Cette thèse est une analyse positive de la mise en œuvre des marchés de permis d'émission. Nous expliquons pourquoi les droits sont généralement offerts quand l'analyse économique normative recommande de les vendre.Nous montrons empiriquement que les permis négociables gratuits, source de profit exceptionnel, motivent des comportements de recherche de la rente. L'étude porte sur le marché américain de droits d'émission de SO2. La règle d'allocation initiale a été établie à l'issue de discussions parlementaires similaires à un jeu à somme nulle. Nous la formalisons comme une règle endogène de partage, fonction de l'effort de lobbying et nous la testons à l'aide des contributions politiques (monétaires).Nous analysons théoriquement le comportement d'un régulateur influencé ayant choisi d'organiser un marché de permis et qui doit encore décider sur deux variables politiques : la quantité globale de droits et la manière de les allouer au départ. Nous formalisons ce processus de décisions à l'aide du modèle d'agence commune.Nous montrons que le choix d'un mode d'allocation initiale n'est pas neutre en présence de défaillances du marché politique (lobbying). La décision de vendre les permis ou de les offrir gratuitement modifie l'incitation d'actionnaires d'une industrie polluante à faire pression pour ou contre la réduction des émissions.Nous analysons ensuite l'arbitrage public entre les deux variables lorsque plusieurs lobbies industriels jouent un jeu partiellement coopératif pour obtenir des permis gratuits. Le régulateur choisit en priorité d'offrir gratuitement les droits avant d'en manipuler la quantité totale, répondant ainsi efficacement à l'influence politique.