Upių ūkinę veiklą, pvz. hidroenergetiką, galima tam tikromis sąlygomis plėtoti saugomas teritorijas (pavyzdžiui, ekologinio tinklo NATURA 2000). Šios direktyvos 6 straipsnis 2001 m. buvo perkeltas į Saugomų teritorijų įstatymą, tačiau praktinis jo nuostatų taikymas išliko apribotas, ypač šio straipsnio 3 ir 4 dalių nuostatos. Tam, kad reikalavimas dėl planų ir projektų vertinimo veiktų sklandžiai Lietuvoje, priimti Planuojamos ūkinės veiklos poveikio aplinkai vertinimo ir Teritorijų planavimo įstatymas. Tam leidžiama atlikti veiklos poveikių aplinkai vertinimą. Visos didelės ir didesnės upės (Nemunas, Neris, Merkys, Minija ir kt.) yra uždraustos ištisai planuoti ir statyti užtvankas. Draudimo teisinis pagrindas – ES aplinkosaugos direktyvos, rekomendacijos (Berno, HELCOM, IBSFC), kurias Lietuva pasirašė. Nemune, Neryje ir kitose upėse yra ruožų, kuriuose nėra nė vieno draustinio (remiantis Saugomų teritorijų įstatymu) ir kurie yra techniškai tinkami užtvankoms ir hidroelektrinėms statyti, tačiau remiantis Lietuvos pasirašytomis ES aplinkosaugos direktyvomis ir rekomendacijomis (Berno, HELCOM, IBSFC), yra uždrausta planuoti ir statyti užtvankas. Siekiant bent dalinai atkurti pažeistą dinaminę pusiausvyrą ir ekologinį upių vientisumą rekomenduojama, HE kur yra galimybė, bei būtinybė įrengti žuvitakius bei gamtosauginio debito praleidimo priemones. Įrengimą derinti su migracinių koridorių atvėrimo eiliškumu bei svarba. ES Bendrosios Vandens Politikos direktyvos (BVPD) (2000/... [toliau žr. visą tekstą] / The proceeding of rivers for example: water-power can be expanded or lifted and it’s possible to do the assessment of influence for environment. All rivers (bigger) are banned for planning and building weirs. The basis of insurance are: EU directive of environment, guidelines which Lithuania signed on. There are sectors in the rivers of Nemunas or Neris where is no reserve at all and they are suitable for building weirs and hydroelectric. Trying to restore the affected dynamic balance and the ecological integrity is recommended to equip fish-ladder. The equipment should be regulated with priority and importance of passages priority too. The implementation of WFD is given to keep and to encourage the use of water power and to improve ecological conditions of water fields. The directive of the EU (2000/60/EC): to build the new hydroelectric is allowed if there are some problems such as: output of electric power, protection from the flood, navigation, water supply. Hydroelectric plants should be adjusted to a natural river run off. Suitable places might be those, which have no objections to recent acts. Inappropriate rivers are those which are in protected territory.