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Análise in Silico de Subfamílias de Aquaporinas em Cana-de-açúcar (Saccharum spp.) sob Condições de Déficit Hídrico via Tecnologia SuperSAGESilva, Manassés Daniel da 31 January 2013 (has links)
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Previous issue date: 2013 / CNPq; FINEP; CAPES / O presente trabalho, pioneiro em abordar especificamente o tema aquaporinas em transcriptomas de cana-de-açúcar, permitiu detectar representantes das quatro subfamílias de aquaporinas descritas em vegetais superiores (PIP, TIP, SIP e NIP), apresentando 43 isoformas distintas, oriundas de quatro bibliotecas SuperSAGE de raízes de genótipos tolerantes e sensíveis à seca. As subfamílias de aquaporinas com maiores níveis de transcritos em cana-de-açúcar foram PIP e TIP. Já as subfamílias SIP e NIP, além de menos abundantes, foram também menos responsivas ao estresse de supressão de rega (24 h). Ao menos 10 potenciais alvos distintos de isoformas de aquaporinas e suas respectivas unitags foram considerados promissores para estudos futuros, com potencial para desenvolvimento de marcadores moleculares para uso no melhoramento genético. Desses, quatro mostraram respostas exclusivas e diferencialmente significativas e divergentes entre os bulks de genótipos tolerantes e sensíveis quando comparado nas condições de estresse e controle. Tomando por base a expressão dessas isoformas nos genótipos tolerantes, a maioria foi reprimida sob estresse (SoPIP2-4, SoPIP2-6, OsPIP2-4), com exceção da SsPIP1-1 (induzida). Foi também proposto um protocolo para validar a expressão das unitags via RTqPCR, bem como pares de primers (5) funcionais como genes de referência, além de dois outros propostos para aquaporinas, tendo-se validado os dados de SuperSAGE para os alvos SsPIP1-1 e SoPIP1-3/PIP1-4, com genótipos pertencentes aos bulks tolerante ou sensível ao estresse.
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Interações bióticas e abióticas em feijão- caupi (Vigna unguiculata) pela técnica de SAGE (Serial Analysis of Gene Expression)Kelle de Araújo Barbosa, Pedranne 31 January 2010 (has links)
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Previous issue date: 2010 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Danos provocados por estresses bióticos e/ou abióticos são fatores limitantes na
produção do feijão-caupi (Vigna unguiculata), favorecendo a redução no crescimento e
na produtividade desta cultura. Uma alternativa a estes fatores limitantes é o uso de
cultivares com características genéticas competitivas e eficientes contribuindo para
alcançar um padrão de agricultura mais sustentável e com melhores condições de
produção. Assim, pesquisas que possibilitem compreender funções específicas de genes
preditos de plantas e seus perfis de expressão em resposta a uma dada condição, são de
extrema importância. Com base nisso, uma das metas do projeto NordEST
(http://www.vigna.ufpe.br) consistiu na análise funcional de genes de feijão-caupi
associados a estes tipos de estresses. Neste âmbito, o presente trabalho teve como
objetivo analisar o perfil de expressão diferencial de genes através da técnica de
SuperSAGE a partir de transcritos de folhas de feijão-caupi submetidas a injúria
mecânica (biblioteca C2) e ao estresse causado pelo vírus do mosaico severo do feijãocaupi
(CPSMV) (biblioteca BRM), com o intuito de obter um melhor entendimento com
relação à resposta específica a este tipo de estresse, comparativamente a um controle
negativo (ausência de injúria; biblioteca C1). As tags que apresentaram 100% de
identidade com sequências de EST do banco privado de Vigna (banco NordEST), foram
analisadas quanto à sua expressão diferencial e os transcritos que tiveram seus genes
superexpressados e/ou reprimidos, dentro dos parâmetros requeridos (escore ≥42)
foram anotados em categorias funcionais, de acordo com os termos de ontologia gênica
(Gene Ontology) relativos a processos biológicos, função molecular e componente
celular. Os resultados demonstraram que muitas sequências, tanto das bibliotecas
submetidas à injúria, quanto as bibliotecas inoculadas com CPSMV estão relacionadas à
categorias associadas a estresse, seguido de categorias relacionadas ao processos de
tradução, ligação de proteínas, regulação da transcrição, redução de oxidação,
transporte, proteólise, entre outros. Estas categorias estão relacionadas a rotas
metabólicas importantes na resposta a estresses bióticos, indicando que estas tags
representam um potencial real para descobertas de novos genes responsivos à injúria
ou à resistência ao CPSMV, talvez ainda não descritos e/ou caracterizados
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