Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El Terrier Chileno es una nueva raza de perros que recientemente ha sido reconocida por el Kennel Club Chile como la primera raza originada en Chile. En la actualidad hay más de cinco generaciones registradas en el pedigrí, pero no existe información sobre la estructura genética de la raza. En el presente trabajo se investigó la variabilidad genética y se estimaron los niveles de endogamia de esta nueva población. Adicionalmente, el objetivo fue validar un conjunto de marcadores del tipo microsatélites para análisis de paternidad. El ADN se obtuvo de cincuenta fundadores de la raza no emparentados, elegidos de acuerdo a datos de pedigrí. Diecisiete microsatélites fueron genotipados y todos resultaron ser altamente polimórficos, con un número de alelos que osciló entre 4 y 14. El coeficiente de endogamia estimado para cada marcador varió de -0,02 a 0,52. Nueve microsatélites mostraron desviaciones significativas del equilibrio Hardy-Weinberg, probablemente causada por deficiencia de heterocigosidad. Se sugiere que este fenómeno podría ser consecuencia de un aislamiento poblacional ocurrido durante el desarrollo de la raza, pero se requiere mayor investigación al respecto para confirmar esta hipótesis. La probabilidad de exclusión combinada para todos los marcadores fue 0,9999. La información generada en este trabajo representa una herramienta importante que puede ser usada para conducir mejoras en la crianza del Terrier Chileno durante los próximos años y contribuirá con el proyecto que busca que la Federación Cinológica Internacional reconozca al Terrier Chileno como una raza canina oficial / Laboratorio de Investigaciones en Biotecnología y Genómica Animal (FAVET-INBIOGEN