Habituellement, plus le développement d'un logiciel est avancé plus il est dispen- dieux de le modifier. Par conséquent, une approche permettant de simplifier l'étape de maintenance permettrait de réduire considérablement le coût lié au développement de programmes. Le langage déclaratif de la méthodologie Lyee permet justement de simplifier la maintenance de programmes. Cependant, les programmes existants écrits dans un langage impératif doivent être traduits pour être utilisés par celle-ci. Ainsi, dans ce travail, nous proposons une fonction de conversion de programmes écrits dans un langage impératif avec des tableaux et entrées/sorties vers un langage déclaratif. Il s'agit d'une extension de langages L1 et L2 existants qui supportaient déjà les expres- sions arithmétiques et booléennes ainsi que les affectations, les boucles et les instructions conditionnelles. Le travail effectué a donc été d'ajouter les tableaux et les entrées/sorties dans ces langages et d'ajuster la fonction de traduction en conséquent. Aussi, une im- plantation d'une interface de développement permettant de spécifier des programmes dans un langage déclaratif simple à utiliser a été produite. / Habituellement, plus le développement d'un logiciel est avancé plus il est dispen- dieux de le modifier. Par conséquent, une approche permettant de simplifier l'étape de maintenance permettrait de réduire considérablement le coût lié au développement de programmes. Le langage déclaratif de la méthodologie Lyee permet justement de simplifier la maintenance de programmes. Cependant, les programmes existants écrits dans un langage impératif doivent être traduits pour être utilisés par celle-ci. Ainsi, dans ce travail, nous proposons une fonction de conversion de programmes écrits dans un langage impératif avec des tableaux et entrées/sorties vers un langage déclaratif. Il s'agit d'une extension de langages L1 et L2 existants qui supportaient déjà les expres- sions arithmétiques et booléennes ainsi que les affectations, les boucles et les instructions conditionnelles. Le travail effectué a donc été d'ajouter les tableaux et les entrées/sorties dans ces langages et d'ajuster la fonction de traduction en conséquent. Aussi, une im- plantation d'une interface de développement permettant de spécifier des programmes dans un langage déclaratif simple à utiliser a été produite.

Durant cette thèse nous nous sommes attachés au développement d'une méthode globale de création de réseaux métaboliques chez des espèces biologiques non classiques pour lesquelles nous possédons peu d'informations. Classiquement cette reconstruction s'articule en trois points : la création d'une ébauche métabolique à partir d'un génome, la complétion du réseau et la vérification du résultat obtenu. Nous nous sommes particulièrement intéressés au problème d'optimisation combinatoire difficile que représente l'étape de complétion du réseau, en utilisant un paradigme de programmation par contraintes pour le résoudre : la programmation par ensemble réponse (ou ASP). Les modifications apportées à une méthode préexistante nous ont permis d'améliorer à la fois le temps de calcul pour résoudre ce problème combinatoire et la qualité de la modélisation. L'ensemble de ce processus de reconstruction de réseau métabolique a été appliqué au modèle des algues brunes, Ectocarpus siliculosus, nous permettant ainsi de reconstruire le premier réseau métabolique chez une macro-algue brune. La reconstruction de ce réseau nous a permis d'améliorer notre compréhension du métabolisme de cette espèce et d'améliorer l'annotation de son génome. / In this thesis we focused on the development of a comprehensive approach to reconstruct metabolic networks applied to unconventional biological species for which we have little information. Traditionally, this reconstruction is based on three points : the creation of a metabolic draft from a genome, the completion of this draft and the verification of the results. We have been particularly interested in the hard combinatorial optimization problem represented by the gap-filling step. We used Answer Set Programming (or ASP) to solve this combinatorial problem. Changes to an existing method allowed us to improve both the computational time and the quality of modeling. This entire process of metabolic network reconstruction was applied to the model of brown algae, Ectocarpus siliculosus, allowing us to reconstruct the first metabolic network of a brown macro-algae. The reconstruction of this network allowed us to improve our understanding of the metabolism of this species and to improve annotation of its genome.