La thèse propose d’abord un cadre général pour l’analyse de l’incertain durant les différentes phases du processus de planification énergétique à long terme à base de modèles de villes ou territoires (IEPCT). Il inclut des critères d’évaluation de la qualité d’une démarche IEPCT. Puis deux méthodes d’analyses de l’incertain sont proposées pour les activités de modélisation et de scénarisation du système énergétique : l’une basée sur l’échantillonnage aléatoire (PRSUA) et l’autre sur les scénarios flous (FSUA). Leur implémentation sur des cas a permis de montrer leur faisabilité et leur performance du point de vue des critères de qualité. La méthode PRSUA est plus gourmande en données, elle est plus adaptée à la planification sectorielle court moyen terme et tandis que FSUA convient plus à la planification long terme intersectorielle.Enfin une méthode pour la réalisation de l’ensemble des activités liées à la structuration d’un problème de planification spécifique (IMMA) est proposée. / The Phd first proposes a methodological framework for addressing different types of uncertainty within long range ntegrated energy planning for cities and territories (IEPCT) processes which includes requirements and quality factors. Second, two methods for uncertainty analysis of modelling tasks are proposed. One approach is probabilistic random sampling approach (PRSUA) another one is fuzzy scenario approach (FSUA). Compared to FSUA, the PRSUA framework is more data intensive. PRSUA is more suitable for short or midterm sector specific domain analysis, FSUA is more appropriate for long range cross sectoral integrated planning.Third it is proposed an innovative approach (IMMA) for supporting not only uncertainties in IEPCT first phase but also all other tasks relevant to this planning phase. Implementation of IMMA in Singapore shows that it can address all identified tasks and help developing requirements for innovative solutions.