La planicie inundable de la Amazonía Peruana, alberga una alta riqueza de peces, cumpliendo una función primordial en el crecimiento, alimentación y reproducción de la ictiofauna continental. En este estudio el objetivo principal fue determinar la estructura comunitaria de la ictiofauna, sus variaciones espacio-temporal y su relación con los parámetros limnológicos de las cuatro lagunas de la cuenca del río Ampiyacu. Los muestreos fueron realizados entre agosto del 2009 y Julio del 2010, colectando la ictiofauna con redes de espera de diferente abertura de malla expuestas por un periodo de 24 horas y revisadas cada cuatro horas. Se colectaron 1895 individuos distribuidos en 102 especies. Los resultados obtenidos fueron relacionados con la estacionalidad (vaciante, transición a creciente y transición a vaciante) y ubicación espacial de cada laguna, sometidos a pruebas univariados y multivariados para determinar el grado de interacción de la ictiofauna. Los resultados mostraron que la temperatura del agua y oxigeno disuelto de las lagunas ubicadas en el centro de la planicie inundable variaron significativamente asociado a la estacionalidad, mientras que la conductividad y pH no presentaron diferencias significativas. Los parámetros fisicoquímicos registrado en la lagunas ubicadas al costado del rió no presentaron diferencias significativas asociadas a la estacionalidad. La conductividad y pH presentaron diferencias significativas en relación a la ubicación espacial, registrándose los mayores valores en las lagunas ubicadas al centro de la planicie. La época de vaciante registró mayor abundancia y riqueza con 703 individuos y 75 especies. A nivel trófico en vaciante dominaron los carnívoros en riqueza y biomasa, los detritívoros dominaron en transición a creciente y transición a vaciante. En abundancia los detritívoros dominaron durante todo el año. La familia Characidae dominó en riqueza y los Curimatidae en abundancia y biomasa. A nivel espacial y estacional el índice de diversidad de Shannon no presentó diferencias significativas espacial y estacionalmente, siendo considerado una diversidad alta registrando valores superiores a 3,50 bits/ ind. El índice de similitud de Bray Curtis presenta un valor superior al 60%, entre las lagunas ubicadas al centro de la planicie (Centro y Shangay) versus las ubicadas al costado del río (Ichichimi y Larga), siendo las especies Pterygoplichthys pardalis, Dianema longibarbis, Curimatella alburna, Anadora grypus las que más contribuyen en esta diferencia. La ictiofauna varió significativamente con la estacionalidad, pero presenta un solapamiento de las especies al ser comparadas cada estación independientemente. La mayor actividad de los peces fue registrada entre las 17 y 21 horas. En relación a la abertura de malla, esta varió significativamente, reportándose las mayores capturas en riqueza y abundancia en aberturas de 1.5” y la mayor biomasa en 2.0”. No se registró diferencias significativas en las capturas entre los puntos de muestreos ubicados en las orillas del lago versus la zona media. Los mayores valores de CPUE en peso se registraron en Transición a vaciante y de CPUE en número en vaciante. Comparando las tallas de los peces colectados, se registró diferencias significativas en los tamaños de los peces, espacial como estacionalmente, siendo los peces colectados en las lagunas ubicadas cerca del río Ampiyacu (Ichichimi y Larga) las que presentan los mayores tamaños. Finalmente se concluye que la estructura comunitaria de la ictiofauna de las lagunas evaluadas en la cuenca del Ampiyacu, varían significativamente espacial y estacionalmente, relacionado a los procesos limnológicos que experimenta cada laguna y procesos biológicos que experimenta cada especie, en respuesta a los cambios hidrológicos e interacciones ecológicas que se desarrollan en estos ambientes acuáticos, mostrando variaciones de su actividad según las horas del día