Les gènes situés sur la molécule d'ADN au coeur de nos cellules nonseulement portent une information héréditaire, mais de plusparticipent dynamiquement au fonctionnement de la cellule ensynthétisant plus ou moins activement des protéines. Ces dernièressont susceptibles de nombreuses interactions non linéaires avecd'autres acteurs, menant à la formation de réseaux biochimiques quipeuvent présenter des comportements dynamiques divers et complexes. Enparticulier, la régulation de l'activité des gènes (leur taux detranscription) par des protéines spécifiques peut aboutir à laformation de boucle de rétroaction. Ces boucles tissent des réseauxgénétiques où un ensemble de gènes régulent réciproquement leursexpressions.Des travaux expérimentaux récents ont montré que la régulation del'activité du gène n'est pas toujours instantanée. Nous avons alorsétudié l'influence d'une dynamique transcriptionnelle intrinsèque dansun circuit simple constitué d'un gène réprimé par sa propre protéine.Nous obtenons un critère analytique pour l'apparition desoscillations, qui nous permet de montrer que ces dernières sontfavorisées lorsque le temps de réponse du gène prend une certainevaleur. L'échelle de temps ainsi repérée est pertinente à la fois dansune description déterministe et dans une description stochastique.Ce sont également des réseaux génétiques qui sont à l'origine decertains rythmes biologiques, induisant les oscillations del'expression de protéines clés. Ces réseaux sont alors des horlogesendogènes qui permettent à de nombreux êtres vivants d'anticiper lesmodifications cycliques de l'environnement. Parmi celles-ci, l'horlogecircadienne permet à l'organisme de s'adapter au cycle diurnal enétant entraîné par l'alternance du jour et de la nuit. À partir de données expérimentales, nous avons modélisé l'horlogecircadienne de l'algue unicellulaire Ostreococcus tauri. Lemodèle est basé sur une boucle de rétroaction transcriptionnellenégative impliquant deux gènes se régulant mutuellement. L'accordentre le modèle et les données expérimentales est excellent et met enévidence une absence de signature du couplage dans les données lorsquel'horloge est à l'heure, ce qui révèle une propriété de robustesse aux fluctuations d'éclairement. / Genes located on the DNA macromolecule inside our cells do not onlycarry hereditary information. They also contribute dynamically tobiological functions by synthesizing proteins at a variable rate.Proteins are subject to many nonlinear interactions with other actors,forming vast biochemical networks which may display a number ofcomplex behaviors. In particular, regulation of gene activity (i.e.,of their transcription rate) by specific proteins creates feedbackloops. These loops form genetic networks where a set of genes regulatetheir expressions reciprocally. Recent experimental studies have shown that gene regulation is notalways instantaneous. We have thus studied the influence of anintrinsic transcriptional dynamics in the simple circuit where a geneis repressed by its own protein. We have obtained an analyticalcriterion for the appearance of oscillations, which allows us to showthat oscillations are favored when gene response time is close to acharacteristic value. The time scale thus identified is relevant bothin a deterministic and a stochastic description. Gene regulatory networks are also at work in some biological rhythms,inducing oscillations in the concentrations of some key proteins.These networks then serve as endogeneous clocks, which allow manyliving organisms to anticipate periodic changes in the environment. Inparticular, the circadian clock is used by organisms to adapt to thediurnal cycle by being entrained by the day/night cycle. Using experimental data, we have constructed a mathematical model ofthe circadian clock of the unicellular alga Ostreococcus tauri.This model is based on a transcriptional negative feedback loop, whichinvolves two genes regulating each other. Agreement between numericalsimulations and experimental data is excellent and unveils the factthat there is no signature of coupling in data when the clock is ontime. This reveals a strong robustness to daylight fluctuations.

Thèse doctorat : Dispositifs de l'Electronique Intégrée : Villeurbanne, INSA : 2007. / Titre provenant de l'écran-titre. Références bibliographiques à la fin de chaque chapitre. Bibliographie de l'auteur Annexe C.

Thèse de doctorat : Sciences physiques et de l'ingénieur. Electronique : Bordeaux 1 : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre.

Th. doct.-ing., vibrations et oscillateurs--Besançon, 1984. N°: 7.

Th. doct.-ing.--Besançon, École nationale supérieure de méc. et des microtech., 1982. N°: 2.

