Submitted by Antonio Bento de Oliveira Junior null (junioreif@hotmail.com) on 2018-01-23T13:42:06Z No. of bitstreams: 1 Tese-final.pdf: 43113195 bytes, checksum: 7cc85051e3a1420a2983ce716e0ae144 (MD5) / Rejected by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: Problema 01 : A data na capa deve conter somente o ano; Problema 02: A data na folha de aprovação deve ser a data da defesa; Problema 03: Se você teve financiamento da FAPESP é obrigatório constar também na folha de rosto e o numero do processo; Problema 04: As páginas viii, xvi, xviii, 10, 34, 38, 46 e 60 estão em branco; Problema 05: A numeração das páginas deve ser contínua. Caso ainda tenha dúvida consulte, por gentileza o modelo que consta na página da seção de pós-graduação, link Instruções para Qualificação e Defesas :http://www.ibilce.unesp.br/#!/pos-graduacao/instrucoes-para-aluno-que-vai-defender/ Agradecemos a compreensão. on 2018-01-23T17:41:25Z (GMT) / Submitted by Antonio Bento de Oliveira Junior null (junioreif@hotmail.com) on 2018-01-23T18:20:41Z No. of bitstreams: 1 Tese-final.pdf: 42848208 bytes, checksum: 26d4aab1e2a66d06ba87e4533f1cdd40 (MD5) / Approved for entry into archive by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br) on 2018-01-24T12:12:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveirajunior_ab_dr_sjrp.pdf: 42589488 bytes, checksum: 6433ad3adeeb7e56b159e54ad745abe2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-24T12:12:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveirajunior_ab_dr_sjrp.pdf: 42589488 bytes, checksum: 6433ad3adeeb7e56b159e54ad745abe2 (MD5) Previous issue date: 2017-12-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O enovelamento de proteínas acontece em um espaço de fase multidimensional, onde o número conformações possíveis é exponencialmente alta. Uma forma comum de representar essas conformações é utilizar uma coordenada de reação efetiva (por exemplo, fração de contatos nativos). Porém, como a informação de cada conformação não é representada neste tipo de aproximação estatistifica, alguns mecanismos do enovelamento de proteínas não são possíveis de ser descritos ou analisados. Neste trabalho, usou-se uma métrica para descrever a distancia entre quaisquer duas conformações, essa métrica é calculada levando em conta as distâncias internas dos aminoácidos presentes em cada estrutura. Utilizando-se um método de projeção efetiva é possível ir além da representação em uma dimensão e visualizar a superfície de enovelamento da proteína em duas ou três dimensões. Para aplicar essa metodologia realizou-se simulações computacionais do enovelamento de proteínas utilizando o modelo baseado em estrutura, com aproximação para Cα. Três proteínas foram analisadas: CI-2, o Domínio SH3 e a Proteína A. Dos resultados, foi possível observar que para cada tipo de "motifs"estrutural (folha-β e/ou α-hélice) projetou funis de enovelamento distintos. A partir da visualização foi possível analisar o processo de enovelamento em detalhes, sendo possível identificar a conectividade entre as conformações assim como, possíveis rotas de enovelamento (f olding pathsways). Analisou-se também as diferenças estruturais da rota dominante no domínio SH3 e a competitividade entre a estrutura do estado nativo e do estado espelhado que acontece em proteínas que possuem somente α-hélice, como é o caso da proteína A. / Protein folding occurs in a very high dimensional phase space, in which an exponentially large number of states is represented in terms of one effective reaction coordinate. Since the role of each local minimum is not considered in this statistical approach, the folding mechanism is unveiled by describing the local minima in an effective onedimensional representation. In this work, we used a metric to describe the distance between any two conformations, which is based on internal distances between amino acids in each conformation. A effective projection method allows to go beyond the one-dimensional representation and visualizing a 2D folding funnel representation. Computer simulations of protein folding were performed using Cα structure-based model. Three proteins have been studied: CI2, SH3 Domain and Protein-A. Distinct funnels have been generated according to the major motifs in each proteins, (β-sheet or/and α-helix). The visualization allows assessing the folding process in detail, e.g. by identifying the connectivity between conformations and establishing the paths that lead to the native state and we analyzed structural differences in the dominant route of SH3 and the competitiveness between the native and mirror structures in protein A.