En France, la lutte collective contre la tuberculose bovine à partir de 1965 a permis d’obtenir en 2000 le statut officiellement indemne. En parallèle de cette évolution, plusieurs schémas de prophylaxie ont été appliqués et le cheptel bovin français a connu une évolution dans sa structure démographique et dans les pratiques de sa gestion. L’objectif principal de cette thèse était d’étudier la relation entre ces trois évolutions parallèles. Deux approches ont été utilisées : l’analyse d’une série de données longue et la modélisation mécaniste de la tuberculose bovine. L’analyse d’une série de données longue, grâce à un modèle spatio-Temporel hiérarchique Bayésien, nous a permis de mettre en évidence, en plus de l’effet de schéma de prophylaxie, l’impact des structures et pratiques d’élevage sur le taux d’incidence de la maladie au niveau départemental. Quatre facteurs de risque ont ainsi pu être identifiés : l’augmentation de la taille et de la densité des élevages, la proportion plus importante de vaches laitières, et la part de la surface agricole utile occupée par les pâtures. Ces variables sont liées à la professionnalisation et à la spécialisation des élevages bovins en France.La modélisation mécaniste, fondée sur un modèle stochastique compartimental, nous a montré que les pratiques d’élevage ont un effet sur la dynamique de transmission intra-Élevage de la tuberculose bovine : la médiane estimée de paramètre de transmission de l’infection durant la période de stabulation était 5 fois plus élevée que durant la période de pâturage. De plus, ce modèle a permis de montrer que les changements des structures et pratiques d’élevage avaient un poids important sur le risque de transmission entre élevages, au pâturage, par rapport aux changements de schémas de prophylaxie. Une expérimentation ex-Ante fondée sur le modèle a montré qu’environ un quart des variations du risque de transmission inter-Élevages au pâturage étaient expliquées par les changements des pratiques d’élevage contre un dixième par les changements de schémas de prophylaxie. Ce résultat suggère que l’éradication de la maladie en France est sans doute plus complexe qu’il n’y paraît. / In France, the collective control of bovine tuberculosis (bTB) from 1965 allowed France to obtain in 2000 the bTB-Free status. In parallel to this evolution, several control programs have been applied and cattle population has changed in its demographic structure and herd management practices. The main objective of this thesis was to study the relationship between these three parallel evolutions. Two different approaches were used: data analysis of bTB incidence between 1965 and 2000 in French departments, and modeling of within-Herd bTB transmission.Data analysis using a spatio-Temporal hierarchical Bayesian model has allowed us demonstrating, in addition to the effect of control program, the impact of the evolution of herd structures and management practices on the incidence rate of the disease at the departmental level. Four factors were associated with an increased risk of bTB: the average herd density and size, the percentage of dairy cows in the cattle population, and the percentage of permanent grassland in cultivated surfaces area. These four factors are linked to the progressive professionalization and specialization of cattle farming in France.The mechanistic modeling work, based on a stochastic compartmental model, showed that herd husbandry practices management have an effect on the dynamics of within-Herd transmission of bTB: when animals are inside buildings, the estimated median of the infection transmission parameter was 5 times higher than during the grazing period. In addition, this model has shown that, compared to the impact of changes in control program, changes in herd structures and management practices had a significant weight on the risk of transmission between farms, on pastures. An ex-Ante experimentation based on the model showed that about a quarter of the variations in the risk of transmission between herds on pasture was explained by changes in husbandry practices management against 10% explained by changes in control programs. This result suggests that eradication of the disease in France is probably more complex than it seems.

