La enfermedad inflamatoria intestinal (EII) se divide en la colitis ulcerosa (CU) y la enfermedad de Crohn (EC), las cuales corresponden a una serie de patologías inflamatorias de etiología multifactorial que afectan principalmente el tracto intestinal. En los últimos años, la incidencia de estas enfermedades ha aumentado en Brasil y en poblaciones occidentales. Los genes de la familia de los Toll-like receptors (TLRs) tienen un papel importante en la regulación intestinal, principalmente en la señalización pro-inflamatoria en respuesta a distintos ligandos bacterianos y en la estimulación de diversas respuestas inflamatorias que causan una inflamación intestinal aguda y crónica. Algunos estudios consideraron al gen TLR9 (receptor que reconoce el ADN) y han encontrado que ciertos polimorfismos están asociados a esta enfermedad. Por ello, este gen es considerado como candidato para susceptibilidad en el desarrollo de la EII. Debido a que en Brasil todavía no ha sido estudiada la relación de estos polimorfismos con las EII, el objetivo del presente estudio fue analizar la frecuencia de los polimorfismos G2848A y T-1237C del gen TLR9 en pacientes con EII (descendientes de europeos) provenientes de 2 centros hospitalarios del sur de Brasil y su comparación con individuos sanos como grupo control. Para el análisis de las frecuencias alélicas y genotípicas se dividió a las poblaciones en 3 grupos: grupo 1, pacientes provenientes del hospital de la Pontificia Universidad Católica de Río Grande del Sur, grupo 2, pacientes provenientes del Hospital de Clínicas de Porto Alegre, y el grupo 3, pacientes provenientes de ambos centros hospitalarios. Nuestro estudio encontró un papel significativo del genotipo heterocigoto en pacientes con EII para el polimorfismo G2848A al analizarlo en el grupo 1 - control (P = 0.000002) y en el grupo 3 - control (P = 0.00057). Asimismo, se encontraron valores significativos de este polimorfismo cuando se subdividió a la población en EC y CU. Por otra parte, el polimorfismo T-1237C no tiene un valor significativo en los grupos analizados. Los resultados obtenidos muestra que el genotipo heterocigoto G/A de la variante alélica 2848A se presenta como un factor de susceptibilidad en la enfermedad inflamatoria intestinal en la población evaluada. Palabras claves: EII, gen TLR9, polimorfismos, susceptibilidad, asociación / --- Inflammatory bowel disease (IBD) is divided in ulcerative colitis (UC) and Crohn’s disease (CD), which correspond to a number of inflammatory diseases of multifactorial etiology primarily affect the gastrointestinal tract. In recent years incidence of these diseases has been increased in Brazil and in Western populations. The genes of the Toll-like receptors (TLRs) family have an important role in intestinal regulation, mainly in pro-inflammatory signaling in response to different bacterial ligands and stimulation of inflammatory responses which cause acute and chronic intestinal inflammation. Some studies have considered the TLR9 gene (receptor that recognizes the DNA) and found that some polymorphisms have been associated with this disease. For this reason, is considered as a candidate gene for susceptibility in the development of IBD. Because in Brazil has not yet been studied the relationship of these polymorphisms with IBD, the objective of this study was to analyze the frequency of polymorphisms G2848A and T-1237C from TLR9 gene in patients with IBD (European descent) from 2 Southern Brazil hospital centers and compared with healthy individuals which represented the control group. To the analyze of allelic frequencies, the populations were divided in 3 groups: group 1, patients from Pontificia Universidad Catolica de Rio Grande del Sur Hospital, group 2, patients from the Clinicas de Porto alegre Hospital, and group 3, patients from both hospitals. Our study found a role significant from heterozygote genotype for the polymorphism G2848A when it was tested in the group 1 - control (P = 0.000002) and for the group 3 - control (P = 0.00057). Also, were found significant values for this polymorphism when the population was subdivided in UC and CD. Otherwise, the polymorphism T-1237C hasn’t a significant value in the groups analyzed. The results obtained show that the heterozygote genotype G/A of the 2848A allelic variant is presented as a susceptibility factor in inflammatory bowel diseases in the population evaluated. Key words: IBD, TLR9 gene, polymorphisms, susceptibility, association.