innovation dans le secteur privé et l'existence d'effets de proximité spatiale dans le recrutement des jeunes diplômés en sciences et ingénierie (S&I). Dans le premier chapitre de cette thèse, nous nous intéressons au marché du travail des scientifiques et ingénieurs. Tout d'abord, nous dégageons les différentes caractéristiques de ce marché du travail. Nous analysons ensuite les différents déterminants d'accès aux activités de R&D pour les jeunes diplômés en S&I. Enfin, nous nous interrogeons plus globalement sur la valorisation des activités de R&D au sein des entreprises privées. Nous déterminons s'il est rentable pour un ingénieur d'effectuer sa carrière au sein des activités de R&D. Cette analyse du marché du travail des scientifiques en entreprise montre qu'il n'existe pas de primes aux fonctions de R&D. Ce résultat nous amène à nous interroger dans le second chapitre de cette thèse sur les incitations à l'innovation dans le secteur privé. La mesure de l'innovation choisie est le fait pour un ingénieur de déposer un brevet, indicateur habituellement choisi pour mesurer l'innovation au niveau des entreprises. Nous nous intéressons aux types d'incitations monétaires reçues par les inventeurs au sein des entreprises. De la littérature, deux types d'incitations ressortent : les incitations liées à la performance de l'agent (le salaire) et celles liées à la performance des entreprises (les stock-options). Nous portons une attention particulière à la mobilité inter-entreprise des inventeurs. Dans le dernier chapitre de cette thèse, dans la lignée des travaux de l'économie de la connaissance portant sur le lien innovation-territoire, nous analysons l'existence d'effets de proximité dans le recrutement des jeunes diplômés en S&I par les entreprises pour leurs activités de R&D. Nous cherchons également à déterminer si le capital humain des scientifiques est plus fortement valorisé sur le marché du travail local, remettant dans une certaine mesure en cause la théorie de la prospection d'emploi spatiale. Enfin, nous portons une attention toute particulière à la valorisation du capital humain scientifique au sein des pôles de compétitivité mis en place par le gouvernement français en 2005 à l'image des clusters américains.