De nombreuses espèces de poissons marins côtiers à forte valeur économique ont un cycle de vie complexe impliquant des migrations saisonnières entre l'environnement marin et les habitats côtiers. Une meilleure compréhension de leur cycle de vie, en particulier l'identification de leurs nourriceries clés, est vitale pour la gestion durable des stocks de poissons exploités. Cette étude évalue la fonction de nourricerie des lagunes côtières du Golfe du Lion (Méditerranée NO) pour la daurade royale, Sparus aurata, une espèce d'intérêt commercial, dont les juvéniles colonisent ces habitats chaque année pendant leur premier été de vie. La qualité en tant que nourriceries de quatre lagunes aux conditions environnementales contrastées a été estimée par des mesures de la condition (indices de Fulton et TAG:ST) et du taux de croissance (par otolithométrie) des juvéniles. Les résultats montrent une condition et une croissance des juvéniles plus importantes dans les deux lagunes les plus dessalées et peu profondes (Bages-Sigean et Mauguio) que dans les deux lagunes profondes aux salinités proches de celle de la mer (Salses-Leucate et Thau). Les différences spatiales, stables dans le temps, de signatures élémentaires des otolithes ont permis de valider ces dernières comme tag naturel pour discriminer les habitats des juvéniles de daurade royale. Ainsi, l'identification a posteriori des nourriceries colonisées au stade juvénile chez des adultes pêchés le long de la côte du Golfe du Lion a pu être réalisée. Les estimations de la contribution relative des habitats des juvéniles au stock d'adultes (selon la contribution absolue ou la contribution par unité de surface) révèlent l'importance globale des lagunes pour le maintien des populations. Les lagunes les plus dessalées ont été identifiées comme les meilleures nourriceries de la zone d'étude. Le rôle important de la lagune de Thau pour le maintien des stocks de poissons a également été mis en évidence. Les résultats dans leur ensemble montrent une certaine convergence entre les estimations d'exports potentiel et réel des habitats des juvéniles. Les conclusions de cette étude sont primordiales pour la gestion et la protection des habitats clés des juvéniles ainsi que les ressources exploitées qui en dépendent. / Many coastal marine species of major socio-economic importance exhibited complex life histories include seasonal migrations between offshore marine environments and inshore coastal habitats. An adequate scientific understanding of their life cycle and, in particular the identification of the most significant juvenile nursery grounds are urgently needed for the sustainable management of fish stocks. This present study investigated the nursery function of coastal lagoons in the Gulf of Lions (NW Mediterranean) for a valuable fish species, the gilthead sea bream Sparus aurata, whose juveniles colonize these habitats each year for feeding and growing over their critical first summer of life. Habitat quality of four contrasted lagoons was measured with body condition (Fulton and muscle TAG/ST indices) and otolith growth rate of juveniles. Results showed better condition and higher growth rates in juveniles inhabiting the two shallow and brackish lagoons (Bages-Sigean, Mauguio) compared to the two deeper and more saline lagoons (Salses-Leucate and Thau). Otolith elemental signatures were temporally validated as natural tags to discriminate among juvenile habitats, allowing the retrospective identification of juvenile origin of S. aurata adults captured along the Gulf of Lions coastline. The estimations of relative contributions of juvenile habitats to adult stocks revealed the overall significance of lagoons for the maintenance of population. While, brackish lagoons were identified as the major contributors and best nursery habitats in the area, the importance of Thau lagoon to sustain fish stocks was also highlighted. Combined results of this research revealed some agreement between potential and effective export estimates from juvenile habitats. Information derived from this study is highly valuable for the sustainable management and protection of juvenile habitats, and the fishery resources that depend on them.

