Το Θέμα της Μεταπτυχιακής Εργασίας Ειδίκευσης αφορά την οργάνωση ενός Προγράμματος Παρακολούθησης των υφιστάμενων οικοτόπων στο Εθνικό Πάρκο Λιμνοθαλασσών Μεσολογγίου- Αιτωλικού, του κάτω ρου και εκβολών ποταμών Αχελώου και Ευήνου καθώς και των Νήσων Εχινάδων. Ειδικότερα στο πρώτο μέρος της Εργασίας γίνεται ανάλυση των υφιστάμενων οικοτόπων της προστατευόμενης περιοχής με περιγραφή των αβιοτικών και βιοτικών στοιχείων των οικοσυστημάτων που συνιστούν το τοπίο της περιοχής. Στη συνέχεια οργανώθηκε ένα σύστημα βιοπαρακολούθησης με ένα ψηφιακό σχεδιασμό μόνιμων επιφανειών δειγματοληψίας, στις οποίες προτάθηκαν οι απαραίτητες βάσεις δεδομένων με εισαγωγή των διαφόρων μετρήσεων τους. Τέλος στο τρίτο μέρος γίνεται αξιολόγηση των οικοτόπων σε σχέση με τις επιδράσεις που έχουν πραγματοποιηθεί σε αυτούς μέσα από την παράθεση φωτογραφικού υλικού, ώστε στη συνέχεια να απεικονιστεί η έντασή τους αλλά και η επιρροή τους στις ζώνες του Δικτύου Natura 2000 εντός του Εθνικού Πάρκου και ανάλογα με αυτές να ακολουθήσουν προτάσεις διαχείρισης και προστασίας και τα συμπεράσματα. / The theme of the Graduate Degree Working on the organization of a monitoring program of existing habitat at the National Park Lagoons Messolongi-Aitolikou the lower reaches and estuaries Acheloos Evinos and Islands Echinades. Especially in the first part of the project is an analysis of current habitat of the protected area with a description of abiotic and biotic components of ecosystems that make up the landscape. Then run a biomonitoring system with a digital design permanent sampling plots, which offered the necessary databases to introduce the various measurements. Finally the third part has an evaluation of habitats in relation to the effects that have made ​​them through photographs so then visualize the intensity and the influence zones of the Natura 2000 network within the National Park and as with these proposals to follow the management and protection and conclusions.