Magistrinio darbo metu buvo optimizuotos sąlygos tirti trijų auglį slopinančių genų promotoriaus metilinimo pakitimus šviežiai šaldytos DNR ir iš parafininių audinių blokų išskirtos DNR mėginiuose metilinimui jautrios PGR (MSP) metodu. Ištirtos p16, RARβ ir RASSF1A genų DNR metilinimo pažaidos 43 nerūkančiųjų ir 60 rūkančiųjų nesmulkialąstelinės žmogaus plaučių karcinomos (PK) DNR mėginiuose. Šie ASG, kurių produktai dalyvauja ląstelės ciklo reguliacijoje, signalų perdavime ar diferenciacijoje, dažnai būna inaktyvuoti plaučių patogenezės metu kaip atsakas į tabako kancerogenų poveikį. Mūsų tyrimo metu nustatyti didesni hipermetilinimo dažniai p16 ir RASSF1A genų promotoriuose rūkančiųjų plaučių karcinomose (33 proc. ir 44 proc.) palyginus su nerūkančiaisiais (12 proc. ir 21 proc.). Be to, hipermetilinimas p16 geno promotoriuje buvo dažnesnis plokščialąstelinėse karcinomose (39 proc.) nei adenokarcinomose (18 proc.), bei geno inaktyvacija stebėta dažniau vyrų (36 proc.) negu moterų (9 proc.) vėžiniuose plaučių audiniuose. Nenustatyti statistiškai reikšmingi skirtumai tarp ASG metilinimo nerūkančiųjų, turėjusių ar neturėjusių kontakto su rūkalais namuose bei darbe, grupėse. Nustatyti dideli tirtų ASG metilinimo dažniai rūkančiųjų ir nerūkančiųjų grupėse rodo epigenetinių pažaidų svarbą plaučių vėžio patogenezėje. Epigenetinių pažaidų tyrimai ateityje gali tapti patikimu plaučių vėžio biožymeniu, o genų p16 ir RASSF1A metilinimo analizė gali pasitarnauti vėžio prevencijai... [toliau žr. visą tekstą] / Aberrant methylation in the promoter region of tumour suppressor genes (TSGs) is one of the mechanisms responsible for gene silencing during carcinogenesis. In lung cancer, p16, RASSF1A and RAR genes are frequently altered by hypermethylation in promoter region as a consequence of exposure to tobacco smoke. The main aim of our study was to optimize conditions for methylation specific PCR (MSP) and to analyze aberrant methylation in p16, RASSF1A and RAR genes in primary non-small cell lung carcinomas (NSCLC) from smokers and never-smokers. Aberrant methylation was analysed in 43 NSCLC from non-smokers and in 60 NSCLC from smokers, and relations to smoking status, histology, age and sex were evaluated. We found hypermethylation of p16 and RASSF1A genes to be frequent events in tobacco smoking patients. The rate of epigenetic alterations in p16 gene promoter was 33%, while RASSF1A gene was hypermethylated in 44% of tumour samples. Hypermethylation of p16 was more prevalent in squamous cell carcinomas (39%) than adenocarcinomas (18%), and in males (36%) than females (9%). There was no relationship between promoter hypermethylation and age. No significant differences in frequencies of hypermethylation were detected in NSCLC from never-smokers with and without documented exposure to environmental tobacco smoke. Analysis of epigenetic inactivation of tumour suppressor genes, particularly p16 and RASSF1A, may provide a valuable biomarker for lung cancer prevention in... [to full text]

Darbo tikslas: Apžvelgti ir apibendrinti ankstesnius tyrimus apie genominės DNR metilinimą bei šio biocheminio proceso svarbą gyvam organizmui. Darbo uždaviniai: Išanalizuoti ir apibendrinti esamą mokslinę literatūrą apie:1. DNR metilinimo bazinius aspektus. 2. DNR metilinimo procesų eigą. 3. DNR metilinimo biologinę esmę ir reikšmę. 4. DNR metilinimo procesus eukariotuose ir prokariotuose. 5. DNR metilinimo tyrimo metodus. 6. DNR metilinimo duomenų bazes. Darbas paremtas įvairių autorių anksčiau publikuotais duomenimis apie DNR metilinimą ir jo biologinę reikšmę. Surinkta, išnagrinėta ir apibendrinta literatūra apie DNR metilinimą leidžia geriau suprasti ir papildyti žinias apie DNR metilinimo reikšmę ląstelių diferenciacijai, apsaugai, genų represijai ir indukcijai, nukleotidų pasikeitimui genome bei organizmų evoliucijai. Išvados: 1. Metilinimas yra svarbi DNR modifikacija., nuo kurios priklauso svarbūs genetiniai reiškiniai – genomo imprintingas ir apsauga, chromatino sandara, ląstelės ciklo ir genų veiklos valdymas. Metilinimo procesas labai svarbus embriogenezės ir organizmo vystymosi metu, nes nuo jo priklauso genų ekspresija. 