En el presente trabajo de investigación se desarrolla una propuesta metodológica sobre cómo el modelo moderno de gestión por procesos sirve de base para rediseñar la estructura orgánica del Ministerio de Salud (Minsa) y con ello contribuir a que las demás entidades y organismos públicos, cuenten con un marco técnico referencial que les permita transitar hacia el proceso de modernización que establece la Política Nacional de Modernización de la Gestión Pública. Las interrogantes para la investigación surgieron a partir de la existencia de un marco normativo nacional antiguo (de hace más de 10 años) y desfasado para efectuar el diseño organizacional moderno de las entidades públicas bajo un enfoque de procesos y orientado a resultados; razón por la cual, la propuesta de nueva estructura orgánica y metodología para elaborar el Reglamento de Organización y Funciones (ROF) del Minsa, servirán de base para la actualización de las normas sustantivas correspondientes. A tal efecto, se realizó el análisis del marco estratégico nacional del sector salud, el marco normativo nacional y supranacional vigente del Minsa (que le otorgan las competencias, atribuciones y rectoría sobre el sistema funcional de salud), y su marco estratégico sectorial e institucional; a fin de identificar y alinear los objetivos y programas estratégicos del Plan de Desarrollo Nacional con los objetivos, metas y acciones estratégicas sectoriales e institucionales del Ministerio, y con sus programas presupuestales. Así también, el análisis se extendió a toda la información relacionada con el mapa de procesos del Minsa, aprobado el año 2014, a efectos de conocer en detalle las características de los principales procesos institucionales, sus objetivos y productos para alinearlos con los objetivos del marco estratégico y programas presupuestales del Ministerio, a fin de estimar el nivel de contribución de los procesos en el resultado de los programas estratégicos nacionales. Todo ello, permitió confirmar la importante vinculación entre los procesos del Minsa con el marco estratégico nacional y sectorial, y la brecha existente en la contribución de los productos de los procesos del Minsa en el logro de las metas de los programas estratégicos nacionales.