Une soixantaine d'espèces de poisons démersaux fréquentent les eaux sub-littorales de la baie de Douarnenez, de la rade de Brest, de la baie d'Audierne et de la proche Iroise. Elles s'y répartissent surtout en fonction de la nature du fond. L'étude de l'évolution saisonnière des captures a, cependant, montré une influence des conditions hydro-climatiques, en particulier en baie de Douarnenez. L'utilisation de l'analyse des correspondances sur les fréquences d'apparition des espèces permet de différentier les peuplements hivernaux de ceux d'été. Cette alternance est également en rapport avec les périodes de reproduction de leurs espèces caractéristiques. Sur les nourriceries intertidales, l'étude des caractères physico-chimiques de l'eau montre l'extrême dépendance de la répartition des espèces, en particulier des juvéniles de Pleuronectiformes, vis-à-vis des arrivées d'eau douce continentale et de l'exposition de ces estrans par rapport au large. L'évolution mensuelle des quantités capturées montre le même schéma, quel que soit le lieu ; un accroissement des prises lors de l'élévation de la température de l'eau à partir de mai, suivi d'une diminution traduisant une fuite en profondeur des jeunes poissons en novembre. L'analyse des structures démographiques tendrait à montrer une double origine géographique des jeunes plies au Nord de la zone étudiée. Par contre, chez Solea lascaris, le bi modalisme du groupe 0 pourrait être attribué à la confusion de deux espèces dont les périodes de ponte seraient distinctes. Enfin, l'étude des contenus stomacaux des principaux prédateurs montre la grande variété des proies consommées ainsi qu'une variabilité des régimes, particulièrement en fonction de la taille des poissons. Ces observations, complétées par une analyse éthologique des régimes, permettent la mise en évidence des aspects primordiaux de la relation prédateur-proie. Plusieurs indices montrent que la compétition interspécifique entre les prédateurs est faible.

Les écosystèmes côtiers et estuariens sont extrêmement riches d’un point de vue biologique et écologique et abritent des habitats essentiels au maintien et au renouvellement des ressources marines d’intérêt halieutique. Parmi les altérations subies par ces écosystèmes, les proliférations de macroalgues opportunistes sont l’un des signes les plus visibles de l’eutrophisation dans plusieurs régions du monde, et particulièrement dans le nord-ouest de la France. Les processus à l’origine de ces proliférations sont relativement bien identifiés tandis que leurs conséquences écologiques - notamment sur l’ichtyofaune - restent mal connues et peu étudiées. L’objectif de cette thèse est de caractériser les effets des marées vertes sur la fonction d’habitat halieutique essentiel au renouvellement de l’ichtyofaune des zones côtières et estuariennes par une approche multi-échelleLes conséquences des marées vertes sur l’ichtyofaune ont tout d’abord été examinées à l’échelle de la communauté. Ensuite, les processus par lesquels cette perturbation affecte l’ichtyofaune ont été étudiés par une approche à l’échelle de l’individu. Cette étude s’est intéressée aux réponses des juvéniles à travers la sélection de l’habitat et la comparaison de leurs performances physiologiques entre un site contrôle et un site impacté. Au travers de ces deux approches, un impact négatif écologiquement significatif des marées vertes sur la qualité des habitats essentiels au renouvellement des ressources d’intérêt halieutique a été mis en évidence. Les conséquences des marées vertes sur l’ichtyofaune sont modul / Coastal and estuarine systems are highly productive areas that provide unique biological and ecological services and shelter essential habitats to numerous fisheries resources. Among the perturbations experienced by these ecosystems, proliferations of opportunistic macroalgae, commonly known as ‘green tides’, are one of the most obvious signs of eutrophication in coastal and estuarine areas, worldwide, and in Northwestern France in particular. The processes underlying macroalgal proliferations are almost identified whereas their ecological consequences - especially for ichthyofauna - remain poorly understood and understudied. The objective of this thesis is to characterise the effects of green tides on the role of coastal and estuarine habitats for ichthyofauna, on both the community and the individual scales.First, we investigated the consequences of green tides on ichthyofauna on the community scale. Then, we examined the processes which affect the ichthyofauna during green tides, on the individual scale. Marine juvenile fish responses were investigated based on habitat selection and comparison of individual performances between a control and an impacted site. Based on these two complementary approaches, we evidence ecological significant negative effects of green tides on the quality of essential fish habitats. The effects of green tides on ichthyofauna are modulated by the intensity and nature of macroalgal blooms, and are related to the fish habitat use and ecology. A decreasing gradient of sensibility to green tides is emphasised, from benthic to demersal and pelagi