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Évolution de la charge virale et de l'intégration de HPV-16 dans les maladies précancéreuses du col utérinFontaine, Julie January 2004 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Exploring optimal snoRNA profiling using Next Generation Sequencing methods / Exploration des méthodes de séquençage pour une identification optimale des snoRNAsDupuis Sandoval, Fabien January 2018 (has links)
Abstract: Recent advances in Next-Generation Sequencing protocols have opened a variety of ways
to generate data. However, each newly developed methodology is most suited to represent
a certain phenomenon or molecule. The object of this analysis is to identify the most
appropriate way to generate and process data to study the snoRNAs, or small nucleolar
RNA. Recently, snoRNAs have been revealed as taking part in a variety of unexpected
alternative functions such as splicing, resistance to oxidative shock and chromatin
unwinding. Finding a method to generate and treat a large quantity of data containing
snoRNAs and their potential interactors could highlight some of their unexplored roles
within the cell. To tackle the problem, a new protocol was put forward. This new pipeline
relies on a reverse transcriptase isolated from a bacterial group II intron which boasts a
better representation of structured small RNAs such as tRNAs and snoRNAs. Indeed, when
compared to data created by using the standard small RNA preparation protocol, the
sequencing data generated through the group II intron retrotranscriptase gives a much fairer
representation. These improvements are also present in the bioinformatics pipeline. The
workflow was changed to facilitate the detection of ncRNAs. These modifications rescue
millions of reads, further increasing the power of the analysis. Ultimately, such corrections
increase the predictive power of sequencing data. / Des avancées récentes dans le domaine du séquençage de prochaine génération ont ouvert une panoplie de façons de générer des données. Toutefois, chaque nouvelle méthode dévelopée est souvent appropriée à la caractérisation d’un seul type de phénomène ou de molécules. L’objectif de cette analyse est d’identifier la manière la plus appropriée de générer et traiter les données pour étudier les petits ARNs nucléolaires, snoRNAs. Récemment, ceux-ci ont été révélés comme des acteurs dans une variété de fonctions alternatives comme l’épissage alternatif, la résistance au choc oxidatif et l’état de la chromatine. Il est donc impératif de trouver une méthode qui puisse traiter une large quantité de données contenant les snoRNAs et leurs intéracteurs pour découvrir les rôles encore inexplorés des snoRNAs. Dans cette optique, un nouveau protocole a été élaboré. Cette nouvelle suite d’analyses s’appuie sur une reverse transcriptase isolée d’un intron de groupe II bactérien qui affiche une meilleure représentation des petits ARNs structurés comme les tRNAs et les snoRNAs. En effet, quand les données générées à travers la méthode de préparation des libraries pour petits ARNs standard est comparée à celle basée sur la reverse transcriptase bactérienne, cette dernière donne une meilleure représentation du compte des espèces. Ces avancées sont aussi présentes dans la méthode d’analyse informatique. La suite d’outils a été modifiée afin de permettre une meilleure détection des petits ARN non-codants. Ces modifications permettent de récupérer des millions de lectures par ensemble de données ce qui augmente le pouvoir prédictif de l’analyse.
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L’impact du polymorphisme du gène E2 sur la quantification de la charge virale du VPH-16 dans les maladies précancéreuses du col utérinAzizi, Naoufel 12 1900 (has links)
Le VPH-16 de même que certains VPH, dont le VPH-18, causent le cancer du col
utérin. Son intégration dans le génome humain pourrait être un marqueur de
progression de l’infection.
Les charges virales totale et intégrée sont présentement mesurées en quantifiant par
PCR en temps réel les gènes E6 (RT-E6) et E2 (RT-E2-1) du VPH-16.
Nous avons évalué l’impact du polymorphisme du gène E2 sur la quantification de
l’ADN du VPH-16 dans des spécimens cliniques. Dans un premier temps, le gène
E2 de 135 isolats de VPH-16 (123 appartenaient au clade Européen et 12 à des
clades non- Européens) fut séquencé. Ensuite, un test de PCR en temps réel ciblant
les séquences conservées dans E2 (RT-E2-2) fut développé et optimisé.
Cent trente-neuf spécimens (lavages cervicaux et vaginaux) provenant de 74
participantes (58 séropositives pour le VIH, 16 séronégatives pour le VIH) ont été
étudiés avec les trois tests E2 (RT-E2-2), E6 (RT-E6) et E2 (RT-E2-1).