Les systèmes d’élevage allaitants peuvent être diversifiés par leurs pratiques d’élevage (type d’animaux, races, nature des rations, durées de pâturage, etc.) pour produire des carcasses et de la viande répondant à la demande des différents marchés et satisfaire les consommateurs. Les pratiques d’élevage sont définies comme étant la combinaison de plusieurs facteurs d’élevage ayant une variabilité propre. Cette diversité de pratiques d’élevage appliquées tout au long de la vie de l’animal est l’une des causes de la variabilité observée au niveau des caractéristiques de la carcasse et de la viande. L’objectif de ce travail a été d’étudier plus précisément l’influence des pratiques d’élevage sur les caractéristiques de la carcasse et de la viande, et d’envisager un pilotage conjoint de ces caractéristiques à partir des pratiques d’élevage. Pour réaliser cela, deux sources de données complémentaires ont été utilisées : les bases de données expérimentales et les enquêtes en élevage. Ce travail a montré qu’il était possible d’expliquer et de prédire les caractéristiques de la carcasse (poids, rendement, conformation et état d’engraissement) et les propriétés de la viande (descripteurs sensoriels et force de cisaillement) à partir de la combinaison de plusieurs facteurs d’élevage. Il a été également montré que différentes pratiques d’élevage permettaient d’atteindre des caractéristiques similaires de carcasse ou de viande mais que celles-ci devaient être adaptées selon le type de l’animal ou de la race. En effet, lors de la prédiction des caractéristiques de la carcasse ou de la viande, des facteurs d’élevage peuvent être spécifiques à un type de l’animal (jeunes bovins vs vaches de réforme) ou d’un type de race (viande vs rustique) et un même facteur d’élevage peut également avoir des effets différents selon le type de l’animal ou la race considéré. Les modèles établis à partir de la période de finition sont robustes mais ils sont plus précis pour prédire les paramètres individuels caractérisant la carcasse par rapport à ceux de la viande. La qualité de prédiction des propriétés de la viande a été améliorée en prédisant des classes de qualité. De plus, que ce soit pour les propriétés de la carcasse ou de la viande, la qualité de prédiction des classes de qualité a été améliorée en considérant la période de pré-sevrage en plus de la période de finition. En revanche, les facteurs d’élevage ne permettent pas une prédiction satisfaisante de l’abondance des biomarqueurs de la tendreté ou de l’adiposité. Enfin, l’ensemble des résultats de ce travail a montré que, bien que cela nécessite des compromis, il est possible de piloter conjointement les caractéristiques de la carcasse et de la viande. / The beef rearing system could be diversified by their rearing practices (animal categories, breeds, diet composition, grazing duration, etc.) to produce carcasses and beef meat reaching the different market expectations and to satisfy the consumers. The rearing practices were defined as the combinations of many rearing factors, each with its own variability. This diversity of applied rearing practices during the whole life of the animal was one of the causes of the carcass and beef variability observed. The aim of this work was to more precisely study the rearing practices impacts on the carcass and the beef characteristics, and to consider a joint management of these characteristics from the rearing practices. To achieve this, two complementary data sources were used: experimental data set and rearing surveys. This work displayed that it was possible to explain and to predict the carcass characteristics (weight, dressing, conformation and fat scores) and the meat properties (sensorial descriptors and shear force) from the combination of many rearing factors. It was also observed that different rearing practices allowed to reach similar carcass or meat characteristics but those must be adapted according to the animal category and the breed. Indeed, for the prediction of the carcass or meat characteristics, rearing factors can be specific to an animal category (young bulls vs cull cows) or a breed type (beef vs hardy), and a same rearing factor may also had different impacts according to the animal category or the breed considered. The established models from the fattening period were robust but prediction was more precise for individual parameters characterizing the carcass compared to those of the meat. The clustering of meat quality improved the prediction quality of the meat properties. Furthermore, for the carcass or the meat properties, by considering the pre-weaning period in addition to the fattening period the prediction quality of the quality clusters was improved. However, the rearing factors did not allowed a satisfactory prediction of the tenderness or adiposity biomarkers abundances. Finally, all results of this work displayed, although it requires trade-off, it was possible to jointly manage the carcass and meat characteristics.

