Les caractéristiques pondérales de la portée à la naissance et au sevrage sont des caractères importants pour la survie de la portée mais aussi pour la croissance globale des porcs. L’hétérogénéité des poids intra-portée cause régulièrement des difficultés de conduite d’élevage, au moment de l’adoption ainsi qu’au moment de l’allotement des porcs charcutiers. Ce travail de thèse avait pour objectif d’analyser génétiquement la variabilité des caractères associés à la production de porcelets dans la lignée sino-européenne Tai Zumu, constituée à 50% de génétique Meishan et à 50% de génétique Large White, a été créée par l’organisation de sélection porcine GENE+. L’objectif ultime de ce travail de thèse est de proposer des pistes d’amélioration génétique de cette lignée.La première partie de cette thèse a été consacrée à l’étude de la variabilité génétique des caractères pondéraux de la portée et de leur évolution, suite à la sélection génétique menée pour améliorer la prolificité, la croissance et la condition corporelle précoces des truies Tai Zumu. Les héritabilités obtenues en lignée Tai Zumu sont d’une manière générale supérieures à la moyenne de la littérature. Les relations génétiques fortes entre la prolificité et le poids des porcelets, et entre le poids des porcelets et l’écart-type de poids intra-portée, rendent impossible une sélection conjointe sur l’ensemble de ces critères. La stratégie de sélection la plus cohérente avec les objectifs de GENE+ consisterait à intégrer l’écart-type de poids intra-portée à 3 semaines d’âge dans l’évaluation génétique des animaux. En plus de favoriser l’uniformité des porcelets, l’inclusion de ce caractère dans le schéma de sélection entraînera une augmentation du nombre de porcelets sevrés. La prise en compte de ce caractère conduira néanmoins à un léger ralentissement de la croissance des porcelets. Il a également été mis en évidence que la composante génétique directe du porcelet était autant impliquée que la composante génétique maternelle dans la croissance du porcelet en allaitement. Malgré un antagonisme fort et surprenant entre ces deux composantes, nous avons aussi montré que fixer cette corrélation à 0 ne semble pas influencer de façon importante l’évaluation génétique des animaux.Une seconde partie a été orientée sur l’analyse génétique des relations entre la mobilisation des réserves corporelles par la truie allaitante et les caractéristiques de la portée. Cette mobilisation des réserves corporelles pendant la lactation influence davantage les caractéristiques de la portée que les niveaux de réserves corporelles en entrée ou en sortie de maternité. Les truies avec une forte capacité génétique pour la mobilisation des réserves corporelles subissent une diminution de la prolificité mais au bénéfice d’une meilleure croissance de leur portée. Réduire l’adiposité des truies par sélection n’est donc pas une stratégie recommandée en lignée Tai Zumu puisque les truies assurent leur lactation majoritairement par le catabolisme des réserves corporelles.La dernière partie était dédiée à la mise en évidence de QTL pour les caractères numériques et pondéraux de la portée. Un faible nombre de QTL a été mis en évidence pour les caractères utilisés dans l’index de sélection de la lignée. Un seul QTL avec un effet modéré sur le nombre de porcelets nés vivants a été détecté sur le chromosome 14 ; il semble ségréger dans la population. Ce résultat peut être le fait de la pression de sélection forte appliquée sur la prolificité, puisque les QTL de la bibliographie sont majoritairement situés dans des régions du génome où les allèles Meishan sont en partie fixés en lignée Tai Zumu. Dans ce contexte, une sélection de type Sélection Assistée par Marqueur est difficilement envisageable. Si la variabilité génétique des caractères est le fruit de nombreux QTL à effets faibles, la sélection génomique devrait être plus adaptée. / Les caractéristiques pondérales de la portée à la naissance et au sevrage sont des caractères importants pour la survie de la portée mais aussi pour la croissance globale des porcs. L’hétérogénéité des poids intra-portée cause régulièrement des difficultés de conduite d’élevage, au moment de l’adoption ainsi qu’au moment de l’allotement des porcs charcutiers. Ce travail de thèse avait pour objectif d’analyser génétiquement la variabilité des caractères associés à la production de porcelets dans la lignée sino-européenne Tai Zumu, constituée à 50% de génétique Meishan et à 50% de génétique Large White, a été créée par l’organisation de sélection porcine GENE+. L’objectif ultime de ce travail de thèse est de proposer des pistes d’amélioration génétique de cette lignée.La première partie de cette thèse a été consacrée à l’étude de la variabilité génétique des caractères pondéraux de la portée et de leur évolution, suite à la sélection génétique menée pour améliorer la