Les ratios de la quantité d’ADN de VPH-16 mesuré avec RT-E2-2 et RT-E2-1 dans
les isolats Européens (médiane, 1.02; intervalle, 0.64-1.80) et Africains 1 (médiane,
0.80; intervalle, 0.53-1.09) sont similaires (P=0.08). Par contre, les ratios mesurés
avec les isolats Africains 2 (médiane, 3.23; intervalle, 1.92-3.49) ou Asiatique-
Américains (médiane, 3.78; intervalle, 1.47-37) sont nettement supérieurs à ceux
obtenus avec les isolats Européens (P<0.02 pour chaque comparaison). Les
distributions des quantités de E2 contenues dans les 139 échantillons mesurées avec
RT-E2-2 (médiane, 6150) et RT-E2-1 (médiane, 8960) étaient statistiquement
différentes (P<0.0001).
Nous avons observé que les charges virales totale (odds ratio (OR) OR, 2.16 95%
intervalle de confiance (IC) 1.11-4.19), et épisomale du VPH-16 (OR, 2.14 95% IC
1.09-4.19), mais pas la présence de formes intégrées (OR, 3.72 95% IC 1.03-13.4),
sont associées aux néoplasies intraepitheliales cervicales de haut grade (CIN-2,3), et
ce, en contrôlant pour des facteurs confondants tels que l’âge, le taux de CD4
sanguin, l’infection au VIH, et le polymorphisme de VPH-16. La proportion des
échantillons ayant un ratio E6/E2 > 2 pour les femmes sans lésion intraépithéliale (7 de 35) est similaire à celle des femmes avec CIN-2,3 (5 de 11, p=0.24) ou avec CIN-
1 (4 de14, P=0.65).
Le polymorphisme du gène E2 est un facteur qui influence la quantification des
charges intégrées de VPH-16. / Episomal and integrated HPV-16 loads are currently estimated by quantitation with
real-time PCR of HPV-16 E6 (RT-E6) and E2 (RT-E2-1) DNA. We assessed the
impact of HPV-16 E2 polymorphism on quantitation of integrated HPV-16 DNA in
clinical specimens. First, HPV-16 E2 was sequenced from 135 isolates (123 from
European and 12 from non-European lineages). A novel assay targeting conserved
HPV-16 E2 sequences (RT-E2-2) was optimized and applied with RT-E6 and RTE2-
1 on 139 HPV-16-positive cervicovaginal lavages collected from 74 women (58
HIV-seropositive, 16 HIV-seronegative). Ratios of HPV-16 DNA copies measured
with RT-E2-2 and RT-E2-1 with European (median, 1.02; range, 0.64-1.80) and
African 1 (median, 0.80; range, 0.53-1.09) isolates were similar (P=0.08). Ratios
obtained with African 2 (median, 3.23; range, 1.92-3.49) or Asian-American
(median, 3.78; range, 1.47-37) isolates were greater than those with European
isolates (P<0.02 for each comparison). Distributions of HPV-16 E2 copies measured
in 139 samples with RT-E2-2 (median, 6150) and RT-E2-1 (median, 8960) were
different (P<0.0001). HPV-16 total (odds ratio (OR) OR, 2.16 95% confidence
interval (CI) 1.11-4.19), episomal (OR, 2.14 95% CI 1.09-4.19) but not integrated
(OR, 3.72 95% CI 1.03-13.4) load, were associated with high-grade cervical
intraepithelial neoplasia (CIN-2,3) after controlling for age, CD4 count and HIV,
and HPV-16 polymorphism. The proportion of samples with an E6/E2 ratio >2 in
women without SIL (7 of 35) was similar to that of women with CIN-2,3 (5 of 11,
P=0.24) or CIN-1 (4 of 14, P=0.65). E2 polymorphism was a factor that influenced
measures of HPV-16 integrated load.
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L’impact du polymorphisme du gène E2 sur la quantification de la charge virale du VPH-16 dans les maladies précancéreuses du col utérinAzizi, Naoufel 12 1900 (has links)
Le VPH-16 de même que certains VPH, dont le VPH-18, causent le cancer du col
utérin. Son intégration dans le génome humain pourrait être un marqueur de
progression de l’infection.
Les charges virales totale et intégrée sont présentement mesurées en quantifiant par
PCR en temps réel les gènes E6 (RT-E6) et E2 (RT-E2-1) du VPH-16.
