水資源保護區與國土開發利用，都是國家重要政策，但兩者在本質上會有衝突，限制水資源保護區的土地開發利用，對受限制區的經濟、產業發展有一定程度的負面影響，為了讓全國的水源區及保護區，都有公平的回饋，並且落實「使用者付費、限制者受益」的社會公平正義暨有效的水資源管理及違法取締，於民國九十三年六月十一日，立法院三讀通過「自來水法」第十二條之一修正。臺北水源特定區居民希望將現行由台北市自來水水費每度徵收兩毛錢做為協助地方建設經費之「協建經費」名稱改為「回饋金」，因為水源特定區內的地方建設項目，本來就是政府應該做的工作，目前的「協建經費」是把應拿來補償水源區居民受到權益限制及損失的回饋金，用來做政府本來應該做的地方建設，等於變相剝削了水源特定區居民的權益。而依照水利署對目前自來水法修正的解釋中說明，自來水法於九十三年六月修正通過後屆時將訂定施行細則，並在各地成立運用小組，可依各地方需求在保育費使用上，於社福、文化、教育、產業推廣、土地徵收補償等相關項目上各自訂立適當使用比例，而未來保育費的徵收，在施行細則中回饋金的徵收費率將是隨水費附徵百分之五到百分之十五，若以百分之五徵收比例計算，目前每年協建經費的金額約一億多元，而未來開徵的「水源保育與回饋費」預期可達目前金額一倍以上。而一旦「水源保育與回饋收費辦法」暨相關施行細則通過後，開徵後經費的使用，更需有效率的執行與管理與監督功能，才能落實水資源回饋金的功用，達到政府照顧臺北水源特定區內居民的美意。 臺北水源特定區協建經費政策於臺北水源特定區內實施，從民國八十七年第一期經費撥入至今的這段期間，協建經費使用的績效是否能達到當初政策目的，符合多元利益相關人的期待，值得做相關的研究與探討，期能透過此研究讓國人更瞭解協建經費之意涵及效益。