En biologie de la conservation, les pratiques de réintroduction consistent à élever des animaux en captivité et à les relâcher dans l’aire de répartition où l’espèce en question a décliné ou disparu, ceci dans le but de soutenir la population naturelle. Pour les poissons, l’élevage en pisciculture implique une sélection des individus au moment de la reproduction et un développement des jeunes stades dans un environnement contrôlé qui peuvent influencer fortement les attributs comportementaux,génétiques, morphologiques et physiologiques nécessaires pour répondre de manière adéquate aux conditions du milieu naturel. L’exposition de ces individus naïfs, particulièrement les jeunes stades, àla variabilité (environnements enrichis) pourrait limiter ces carences et améliorer la survie post lâcher.Dans ce cadre, des expérimentations sont nécessaires pour comprendre comment l’environnement d’élevage affecte les performances individuelles qui impacteront directement la fitness en milieu naturel et par conséquent l’efficacité des programmes de réintroduction avec un objectif de conservation. La dernière population d’esturgeon sauvage d’Europe de l’ouest est issue de la Gironde (Sud-Ouest France), il s’agit de l’esturgeon européen (Acipenser sturio). Cette espèce est classée en danger critique d’extinction et fait l’objet d’un programme de restauration européen décliné en plans d’actions nationaux en France et en Allemagne. Dans ce travail, cette espèce est utilisée comme modèle afin d’évaluer les effets des pratiques d’élevage sur la survie, la croissance et le comportement des jeunes de l’année en captivité puis leur comportement et leur survie post lâcher en milieu naturel. Des esturgeons nés en captivité, issus de 2 croisements, ont été élevés selon deux méthodes, l’élevage « traditionnel » (faible variabilité spatiale et temporelle) et l’élevage« enrichi » (augmentation de la variabilité spatiale et temporelle), jusqu’à ce qu’ils atteignent trois mois puis leurs performances ont été évaluées en conditions contrôlées. Les individus ont ensuite étaient relâchés en rivière et leurs déplacements individuels ont été suivis pendant 20 jours à l’aide d’une technologie de télémétrie acoustique après avoir évalué les effets du marquage sur les performances individuelles. Les résultats en conditions contrôlées mettent en évidence que dans un élevage enrichi les individus atteignent un poids et une taille supérieurs dès le premier mois de vie.L’analyse de la croissance révèle que les individus issus des deux croisements ont une croissance similaire en conditions enrichies mais celle-ci diffère dans un environnement traditionnel. L’analyse du comportement en milieu contrôlé indique que les individus élevés en conditions enrichies seraient plus lents à explorer un environnement inconnu mais plus nombreux que parmi les individus élevés de manière traditionnelle. Le suivi post-lâcher des jeunes stades de cette espèce et plus largement des espèces d’esturgeon a été réalisé pour la première fois dans le cadre de ce travail. La survie globale des poissons était de 69,3% (52.2−90.9%), la survie la plus faible concernant un croisement élevé de manière traditionnelle. [...] Ce travail milite pour que les pratiques de repeuplement et la recherche sur l’écologie des espèces travaillent en synergie afin de favoriser la mise en place d’une aquaculture adaptative qui soutienne la conservation des espèces. / Stocking for conservation purposes is the practice of raising animals in captivity and releasing the min to an area from which the species have either declined or disappeared, in an attempt to enhance the natural population. Fish reared in hatcheries are exposed to selective reproduction, and early life experiences in a safe setting can strongly influence the behavioral, genetic, morphological and physiological attributes necessary to respond adequately to natural conditions after stocking.Exposing naive individuals to variability during early stages −enriched environment− could reduce such deficiencies and improve fish survival after release. This approach needs to be studied tounderstand how it affects performance traits that will directly impact fish fitness in the wild and consequently, its effects on stocking programs efficiency for conservation. The last remaining wild sturgeon population in Western Europe, the European sturgeon (Acipenser sturio), is located in theGironde (Southwest France). This species is critically endangered and subject of a recovery plan with specific action plans in France and Germany. In this study, this species was used as a model to assess effects of rearing practices on survival, growth and behavioral performance of young-of-the-yearsturgeons before stocking and their behavior and survival in the wild after release. Captive-born sturgeons belonging