2. Citozino likučių metilinimas katalizuojamas fermentais - DNR metiltransferazėmis, kurie randami prokariotuose ir eukariotuose. 3. Metilinimas atlieka ir kitas funkcijas: dalyvauja replikacijos tikslumo kontrolėje, de novo metilinime, taip pat demetilinimo procesuose. / To view and generalize previous analysis about genomic DNA methylation and stress out of this biochemical process to the alive organism. Fit up, analyse and generalize scientific literature about: DNR methylation fundamental dimensions, DNR methylation process, DNR methylation biological point and consideration, DNR methylation process in eukariotics and prokaryotics, DNR methylation exploratory methods, DNR methylation databases. Methylation is an essential DNA modification, whose over depend important genetic expressions – genomic inprinting and conservancy, chromatin structure, cell cycle and repression of genes activity. Methylation process is very important during embryogenesis and organism evolution, because its over depend gene expression. There are three DNA methylation conditions: non-methylated site, methylated site and hemi-methylated site. Methylation investigation was navigate in germ. Parent methylation function in germ is a mechanism, which protects a cell from extraneous DNA institution.

Krūties vėžys yra dažniausia Lietuvos ir viso pasaulio moterų onkologinė liga. Ši liga pasižyminti nevienoda eiga, todėl molekulinė vėžio analizė yra labai svarbi. Šiuo metu ligos eiga prognozuojama, remiantis riboto informatyvumo klinikinių žymenų sistema, o gydymui tik pavieniais atvejais skiriami atrankūs vaistai, nukreipti į ligą sukėlusį genetinį pakitimą. Naviko molekulinė analizė padeda aptikti pažaidas vėžio genuose ar jų raiškos pakitimus ir informuoja apie ligos išsivystymo priežastis, padeda prognozuoti ligos progresavimo tikimybę, atskleidžia taikinius naujos kartos gydymo priemonėms. Siekiant įvertinti krūties vėžio epigenetinių biožymenų efektyvumą mes tyrėme reguliacinių genų, dalyvaujančių ląstelės ciklo kontrolėje, signalų perdavime, apoptozėje ir DNR reparacijoje, promotoriaus sekų hipermetilinimą. Tyrimui buvo atrinktos 76 pirminės ankstyvos stadijos (pT1-2) krūties karcinomos. Metilinimo pakitimai promotoriaus sekoje buvo tiriami septyniuose naviką slopinančiuose genuose (p14, p16, RARβ, RASSF1A, DAPK, GSTP1 ir MGMT), taikant metilinimui jautrią PGR. „Tikro laiko“ PGR metodas buvo įdiegtas epigenetinių pakitimų tyrimams cirkuliuojančioje vėžio DNR, išskirtoje iš ligonių kraujo plazmos. Didžioji dalis ankstyvos stadijos krūties karcinomų (63/76) turėjo bent vieno tirto geno hipermetilinimą. Bendras epigenetinių žymenų informatyvumas – 83%. Dažniausiai hipermetilinimas krūties karcinomose nustatytas gene RASSF1A (56/76). Statistinė analizė parodė... [toliau žr. visą tekstą] / Breast cancer is the most prevalent malignancy of women in Lithuania and word-wide. The course of disease differ markedly among patients, therefore molecular characterisation of tumour is very important. However, current prognostic markers are mainly based on clinical parameters and do not enable a reliable selection of the patients with high risk of disease progression. Molecular characterisation of tumour through detection of changes in cancer-related genes can help to estimate the risk of cancer progression, detect the molecular targets for modern treatment strategies. In order to evaluate the suitability of epigenetic biomarkers for molecular characterisation of breast cancer we analysed promoter hypermethylation in a wide panel of regulatory genes involved in cell cycle control, signalling, apoptosis and DNA repair. 