Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El objetivo de este trabajo fue realizar un estudio poblacional, utilizando los marcadores intergénicos tipo SNP (polimorfismos de un solo nucleótido) DQA2/DQB1, DQB2/DQA2 y BTNL2-C6orf10, ubicados en la subregión IIa del Complejo Principal de Histocompatibilidad ovino (Ovar-MHC), en las poblaciones ovinas presentes en el archipiélago de Chiloé, en particular la Criollo Chilota (OCH) y Suffolk Down (SD). El genotipado fue realizado por medio de PCR alelo específico en tiempo real (ASqPCR) y análisis de curvas de fusión en alta resolución con cambio de Tm de los partidores (HRM Tm-shift primers). No se observó diferencias significativas al comparar las frecuencias alélicas entre las poblaciones. En la población OCH sólo DQA2/DQB1 se desvió del Equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) por deficiencia de heterocigotos (valor de P < 0,05), mientras que en SD todos estuvieron bajo EHW (valor de P > 0,05). En ambas poblaciones hubo LD entre DQA2/DQB1 y DQB2/DQA2 (r2= 0,3778 , r2= 0,5589, valor de P = 0,000 y 0,0008; respectivamente), observándose diferentes patrones haplotípicos entre las poblaciones. Los resultados sugieren, en conjunto con la literatura, una asociación no aleatoria entre los loci DQA2/DQB1 y DQB2/DQA2 relacionados con los genes de la cadena alfa y beta de la glicoproteína DQ presentadora de antígenos a los linfocitos T cooperadoras (CD4+). Lo cual sienta las bases para realizar estudios evolutivos a mayor escala acerca de los patrones haplotípicos que se han establecido en las distintas razas de ovinos