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Exploration de la diversité virale dans les échantillons environnementaux / Exploration of viral diversity in environmental samples

Fabre, Elisabeth 19 January 2017 (has links)
La découverte des virus géants il y a une dizaine d’années a véritablement bouleversé notre perception du monde viral. Cette découverte a ouvert un débat sur l’origine et l’histoire évolutive de ces virus, et ravivé celui portant sur la nature des virus : peuvent-ils être considérés comme vivants ?J'ai caractérisé un nouveau Marseilleviridae, isolé à partir d’un échantillon prélevé en Nouvelle-Calédonie, appelé Noumeavirus. Les Marseilleviridae sont des grands virus à ADN, qui possèdent des particules à symétrie icosaédrique d’environ 200 nm de diamètre, et des génomes à ADN double-brin de plus de 300 kb. Différentes approches de génomique, protéomique, ainsi que l’étude du cycle infectieux ont montré que le cycle infectieux de ces virus n’était pas indépendant du noyau cellulaire mais recrutait transitoirement les fonctions nucléaires à l’usine virale.J'ai également caractérisé un nouveau Pandoravirus, isolé à partir d’un échantillon prélevé en Nouvelle-Calédonie, appelé Pandoravirus neocaledonia. Les Pandoravirus possèdent une morphologie unique au sein des virus, ainsi qu’un génome colossal à ADN double-brin de 2.5 Mb. Des études comparatives avec d’autres Pandoravirus ont été réalisées en combinant plusieurs approches, afin de mieux comprendre les caractéristiques de ces virus inédits. La morphologie étonnante de ces virus nous a poussés à étudier la nature de leur enveloppe, constituée d’un réseau de fibres formant des structures lamellaires. Se pourrait-il que les Pandoravirus, contrairement aux autres virus, détournent la machinerie cellulaire pour construire leurs particules ? Dans ce cas, quelle serait leur place dans l’histoire évolutive des virus ? / The discovery of giant viruses about a decade ago has truly shaken our perception of the viral world. This discovery has initiated a debate on the origin and evolutionary history of these viruses, and it revived the debate on their nature: are viruses alive?I characterized a new Marseilleviridae, isolated from a sample collected in New-Caledonia, named Noumeavirus. The Marseilleviridae are large DNA viruses that have icosahedral particles of about 200 nm in diameter, and double-stranded DNA genomes of more than 300 kb. Various approaches, such as genomics, proteomics and the study of the infectious cycle, allowed us to reveal that the infectious cycle of these viruses was not independent from the cell nucleus as we thought, but was transiently recruiting nuclear functions to the viral factory.I also characterized a new Pandoravirus, isolated from a sample collected in New-Caledonia, named Pandoravirus neocaledonia. Pandoraviruses have a unique morphology and a gigantic double-stranded DNA genome of about 2.5 Mb. Comparative studies with other Pandoraviruses were performed using several approaches to better understand the characteristics of these original viruses. The astonishing morphology of these viruses led us to investigate the nature of their envelope, which is made of a mesh of fibers forming lamellar structures. Is it possible that Pandoraviruses, unlike other viruses, hijack the cellular machinery to build their particles? In this case, what would be their place in the evolutionary history of viruses?

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