MEDEIROS, Melissa Soares. Polimorfismo do RRE e resistência aos antirretrovirais do vírus da imunodeficiência humana e efeito citopático e replicativo in vitro da enfuvirtida no códon 36 do vírus modificado pNL4-3. 2011. 255 f. Tese (Doutorado em Farmacologia) – Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2016-03-28T11:42:34Z No. of bitstreams: 1 2011_tese_msmedeiros.pdf: 18233541 bytes, checksum: 79da766383cb7344f8326013c6aa304c (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2016-03-28T11:45:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_tese_msmedeiros.pdf: 18233541 bytes, checksum: 79da766383cb7344f8326013c6aa304c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-28T11:45:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_tese_msmedeiros.pdf: 18233541 bytes, checksum: 79da766383cb7344f8326013c6aa304c (MD5) Previous issue date: 2011 / Introduction: Rev Responsive Element (RRE) is a RNA molecule responsible to mRNA from HIV-1 virus nuclear transportation to cytoplasm through RRE-Rev pathway, essential to virus replication. Enfuvirtide resistance mutations are primary located in a perimeter of 10 amino acids of HR1, a corresponded region of RRE. Characterize RRE should provide a new approach for HIV therapy. Objectives: Sequence and characterize RRE from gp41 to evaluate variability and correlate with laboratory parameters in sequences from HIV-1-infected patients, which were receiving regimens including Enfuvirtide, naïve or rescue therapy. Also evaluated mutation G to D at codon 36 in the presence of fusion inhibitor (enfuvirtide). Methods: Sixty-two samples from HIV patients in Ceara/Brazil were collected and Thirty-five RRE sequences and clinical follow-up were analyzed, distributed into three groups: N (naïve therapy), T (treated patients with rescue regimens) and F (rescue regimens containing Enfuvirtide). Sequences obtained were aligned with Los Alamos HIV sequence database by using the HIV BLAST Search. Culture Study was performed using two different pNLA-3 (36D and 36G) with increasing amounts of enfuvirtide. Results: A phylogenetic analyses demonstrated higher prevalence of HIV-1 subtypes B (97.2%). An increased immunology response was observed in CD4 count higher on group T (71.5%) compared with F (2.98%). Group N most common mutations and polymorphisms were Q32L (41.6%), N42S (8.3%), R46K (33.3%), L54M (41.6%); group T: Q32R (8.3%), R46K (25%), L54M (33.3%); and group F: Q32L (18.2%), G36D (9.1%), V38A (9.1%), N42S (27.3%), N42T (9.1%), R46K (27.3%), L54M (45.4%), K77R (54.5%). Three samples demonstrated significant resistance mutations to fusion inhibitors. Analysis of RRE nucleotide primary sites observed mutation 28A in 27.2% and 8.3% on groups F and N respectively, and 27S in 8.3% on group T. There was selective pressure on HR1 region from HIV-1 patients using antiretroviral, independent of enfuvirtide exposure. There was no statistical difference between p24 curves of virus 36D compared with 36G, independent of T20 concentrations (p>0.05). It was observed less syncytial formation in 36D virus, with diminished fusogenic activity besides keeping infectivity. Conclusions: This study defined most prevalent RRE polymorphisms in Ceara/Brazil and suggests highly preserved regions primary sites to Rev connection. Observed a low resistance profile to enfuvirtide in failing regimens with this drug. Selective pressure on HR1 region in failed regimens with out fusion inhibitors was detected. A less syncytial formation in 36D virus with diminished fusogenic activity was detected. / Introdução: Rev Responsive Element (RRE) é uma molécula RNA responsável pelo transporte do mRNA viral do HIV-1 do núcleo para o citoplasma da célula CD4, através da via RRE-Rev, essencial para a replicação viral. As mutações de resistência a Enfuvirtida são primariamente localizadas no perímetro de 10 aminoácidos do HR1, região correspondente no RRE. Caracterizar o RRE poderá fornecer uma nova abordagem terapêutica para a terapia do HIV. Objetivos: Sequenciar e caracterizar o RRE da gp41 para avaliar sua variabilidade e correlação com parâmetros laboratoriais em sequências de pacientes infectados pelo HIV-1 que receberam terapia antirretroviral ou virgens. Em estudo in vitro avaliar a mutação 36D na presença de Enfuvirtida. Metodologia: 62 amostras de pacientes com HIV-1 do Ceará foram coletadas e 35 sequências de RRE foram obtidas e distribuídas em três grupos para fins de análise comparativa: N (virgens de terapia), T (uso de antirretroviral sem inibidor de fusão) e F (uso de antirretroviral associados a Enfuvirtida). Sequências obtidas foram alinhadas com o banco de dados de Los Alamos para HIV usando HIV BLAST Search. Estudo in vitro utilizou dois vírus de laboratório pNLA-3 (36D e 36G) observando citopatogenicidade e proliferação na presença de doses crescentes de Enfuvirtida. Resultados: A análise filogenética demonstrou alta prevalência do HIV-1 subtipo B (97,2%). Observou-se aumento da resposta imunológica no grupo T (71,5%) comparado ao F (2,98%). Mutações mais comuns e polimorfismos do Grupo N foram Q32L (41,6%), N42S (8,3%), R46K (33,3%), L54M (41,6%); no grupo T: Q32R (8,3%), R46K (25%), L54M (33,3%); e no grupo F: Q32L (18,2%), G36D (9,1%), V38A (9,1%), N42S (27,3%), N42T (9,1%), R46K (27,3%), L54M (45,4%), K77R (54,5%). Três amostras demonstraram mutações de resistência significativas para os inibidores de fusão. Análise dos sítios primários de ligação do RRE observou presença de mutação 28A em 27,2% e 8,3% nos grupos F e N respectivamente, e 27S em 8,3% no grupo T. Houve pressão seletiva da região HR1 do HIV-1 de pacientes usando antirretroviral, independente da exposição à Enfuvirtida. Não houve diferença estatística significativa nas curvas de p24 do vírus 36D comparado com 36G, independente de concentrações de T20 (p>0.05). Observou-se menor formação de sincício, com diminuição da capacidade fusogênica, sem impacto na infectividade. Conclusão: O estudo definiu as mutações e polimorfismos mais prevalentes no Ceará, sugerindo alta preservação nas regiões de sítio primário de ligação do Rev-RRE. Evidenciou baixo perfil de resistência a Enfuvirtida em regimes com falha utilizando esta medicação. Detectou-se pressão seletiva no HR1 do HIV-1 de pacientes em uso de Antirretroviral, independente de exposição à Enfuvirtida. Evidenciado in vitro menor formação sincicial no vírus 36D, com diminuição na atividade fusogênica, mantendo infectividade.