Magistro baigiamajame darbe atlikta teisinė analizė mokestinių ginčų dėl PVM atžvilgiu bei iškeltos problemos ir pateiktos išvados dėl PVM reglamentavimo Lietuvoje ir jo atitikimo šiandienos aktualijoms, kadangi būtent dėl PVM kyla daugiausia mokestinių ginčų. Teisinė analizė atlikta pasinaudojus egzistuojančia mokestinio ginčo nagrinėjimo struktūra, t.y. ikiteismine bei teismine stadijomis. Minėta analizė atlikta mokestinius ginčus dėl PVM suskirsčius į tris rūšis: ginčus dėl PVM atskaitos; ginčus dėl PVM atskaitos tikslinimo; ginčus dėl lengvatinio 0 PVM tarifo taikymo. Pirmojoje darbo dalyje teoriniu aspektu nagrinėjama mokestinio ginčo samprata, mokestinio ginčo stadijos, mokestinius ginčus nagrinėjančių institucijų reikšmė. Antroje darbo dalyje aptariami pagrindiniai PVM elementai, PVM reglamentavimas ir PVM reikšmė Lietuvoje. Trečioje darbo dalyje pateikiama mokestinių ginčų statistika 2010 metams, bei atliekama teisinė analizė mokestinių ginčų dėl PVM Lietuvoje atžvilgiu. / In a final master‘s work, there is presented a legal analysis of fee disputes due to VAT. There are revealed the problems and given the conclusions due to regulation of VAT in Lithuania too. Exactly for this reason of VAT, rise many disputes of the fees. The juridical analysis was accomplished using the research structure of existing taxable disputes, it means: pre-juridical and juridical stage. In the first part of the work there is written about the concept of the taxable disputes in a theoretical aspect, their stages and the importance of pending institutions. In the second part there are disputed the main elements of VAT, its regualation and importance in Lithuania.