Dans de nombreuses régions tropicales dont certaines zones du Brésil, les plantations industrielles d'Eucalyptus connaissent une expansion rapide. L'impact environnemental et la durabilité de ces plantations soulèvent de nombreuses questions, notamment en termes d'évolution du bilan carboné et de la fertilité des sols, et d'impact sur les ressources en eau. Cette thèse contribue à apporter des réponses à ces questions, en étudiant les bilans de carbone, d'eau et d'azote des plantations d'Eucalyptus de l'état de São Paulo. L'approche privilégiée est celle de la modélisation écophysiologique, et l'échelle visée in fine est celle de grandes plantations. Cette thèse présente une première approche empirique d'estimation spatialisée de la production des plantations, basée sur la construction et l'interprétation de séries temporelles d'indice de végétation du satellite MODIS sur un ensemble de parcelles d'âge et de productivité contrastés. Ensuite une approche plus complète de modélisation écophysiologique est développée, basée sur le modèle C-H2O-N « G'DAY » qui a été adapté au cas des plantations brésiliennes. La simulation par le modèle des flux de C, H2O et N sur l'ensemble de parcelles évoqué précédemment, à l'échelle de la rotation, a été réalisée avec et sans la contribution de données d'indice foliaire, obtenues à partir des séries temporelles de réflectance MODIS. Ces séries temporelles de données satellitaires sont riches en informations sur la variabilité spatio-temporelle de la productivité, qui est bien reproduite par le modèle écophysiologique proposé / Industrial Eucalyptus plantations are expanding rapidly in many tropical regions, and in particular in south-eastern Brazil. Their sustainability and environmental impact are an issue of concern, and questions have been raised regarding their carbon balance and effects on soil fertility and water ressources. This thesis addresses some of these questions, by studying the carbon, water and nitrogen balance of Eucalyptus plantations in São Paulo State.A process-based modelling approach was adopted, with the ultimate aim of application at the scale of large plantations. A first empirical approach was developed to estimate wood production on a spatial basis, involving the construction and interpretation of MODIS vegetation index time series on a set of Eucalyptus stands of contrasted age and productivity levels. The complete ecophysiological C-H2O-N cycling model "G'DAY" was then adapted for Brazilian plantations. Rotation-length simulations of C, H2O and N fluxes were carried out on the afore-mentioned set of plantation stands, either with or without the integration of leaf area index data obtained from MODIS reflectance time-series. The satellite time series carry useful information about the spatio-temporal variability of productivity, which is also well reproduced by the proposed ecophysiological model

Le poids et la teneur en sucres du fruit sont deux caractères complexes, importants pour la qualité de la tomate. L'objectif de cette thèse est de disséquer ces deux caractères par une démarche pluridisciplinaire, impliquant des approches écophysiologiques, génétiques et moléculaires. Une population de 20 lignées d'introgression de Solanum chmielewskii dans le fonds génétique de S. lycopersicum a été cultivée en 2006 et en 2007 sous deux conditions de charges en fruits afin de moduler sa disponibilité en carbone : une forte charge où tous les fruits sont conservés sur les bouquets, et une faible charge constituée par un unique fruit par bouquet. Des indicateurs de processus écophysiologiques impliqués dans le poids et la teneur en sucres du fruit ont été mesurés ou estimés. Ils ont permis de caractériser les principaux processus écophysiologiques sous-jacents aux QTL de qualité, notamment la division et l'expansion cellulaire, la transpiration du fruit, et l'allocation carbonée pour la synthèse de composés structuraux. Un fort effet de la charge en fruits a été mis en évidence sur l'expression des QTL pour la plupart des caractères observés, indiquant l'occurrence d'interactions génotype x charge en fruits. L'utilisation d'un modèle écophysiologique prédisant la teneur en sucres d'un fruit de tomate à maturité, combiné à une détection de QTL, a permis d'identifier des colocalisations entre QTL de qualité et QTL de variables de fonctionnement du fruit telles que la fourniture du fruit en assimilats, la transformation métabolique des sucres en d'autres composés, ou la dilution des composés par l'entrée d'eau dans le fruit. Enfin, une lignée d'introgression portant des QTL de poids frais et de sucres avec des allèles aux effets opposés ainsi que la lignée conférant le fonds génétique ont été étudiées au niveau moléculaire par une analyse du transcriptome en phase d'expansion cellulaire. Des gènes candidats dont le niveau d'expression serait associé aux variations de poids et de teneurs en sucres du fruit, engendrées par une modification de la charge en fruits ont été identifiés. L'analyse en cinétique de l'expression de quelques gènes candidats a permis de mettre en évidence des liens entre variables écophysiologiques et moléculaires.