prolificité, la croissance et la condition corporelle précoces des truies Tai Zumu. Les héritabilités obtenues en lignée Tai Zumu sont d’une manière générale supérieures à la moyenne de la littérature. Les relations génétiques fortes entre la prolificité et le poids des porcelets, et entre le poids des porcelets et l’écart-type de poids intra-portée, rendent impossible une sélection conjointe sur l’ensemble de ces critères. La stratégie de sélection la plus cohérente avec les objectifs de GENE+ consisterait à intégrer l’écart-type de poids intra-portée à 3 semaines d’âge dans l’évaluation génétique des animaux. En plus de favoriser l’uniformité des porcelets, l’inclusion de ce caractère dans le schéma de sélection entraînera une augmentation du nombre de porcelets sevrés. La prise en compte de ce caractère conduira néanmoins à un léger ralentissement de la croissance des porcelets. Il a également été mis en évidence que la composante génétique directe du porcelet était autant impliquée que la composante génétique maternelle dans la croissance du porcelet en allaitement. Malgré un antagonisme fort et surprenant entre ces deux composantes, nous avons aussi montré que fixer cette corrélation à 0 ne semble pas influencer de façon importante l’évaluation génétique des animaux.Une seconde partie a été orientée sur l’analyse génétique des relations entre la mobilisation des réserves corporelles par la truie allaitante et les caractéristiques de la portée. Cette mobilisation des réserves corporelles pendant la lactation influence davantage les caractéristiques de la portée que les niveaux de réserves corporelles en entrée ou en sortie de maternité. Les truies avec une forte capacité génétique pour la mobilisation des réserves corporelles subissent une diminution de la prolificité mais au bénéfice d’une meilleure croissance de leur portée. Réduire l’adiposité des truies par sélection n’est donc pas une stratégie recommandée en lignée Tai Zumu puisque les truies assurent leur lactation majoritairement par le catabolisme des réserves corporelles.La dernière partie était dédiée à la mise en évidence de QTL pour les caractères numériques et pondéraux de la portée. Un faible nombre de QTL a été mis en évidence pour les caractères utilisés dans l’index de sélection de la lignée. Un seul QTL avec un effet modéré sur le nombre de porcelets nés vivants a été détecté sur le chromosome 14 ; il semble ségréger dans la population. Ce résultat peut être le fait de la pression de sélection forte appliquée sur la prolificité, puisque les QTL de la bibliographie sont majoritairement situés dans des régions du génome où les allèles Meishan sont en partie fixés en lignée Tai Zumu. Dans ce contexte, une sélection de type Sélection Assistée par Marqueur est difficilement envisageable. Si la variabilité génétique des caractères est le fruit de nombreux QTL à effets faibles, la sélection génomique devrait être plus adaptée.

L’objectif de cette thèse était d’identifier une mutation nommée FecLL affectant le nombre d’ovulations et la prolificité des brebis de race Lacaune et d’en analyser les conséquences physiologiques. En associant des approches de génétique et de biologie fonctionnelle à haut débit telles que le séquençage Roche 454 et la spectrométrie de masse, j’ai mis en évidence que la mutation FecLL est un haplotype de 2 SNPs présents dans des régions non-codantes d’un locus de 194,6kb porté par le chromosome 11 ovin. Cette mutation induit la surexpression ovarienne et l’activité du gène B4GALNT2 (beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyl transferase 2) codant une enzyme de glycosylation capable de transférer un sucre N-acétyl-galactosamine sur des glycoprotéines cibles, dont l’inhibine A, une hormone importante pour la fonction ovarienne. Les conséquences de cette glycosylation atypique sont une altération de la production d’inhibine A chez les brebis Lacaune mutées, proposée comme mécanisme initiateur de leur hyper-prolificité. / The aim of this thesis was to identify a mutation called FecLL affecting ovulation rate and prolificacy of Lacaune sheep and to study its physiological consequences. By combining genetics and functional highthroughput biology approaches such as Roche 454 sequencing and mass spectrometry, I evidenced the FecLL mutation as a 2 SNP haplotype present in non-coding regions of a 194.6 kb locus on ovine chromosome 11. This mutation induces ectopic overexpression and ovarian activity of the B4GALNT2 (beta-1,4-N-acetylgalactosaminyl transferase 2) gene encoding a glycosylation enzyme capable of transferring a N-acetylgalactosamine sugar on target glycoproteins. Among those targets, I highlighted inhibin A, an important hormone in ovarian function. The consequences of this atypical glycosylation lead to impaired production of inhibin A in Lacaune mutated sheep proposed as an initiator mechanism of their hyper- prolificacy.