to two crossings were reared under traditional (i.e. low spatial and temporal variability) and enriched (i.e. higher spatial and temporal variability) practices for 3 months and their performance was evaluated in laboratory. Then, the fish were released in the Dordogne River and their individual movements were tracked for 20 days using a acoustic telemetry system; after evaluating the tagging effects on fish performance. Results in the laboratory demonstrated that enriched environment resulted in bigger fish from the first month. Growth curve analysis revealed that enriched environment made both fish crossings grow in a similar manner. In contrast, crossings’growth differed in traditional rearing. Behaviorally, enriched-reared fish were slower to explore a new environment but more individuals engaged on doing so than traditional-reared fish. Post-release assessment on such small individuals was carried out for the first time for a sturgeon species. Fish over all survival was 69.3% (52.2−90.2%) where the lowest survival was found for one crossing reared under traditional conditions. After release, most movements (85.7%) occurred during the first three days after stocking and downstream direction. During the study, 82% of the fish were detected within 13.5km from the release site and no fish reached the saline estuary. Fish were mainly active during night hours, but traditional-reared fish were significantly more active during the day than enriched-reared fish during the first three days. Our findings advocate for the integration of enriched rearing practices within the juvenile production for release in order to boost the performances linked fitness. Stocking practices and life history research should work together to favor adaptive aquaculture approaches, which support species conservation / En conservación, la repoblación de especies es la práctica de criar animales en cautiverio y suposterior liberación en zonas donde la especie ha disminuido o desaparecido con la finalidad deaumentar la población natural. Los peces cultivados en piscifactorías están expuestos a la reproducción selectiva, y la experiencia temprana en ambientes seguros puede tener una fuerte influencia en los atributos genéticos, morfológicos, fisiológicos y de comportamiento, necesarios para responder adecuadamente en la naturaleza después de la liberación. La exposición de individuos sin experiencia previa a la variabilidad en el ambiente (ambientes enriquecidos) durante los estadios tempranos de su desarrollo puede reducir estas deficiencias y mejorar la sobrevivencia después de la liberación. Este tema necesita ser estudiado más a fondo para entender cómo el ambiente de cría afecta los atributos de rendimiento que influirán directamente en el “fitness” de los individuos una vez en la naturaleza y por consecuencia, en la eficiencia de los programas de repoblación para la conservación. El último relicto de esturión salvaje en el sudoeste de Europa, el esturión europeo (Acipenser sturio), está en peligro crítico de extinción, sujeto a un plan de recuperación y planes específicos de conservación en Francia y Alemania. En este estudio, esta especie fue usada como modelo para evaluar los efectos de las prácticas de cría en la sobrevivencia,crecimiento, y comportamiento en juveniles de menos de un año de edad antes de la liberación y, su comportamiento y sobrevivencia en la naturaleza después de la liberación. Para esto, esturiones de dos cruces diferentes fueron criados durante tres meses en cautiverio en ambientes tradicionales(baja variabilidad espacial y temporal) y ambientes enriquecidos (alta variabilidad espacial ytemporal) y evaluados en laboratorio. Posteriormente los peces fueron liberados en el río Dordoña y se rastrearon sus movimientos individualmente durante 20 días usando un sistema de telemetría; los efectos de este marcado se evaluaron previamente. Los resultados de laboratorio demuestran que la cría enriquecida produce peces de mayor tamaño desde el primer mes de crianza. Los análisis en las curvas de crecimiento revelaron que la cría enriquecida hizo que los peces de ambos cruces crecieran de manera similar. Por el contrario, el crecimiento fue diferente bajo la cría tradicional. Con respecto al comportamiento, los peces de cría enriquecida tardaron más en empezar a explorar un ambiente nuevo pero más individuos se involucraron en esta actividad que los peces de cría tradicional. En la naturaleza, es la primera vez que se monitorea esturiones de tan poca edad. La sobrevivencia global fue del 69.3% (52.2−90.9%) donde uno de los cruces criado tradicionalmente tuvo la tasa más baja.(...) Las prácticas de repoblación y la investigación de historia de vida deben trabajar en conjunto para favorecer los enfoques adaptativos de acuacultura que apoyen la conservación de especies.