Protocolos complementares de desinfecção estão sendo investigados com o objetivo de promover uma maior redução de bactérias viáveis após o preparo químico-cirúrgico dos canais radiculares. Este estudo clínico randomizado comparou o efeito da ativação ultrassônica da pasta de hidróxido de cálcio com o da pasta não ativada na redução da atividade metabólica de bactérias nos canais radiculares. Vinte pacientes com necrose pulpar e periodontite apical assintomática foram alocados de forma randomizada em dois grupos de acordo com o protocolo de medicação intracanal: Grupo UA - ativação ultrassônica da pasta de hidróxido de cálcio (n=10) e Grupo NA - não ativação da pasta (n=10). Amostras microbiológicas dos canais radiculares foram coletadas após os procedimentos de: cirurgia de acesso (S1), preparo químico-cirúrgico (S2), irrigação ultrassônica passiva (PUI) (S3) e medicação intracanal entre sessões com pasta de hidróxido de cálcio, com ou sem ativação ultrassônica (S4). As amostras endodônticas foram submetidas à extração de DNA e RNA. O RNA foi submetido à reação de transcrição reversa para confecção de DNA complementar (cDNA). O efeito dos procedimentos endodônticos na redução bacteriana foi determinado por qPCR baseada em rDNA, utilizando iniciadores universais para a região 16S rRNA do domínio Bacteria. A atividade metabólica das bactérias foi calculada pela razão rRNA/rDNA baseados nos dados dos ensaios de qPCR. Bactérias foram consideradas metabolicamente ativas quando a razão era maior ou igual a 1. A análise intragrupo foi realizada pelos testes de Wilcoxon e Q de Cochran; enquanto a análise entre os grupos foi realizada pelos testes de Mann-Whitney e Exato de Fisher (P < 0,05). As amostras S1 apresentaram uma mediana de 2,38 x 106 e 1,60 x 105 cópias de rDNA nos grupos UA e NA, respectivamente. Após o preparo químico-cirúrgico houve uma redução significativa de rDNA bacteriano nos dois grupos (UA: 2,14 x 103; NA: 7,48 x 103; P < 0,01 para ambos). Porém, 80% e 90% dos casos permaneceram com bactérias metabolicamente ativas após o preparo químico-cirúrgico nos grupos UA e NA, respectivamente. A PUI contribuiu para a redução do número de canais com bactérias ativas nos dois grupos (UA: 60%; NA: 50%). No grupo UA, esse número caiu para 30% após o protocolo da medicação intracanal com ativação ultrassônica, com uma diferença significativa entre S1 e S4 (P < 0,05). Por outro lado, no grupo NA, 60% dos canais continham bactérias metabolicamente ativas. A análise entre os grupos revelou uma diferença significativa entre os protocolos de medicação intracanal quanto ao metabolismo bacteriano em S4 (P < 0,05). Concluiu-se que a ativação ultrassônica da pasta de hidróxido de cálcio foi mais efetiva do que a pasta não ativada em reduzir o metabolismo bacteriano. / Complementary disinfection protocols have been investigated with the objective of promoting a greater reduction of viable bacteria after the chemical-surgical preparation of the root canals. This randomized clinical study compared the effect of the ultrasonic activation of the calcium hydroxide paste with an nonactivated paste in reducing the metabolic activity of bacteria in the root canals. Twenty patients with pulp necrosis and asymptomatic apical periodontitis were randomized into two groups according to the intracanal medication protocol: UA group - ultrasonic activation of calcium hydroxide paste (n = 10) and NA group - no activated paste (n = 10). Microbiological samples of the root canals were collected following the procedures of: access (S1), chemical-surgical preparation (S2), passive ultrasonic irrigation (PUI) (S3) and intracanal medication with calcium hydroxide paste, with or without activation (S4). The endodontic samples were submitted to DNA and RNA extraction. RNA was subjected to the reverse transcription reaction to make complementary DNA (cDNA). The effect of endodontic procedures on bacterial reduction was determined by rDNA-based qPCR using universal primers for the 16S rRNA region of the Bacteria domain. The metabolic activity of the bacteria was calculated by the rRNA/rDNA ratio based on qPCR assay data. Bacteria were considered to be metabolically active when the ratio was positive (greater than or equal to 1). Intragroup analysis was performed by the Wilcoxon and Cochran`s Q testes; while the analysis between the groups was performed by the Mann-Whitney test and Fisher\'s exact test (P <0.05). Samples S1 presented a median of 2.38 x 106 and 1.60 x 105 copies of rDNA in the UA and NA groups, respectively. After the chemical-surgical preparation, there was a significant reduction of bacterial rDNA in both groups (UA: 2.14 x 103, NA: 7.48 x 103, P <0.01 for both). However, 80% and 90% of the cases remained with metabolically active bacteria after the chemical-surgical preparation in the UA and NA groups, respectively. PUI contributed to the reduction of the number of canals with active bacteria in both groups (UA: 60%, NA: 50%). In the UA group, this number dropped to 30%, with a significant difference between S1 and S4 (P <0.05). Analysis between the groups revealed a significant difference between intracanal medication protocols for bacterial metabolism in S4 (P <0.05). It was concluded that the ultrasonic activation of the calcium hydroxide paste was more effective than the nonactivated paste in reducing the bacterial metabolism.