76 primary breast carcinomas of early stage (pT1-2) were selected for the study. Aberrant methylation in promoter regions of seven tumour suppressor genes (p16, p14, RARβ, RASSF1A, DAPK, GSTP1 and MGMT) was analysed by means of methylation-specific PCR. The “Real Time” PCR method was adapted for detection of epigenetic changes in circulating tumour DNA from plasma of cancer patients. Most of the early-stage breast tumours (63/76) exhibited hypermethylation in at least one gene involved in analysis. The overall sensitivity of the epigenetic biomarkers was 83%. Gene RASSF1A was the most frequently (56 of 76 cases) hypermethylated gene in breast tumours... [to full text]

Glioblastoma (GBM) is the most common primary brain tumor in adults. This study attempted to identify the genes potentially regulated by promoter methylation in GBM. Therefore, we analyzed the expression of COX7A1, SPINT1, AREG, NPTX2, and KRT81 in glioblastomas and human brain tissue and investigated if there were any associations between the expression and methylation of these genes. Moreover, we aimed to determine the methylation frequency of 11 genes (AREG, CASP8, CD81, DcR1, DR4, GATA4, GATA6, hMLH1, NPTX2, TES, and TFPI2) promoters in 100 patients with glioblastoma multiforme and to evaluate the associations between patients’ clinical characteristics and prognostic value. The methylation status of the following 4 gene promoters was significantly related to patients’ survival after surgery: AREG, CASP8, GATA6 and TFPI2. Identification of the methylation status of these genes could be one of the objective criteria in the prognosis of disease course in patients with glioblastoma and could supplement the list of already known epigenetic markers. The methylation status of a combination of 6 genes (AREG, CASP8, DR4, GATA4, GATA6, and TFPI2) was found to be a more accurate independent prognostic factor associated with patients’ survival after surgery when compared with the methylation status of individual genes. The molecular classification of GBM according to the methylation profile of a combination of these 6 genes could help clinicians tailor an appropriate treatment... [to full text] / Glioblastoma (GBM) yra vienas labiausiai paplitusių ir agresyviausių pirminių galvos smegenų auglių. Siekiant nustatyti molekulinius žymenis, susijusius su GBM vystymusi, diagnoze ir prognoze, buvo atlikta 14 genų (AREG, CASP8, CD81, COX7A1, DcR1, DR4, GATA4, GATA6, hMLH1, KRT81, NPTX2, SPINT1, TES ir TFPI2) promotorių metilinimo analizė. Buvo nustatyti naviką slopinančių genų promotorių metilinimo dažniai, ryšiai su klinikinėmis sergančiųjų GBM charakteristikomis ir prognozinė vertė. Disertacinio darbo metu nustatyta, kad AREG ir NTPX2 genų raiška susijusi su šių genų promotorių metilinimu, tuo tarpu COX7A1, KRT81 ir SPINT1 genų raiškos skirtumai nėra susiję su šių genų promotorių metilinimu. Naujų epigenetinių žymenų tyrimai 100 GBM pavyzdžių parodė navikų epigenetinį heterogeniškumą ir įvairų tirtų genų promotorių metilinimo dažnį. Nustatyta, kad AREG, CASP8, GATA6 ir TFPI2 genų promotorių metilinimas statistiškai patikimai susijęs su išgyvenimo trukme po operacijos. Šių genų promotoriaus metilinimo nustatymas gali būti vienas iš objektyvių kriterijų prognozuojant pacientų ligos eigą ir papildyti jau nustatytų epigenetinių žymenų sąrašą. Buvo sudarytas, suminis šešių genų (AREG, CASP8, DR4, GATA4, GATA6 ir TFPI2) derinys, kuris yra tikslesnis nepriklausomas prognozinis veiksnys, susijęs su išgyvenimo trukme po operacijos lyginant su atskirų genų promotorių metilinimu. GBM molekulinis tipavimas pagal šių šešių genų derinį galėtų padėti parenkant gydymo strategiją.