Les systèmes estuariens, en raison des différentes interactions qui y ont lieu sont des écosystèmes extrêmement complexes qui nécessitent une approche multidisciplinaire pour les étudier. Ce travail de thèse a eu pour objectif d'étudier, pour la première fois dans un estuaire macrotidal, le rôle des œufs de résistance dans la dynamique de population des principales espèces de copépodes de l'estuaire de la Seine, en relation avec leur dynamique saisonnière ainsi que les processus hydro-sédimentaires. Il a d'abord fallu identifier les zones où se trouvaient ces œufs, puis mettre en place un protocole d'étude adéquat pour le suivi de la variation saisonnière de l'abondance des œufs de résistance benthiques. Cela a été établi à partir de l'extraction des œufs des couches sédimentaires, et de leur incubation à différentes températures afin d'identifier la nature de ces œufs. La variation saisonnière de l'abondance des principales espèces de copépodes de l'estuaire de la Seine a également été étudiée afin de mettre en relation le compartiment pélagique et le compartiment benthique. Finalement, une approche expérimentale a été développée afin d'induire la production d'œufs de diapause chez Eurytemora affinis, copépode calanoïde majoritaire de l'estuaire de la Seine. Les abondances en œufs de résistance benthiques relevées au cours de cette étude (de l'ordre de 105 à 107 œufs.m-3) présentent un maximum vers la fin de l'été et de l'automne, suggérant que ces espèces produisent des formes de résistance en prévision de conditions hivernales défavorables. Les résultats indiquent que dans l'estuaire de la Seine, au moins trois espèces de copépodes calanoïdes produisent des œufs de résistance, c'est-à-dire Temora longicornis, Acartia spp. et Eurytemora affinis. En effet, des éclosions ont été observées pour chacune de ces trois espèces avec un maximum pour les sédiments prélevés en février suggérant l'importance de la réalisation d'une période réfractaire avant un recrutement printanier. Bien que le succès d'éclosion moyen soit faible (4 %), les taux d'émergences calculés peuvent être considérables (≈ 600 000 nauplii.m-3.mois-1) et constituer une source importante de recrutement pour les populations des principales espèces de copépodes calanoïdes. L'approche expérimentale a révélé que la production d'œufs de diapause chez l'espèce clef de l'estuaire de la Seine, E. affinis pouvait être induite par des jours courts, mais que la photopériode n'était sans doute pas le seul facteur responsable de l'entrée en dormance, et que l'étude d'autres facteurs tels que la surpopulation, la présence de prédateurs, etc. doit être pris en compte dans le futur. / The study of estuarine systems, highly complex, requires a multidisciplinary approach. The aim of this thesis was to investigate for the first time, in a macrotidal estuary, the role of resting eggs in the population dynamics of the main copepod species in the Seine estuary in relation to their seasonal patterns and hydro-sedimentary processes. It was first necessary to identify where to find the eggs, and then develop a study protocol to monitor the seasonal abundance of benthic resting eggs. This objective was reached by the extraction of eggs from sediment layers, and their incubation at different temperatures to identify the nature of these eggs. The seasonal variation in abundance of key species of copepods in the estuary of the Seine was also studied in order to establish a link between the benthic and pelagic compartments. Finally, an experimental approach was developed to study the induction of diapause eggs in the main calanoid copepod, Eurytemora affinis, of the Seine estuary. The abundances of benthic resting eggs found during this study (about 105 to 107 œufs.m-3) exhibit a maximum around the end of the summer and during fall, suggesting that copepod species produce resting eggs in prevision of adverse winter conditions. The results indicate that in the Seine estuary, at least three species of calanoid copepods produce resting eggs, i.e., Temora longicornis, Acartia spp. and Eurytemora affinis. Indeed, hatching have been observed for each of these three species with a maximum for eggs collected in February, suggesting the importance of achieving a refractory period before spring recruitment. Although the average hatching success is low (4%), the estimated emergence rates can be considerable (≈ 600 000 nauplii.m-3.month-1) and could contribute significantly to the recruitment of the main calanoid copepod populations. The experimental approach has revealed that the production of diapause eggs in the key species to the Seine estuary, E. affinis could be induced by short days, but photoperiod was probably not the only factor responsible for the induction of dormancy; therefore study of other factors such as overcrowding, presence of predators, should be considered in future studies.