Nous avons évalué l’impact du polymorphisme du gène E2 sur la quantification de
l’ADN du VPH-16 dans des spécimens cliniques. Dans un premier temps, le gène
E2 de 135 isolats de VPH-16 (123 appartenaient au clade Européen et 12 à des
clades non- Européens) fut séquencé. Ensuite, un test de PCR en temps réel ciblant
les séquences conservées dans E2 (RT-E2-2) fut développé et optimisé.
Cent trente-neuf spécimens (lavages cervicaux et vaginaux) provenant de 74
participantes (58 séropositives pour le VIH, 16 séronégatives pour le VIH) ont été
étudiés avec les trois tests E2 (RT-E2-2), E6 (RT-E6) et E2 (RT-E2-1).
Les ratios de la quantité d’ADN de VPH-16 mesuré avec RT-E2-2 et RT-E2-1 dans
les isolats Européens (médiane, 1.02; intervalle, 0.64-1.80) et Africains 1 (médiane,
0.80; intervalle, 0.53-1.09) sont similaires (P=0.08). Par contre, les ratios mesurés
avec les isolats Africains 2 (médiane, 3.23; intervalle, 1.92-3.49) ou Asiatique-
Américains (médiane, 3.78; intervalle, 1.47-37) sont nettement supérieurs à ceux
obtenus avec les isolats Européens (P<0.02 pour chaque comparaison). Les
distributions des quantités de E2 contenues dans les 139 échantillons mesurées avec
RT-E2-2 (médiane, 6150) et RT-E2-1 (médiane, 8960) étaient statistiquement
différentes (P<0.0001).
Nous avons observé que les charges virales totale (odds ratio (OR) OR, 2.16 95%
intervalle de confiance (IC) 1.11-4.19), et épisomale du VPH-16 (OR, 2.14 95% IC
1.09-4.19), mais pas la présence de formes intégrées (OR, 3.72 95% IC 1.03-13.4),
sont associées aux néoplasies intraepitheliales cervicales de haut grade (CIN-2,3), et
ce, en contrôlant pour des facteurs confondants tels que l’âge, le taux de CD4
sanguin, l’infection au VIH, et le polymorphisme de VPH-16. La proportion des
échantillons ayant un ratio E6/E2 > 2 pour les femmes sans lésion intraépithéliale (7 de 35) est similaire à celle des femmes avec CIN-2,3 (5 de 11, p=0.24) ou avec CIN-
1 (4 de14, P=0.65).
Le polymorphisme du gène E2 est un facteur qui influence la quantification des
charges intégrées de VPH-16. / Episomal and integrated HPV-16 loads are currently estimated by quantitation with
real-time PCR of HPV-16 E6 (RT-E6) and E2 (RT-E2-1) DNA. We assessed the
impact of HPV-16 E2 polymorphism on quantitation of integrated HPV-16 DNA in
clinical specimens. First, HPV-16 E2 was sequenced from 135 isolates (123 from
European and 12 from non-European lineages). A novel assay targeting conserved
HPV-16 E2 sequences (RT-E2-2) was optimized and applied with RT-E6 and RTE2-
1 on 139 HPV-16-positive cervicovaginal lavages collected from 74 women (58
HIV-seropositive, 16 HIV-seronegative). Ratios of HPV-16 DNA copies measured
with RT-E2-2 and RT-E2-1 with European (median, 1.02; range, 0.64-1.80) and
African 1 (median, 0.80; range, 0.53-1.09) isolates were similar (P=0.08). Ratios
obtained with African 2 (median, 3.23; range, 1.92-3.49) or Asian-American
(median, 3.78; range, 1.47-37) isolates were greater than those with European
isolates (P<0.02 for each comparison). Distributions of HPV-16 E2 copies measured
in 139 samples with RT-E2-2 (median, 6150) and RT-E2-1 (median, 8960) were
different (P<0.0001). HPV-16 total (odds ratio (OR) OR, 2.16 95% confidence
interval (CI) 1.11-4.19), episomal (OR, 2.14 95% CI 1.09-4.19) but not integrated
(OR, 3.72 95% CI 1.03-13.4) load, were associated with high-grade cervical
intraepithelial neoplasia (CIN-2,3) after controlling for age, CD4 count and HIV,
and HPV-16 polymorphism. The proportion of samples with an E6/E2 ratio >2 in
women without SIL (7 of 35) was similar to that of women with CIN-2,3 (5 of 11,
P=0.24) or CIN-1 (4 of 14, P=0.65). E2 polymorphism was a factor that influenced
measures of HPV-16 integrated load.
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