Visando contribuir para a compreensão dos processos que originaram e mantiveram a biodiversidade na Mata Atlântica (MA), o presente estudo teve como objetivo inferir a história evolutiva - bem como os processos biogeográficos envolvidos - de duas espécies de aves da MA, P. atra (120 indivíduols) e P. leucoptera (434 indivíduos). Realizamos uma análise filogeográfica envolvendo marcadores com diferentes tipos de herança: materna (gene mitocondrial da subunidade II da NADH desidrogenase), biparental (três marcadores anônimos VIDY, GK439 e 55J7) e ligada ao cromossomo Z (íntron 18 da helicase com cromo-domínio de ligação ao DNA, íntron 15 da helicase Brahma dependente de ATP e íntron 1 da fosfolipase A2). Duas questões principais foram abordadas: (i) Qual hipótese de diversificação é mais congruente com os resultados do presente estudo? (ii) Os resultados baseados em marcadores com diferentes tipos de herança são congruentes? Para responder a primeira questão, algumas das previsões de cada hipótese foram testadas. Foi encontrada evidência de que as mudanças climáticas no final do Pleistoceno parecem ter sido importantes na estrutura filogeográfica de Pyriglena atra e Pyriglena leucoptera na MA. Os resultados encontrados foram congruentes com a Hipótese dos Isolados de Montanha, mas aparentemente refutam outras hipóteses, tais como: a Hipótese dos Refúgios do Pleistoceno no contexto do modelo paleoclimático proposto por Carnaval & Moritz (2008), Hipótese de estruturas fisiográficas (rios ou montanhas) como barreiras, e a Hipótese de Gradientes Ecológicos. Além disso, os rios Doce e Contas parecem ser barreiras secundárias interrompendo parcialmente o gênico. Finalmente, os marcadores revelaram diferentes níveis de estrutura geográfica e sinais nem sempre totalmente congruentes. Assim, embora os marcadores mitocondriais sejam muito informativos em reconstruções filogeográficas, é importante usar vários tipos de marcadores para recuperar de forma mais completa a história dos processos evolutivos dos organismos e os possíveis fatores que geraram essa biodiversidade / To contribute to the understanding of the processes that originated and maintained biodiversity in the Atlantic Forest (AF), the present study aimed to infer the evolutionary history - as well as the biogeographic processes involved - of two AF bird species, P. atra (120 individuals) and P. leucoptera (434 individuals). We performed a phylogeographic analysis based on markers with different types of inheritance: maternal (mitochondrial gene of the NADH dehydrogenase subunit II), biparental (three annonymous markers: VIDY, GK439, 55J7) and Z-linked (intron 18 of the chromo-DNA-binding domain helicase, intron 15 of the ATP-dependent Brahma helicase and intron 1 of the Phospholipase A2). Two major questions were addressed: (i) Which diversification hypothesis best fits the results of the present study? (ii) Are the results based on markers with different types of inheritance congruent? In order to answer the first question, some of the predictions of each hypothesis were tested. We found evidence that climate changes in the late Pleistocene seem to have been important for shaping the phylogeographic structure of Pyriglena atra and Pyriglena leucoptera in the AF. The results are congruent with the Montane Isolation Hypothesis but apparently refute other hypotheses, such as: The Pleistocene Refuge Hypothesis in the context of the paleoclimatic model proposed by Carnaval & Moritz (2008), Hypothesis of physiographic structures (i.e. rivers or mountains) as barriers, and the Ecological Gradients Hypothesis. Additionaly, the Doce and Contas rivers seem to act as secondary barriers partially disrupting gene flow. Finally, the markers revealed varying levels of geographical structure that were not totally congruent. Thus, although mitochondrial markers are very informative for phylogeographic reconstructions, it is important to use several types of markers in order to recover the history of the evolutionary processes of organisms and the possible factors that generate this biodiversity