Les oscillateurs sont des blocs qui figurent dans presque tous les circuits. En effet, ils sont utilisés pour générer les signaux de synchronisation (les horloges), les signaux modulés et démodulés ou récupérer des signaux noyés dans du bruit (détection synchrone). Les caractéristiques de ces oscillateurs dépendent de l'application. Dans le cas des boucles à verrouillage de phase (PLL), il existe de fortes exigences en matière de stabilité et de bruit de phase. En outre, face aux avancées des technologies nanométriques, il est également nécessaire de prendre en compte les effets liés à la variabilité des procédés de fabrication. Aujourd'hui, de nombreuses études sont menées sur les oscillateurs asynchrones en anneau qui présentent des caractéristiques bien adaptées à la gestion de la variabilité et qui offrent une structure appropriée pour limiter le bruit de phase. A ce titre, les anneaux asynchrones sont considérés comme une solution prometteuse pour générer des horloges. Cette thèse étudie les avantages et les potentiels offerts par les oscillateurs asynchrones en anneau. Deux applications principales ont été identifiées. D'une part, ces oscillateurs sont une solution prometteuse pour la génération d'horloges polyphasées à haute fréquence et à faible bruit de phase. D'autre part, ils constituent une alternative simple, dans une certaine mesure aux oscillateurs plus conventionnels et aux DLLs, car ils sont programmables en fréquence numériquement et sont susceptibles de fournir les fonctionnalités d'arrêt de type gated clock de façon native. Plusieurs oscillateurs ont été conçus, implémentés, fabriqués en technologie CMOS 65 nm de STMicroelectronics et, finalement, caractérisés sous pointes. Ces travaux ont notamment permis de démontrer la pertinence de ces oscillateurs et qu'ils constituent une alternative sérieuse aux très classiques oscillateurs en anneau à base d'inverseurs.

L'oscillateur optoélectronique (OEO) introduit en 1994 par S. Yao et L. Maleki fut le premier oscillateur microondes incorporant une fibre optique très longue afin d'obtenir une très haute qualité spectrale. Dans cette thèse, nous nous sommes concentrés sur des applications de l'OEO, un domaine encore peu exploré. L'idée directrice est d'étudier des variations contrôlées de la fréquence d'oscillation et de montrer la faisabilité d'applications correspondantes. Deux possibilités sont abordées ici pour modifier la phase du signal et donc la fréquence d'oscillation. La première consiste à modifier le chemin optique global du système. Après avoir montré la sensibilité du système à une modification de la longueur de boucle, nous avons appliqué ce principe à la mesure de l'indice de réfraction de diverses solutions chimiques avec une précision estimée à cinq millièmes environ. Des améliorations sont possibles et doivent permettre de gagner un ordre de grandeur. Dans la deuxième méthode le signal optique en sortie de la fibre est divisé en deux voies a priori équivalentes. En imposant une variation de l'amplitude du signal dans un des chemins il est possible lors de la recombinaison électronique de modifier la phase globale. Une technique utilisant un amplificateur optique à semi-conducteur conduit à la réalisation d'un OEO contrôlé en tension ; une modulation de fréquence permettant de travailler jusqu'à un indice de modulation d'environ 5,4 est alors mise en œuvre. Une deuxième technique fondée sur un circulateur optique terminé par un interféromètre à fibre permet, grâce à une compensation des effets thermiques, de mesurer par exemple le coefficient d'absorption d'un liquide.

Thèse de doctorat : Sciences physiques : Lille 1 : 2000. / Résumé en français et en anglais. Textes en français et en anglais (publications). Bibliogr. p. 127-131. Notes bibliogr.

Th.--Sci. phys.--Lille 1, 1977. N°: 387.

L'ajout de cavités externes à des lasers est une façon passive de réduire le bruit optique à basses fréquences dans ces derniers. Cette technique peut être utilisée autant pour les lasers à émission continue que dans les lasers en régime impulsionnel. Le projet consistait à appliquer cette méthode à un oscillateur paramétrique optique pour réduire son bruit et en stabiliser les impulsions. Nous avons ainsi réussi à réduire de plus de 40 dB le bruit à certaines fréquences et à obtenir des moyennes de réduction pouvant aller jusqu'à 30 dB entre 0 et 10 MHz. Il a été conclu que la longueur optimale de la cavité externe est légèrement plus courte que celle de la cavité résonnante de l'OPO et qu'une réduction de bruit adéquate sans trop allonger les impulsions est atteinte lorsque le niveau de retour est près de 10-2. Les paramètres initiaux de l'OPO font beaucoup varier ces résultats. En effet, l'alignement de celui-ci change beaucoup la trace de bruit initiale (sans cavité externe). Il nous est donc possible d'obtenir de plus grandes réductions si le bruit initial est plus élevé. Il semble que la cavité externe puisse éliminer presque complètement le bruit dans ce spectre de fréquences. Enfin, la stabilisation sur une plus longue période a été réalisée grâce à une boucle de rétroaction reliant le coupleur de sortie de l'OPO à un détecteur au silicium. On peut ainsi éviter l'alignement manuel de l'OPO pour une journée complète d'utilisation.