Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias. / Los virus de Influenza tipo A representa una amenaza latente para la salud pública y para la salud animal. Debido a esto, y a raíz de la creciente preocupación por los focos de influenza aviar de alta patogenicidad que se registran en diferentes regiones del mundo, actualmente se lleva a cabo una vigilancia epidemiológica constante de estos virus por parte de diversas organizaciones de salud, monitoreando desde planteles comerciales hasta poblaciones de aves silvestres, especialmente de aquellas catalogadas como migratorias. Sin embargo, la información existente sobre estos virus en poblaciones silvestres en América del Sur aún es muy limitada. Las aves silvestres, especialmente aquellas relacionadas con ambientes acuáticos, son consideradas como reservorios de la gran mayoría de los subtipos de virus de influenza A conocidos y tienen el potencial de diseminarlos entre países e incluso continentes por medio de las rutas migratorias, debido a esto, resulta fundamental generar esta información epidemiológica. Este estudio, realizó un muestreo en los sectores Humedal Laguna Cartagena (HLC) y la Reserva Nacional Lago Peñuelas (RNLP), entre Septiembre de 2015 y Agosto de 2016. El objetivo de este estudio, fue la detección de virus de influenza A en muestras de heces de aves silvestres mediante rRT-PCR, determinando una relación entre la prevalencia del virus detectada y la estacionalidad de las comunidades de aves silvestres presentes durante el muestreo. Se recolectaron un total de 2.579 muestras ambientales (1.148 de HLC y 1.431 de la RNLP) y paralelamente, mediante la realización de censos se identificaron un total de 5.091 aves (3.815 en HLC y 1.276 en RNLP) pertenecientes a 46 especies, de las cuales 39 fueron clasificadas como residentes, 5 como visitantes de primavera-verano y 2 como visitantes de otoño-invierno. El análisis de las muestras indicó una prevalencia a VIA de un 0,4% (5/1.148) para el HLC y de un 1,04% (15/1.431) para la RNLP. Casi la totalidad de las muestras positivas fueron detectadas durante los meses de verano, siendo Diciembre y Enero los meses que presentaron los valores de prevalencia más altos, lo cual coincidió con una mayor presencia y abundancia de aves migratorias de origen boreal. Los factores de riesgo que presentaron asociación estadísticamente significativa fueron una abundancia de individuos baja (<200) (OR = 9,71; p = 0,0424) en el HLC y la estación del año, correspondiente a primavera-verano (OR 5,47 y p = 0,0288) en la RNLP. Los resultados de este estudio demuestran la presencia de virus de influenza A en los ecosistemas de ambos sitios y la asociación con la estacionalidad de las poblaciones de aves silvestres presentes en ellos / Influenza type A viruses represent a constant threat to both public and animal health. Therefore, and because of growing concern on high pathogenic avian influenza outbreaks around the world, health organizations maintain a strong epidemiological surveillance of this virus, monitoring from avian production systems till wild birds populations, especially the ones are catalogued as migratory birds. However, there is short information at moment about these types of viruses in wilds populations on South America. Wild birds, especially the ones are related with aquatic environment, are considered as reservoir of the most known influenza A virus and his subtypes, also they has the potential to disseminate the virus across countries or continents by migratory routes. Due to this, is extremely important generate this epidemiologic information. This Study, performed a sampling in Cartagena Lagoon Wetland y Peñuelas Lake National Reserve, between September 2015 and August 2016. The aim of this study was detect influenza A virus on samples feces of wild birds using rRT-PCR, determining a relationship between the prevalence of the virus and the seasonality of wild birds population. Were collected a number of 2.579 environmental samples (1.148 from HLC and 1.431 from RNLP), also it was possible by a census, identified 5.091 birds (3.815 in HLC and 1.276 in RNLP) belonging to 46 species, which one 39 were classified as residents birds, 5 as spring/summer visitors and 2 as an autumn/winter visitors. The analysis of the samples showed a prevalence to avian influenza virus of 0,4% (5/1.148) for HLC and a 1,04% (15/1.431) for RNLP. Almost all positive samples were detected in summer months, December and January showed the highest prevalence values, which coincided with a greater presence and abundance of boreal migratory birds. The risk factors that showed significant statistics association were low individuals abundance (<200) (OR = 9,71; p = 0,0424) in HLC and autumn/winter season (OR 5,47 y p = 0,0288) in RNLP / Financiamiento: Proyecto NIAID HHSN272201400006C.