Água purificada para uso em ambientes de saúde e preparação industrial de produtos médico-odonto-hospitalar deve ter uma carga reduzida de contaminação microbiológica e pirogênio. As amostras analisadas foram coletadas em 13 (treze) diferentes estágios de um sistema de purificação de água, sendo isoladas 78 colônias. Para a identificação dos microrganismos foram utilizados: (i) identification system for non-enteric gram-negative rods (api 20 NE, bio Mérieux) e (ii) identification system for enteric and nonfermenter (BBL crystal, Becton Dickinson). De acordo com os resultados pode-se observar uma maior prevalência para Pseudomonas aeruginosa 32,05% (25 colônias dentre as 78 isoladas); Pseudomonas picketti 23,08% (18); Pseudomonas vesiculares 12,82% (10); Pseudomonas diminuta 11,54% (09); Flavobacterium aureum 6,42% (05); Pseudomonas fluorescences 5,13% (04); Acinetobacter Iwoffi 2,56% (02); Pseudomonas putida 2,56% (02); Pseudomonas alcaligenes 1,28% (01); Pseudomonas paucimobilis 1,28% (01), Flavobacterium multivorum 1,28% (01). A eficácia dos agentes sanitizantes utilizados para higienização dos diferentes pontos foi determinada pela concentração inibitória mínima (CIM) e tempo de redução decimal (valor D). Como o hipoclorito de sódio é largamente utilizado na higienização do tanque de água de alimentação, tanque de estocagem da água purificada e nas linhas de distribuição aos pontos de uso, este foi testado frente a todos os microrganismos sendo observado menor resistência para Escherichia coli ATCC 25922 (0.06%=600mg/L), quando comparada a P. aeruginosa isolada e identificada (O,25%=2500mg/L). O tempo de redução decimal (Valor D) da Escherichia coli ATCC 25922 foi de 4 minutos e o valor D da P. aeruginosa isolada e identificada e isolada in house foi de 9 minutos. / The samples of water, which were taken directly from the public distribution water tank and at twelve different stages of a typical purification system, were analyzed for the identification of isolated bacteria. The efficacy of the chemical sanitizers used in the stages of the system, over the isolated and identified bacteria in the sampling water, was valuated by the minimum inhibitory concentration (MIC and decimal reduction time (D-values). According to the miniature kits used in the identification, there was a prevalence of isolation by P. aeruginosa 32,05 % , P. picketti (Ralstonia picketti) 23,08%, P. vesiculares 12,82%, P. diminuta 11.54%, F.aureum 6,42%, P.fluorescens 5,13%, A.lowffi 2,56%, P.putida 2,56%, P. alcaligenes 1,28%, P.paucimobilis 1,28%, and F. multivorum 1,28%. The efficacy of the agents varied with the concentration and time of contact to reduce a decimal logarithmic (loglO) population (n cycles): (i) 0.5% citric acid (0= 4 min) for 30 min reduced n=7 cycles; (ii) 0.5% chloridric acid (0= 6 min) for 30 min reduced n= 4 cycles; (iii) 70% alcohol (0= 9 min) for 1.0 min (n=0.2 cycles); (iv) 0.5% sodium bisulphite (0= 6 min) for 90 min (n=14 cycles); (v) 0.4% sodium hydroxide (0= 8 min) for 30 min (n=3.0 cycles); (vi) 0.5% sodium hypochlorite (0=9 min) for 180 min (n = 19 cycles); (vii) mixture of hydrogen peroxide (2,2%) plus peracetic acid (0.45%), 0= 6 min, contact time of 180 min, reduced n = 32 cycles of the population. The sterility assurance level (SAL) of 10-6 was attained for the 0.5% sodium hypochlorite solution applied in the water purified storage tank and distribution loop; and for the mixture of H2O2 plus peracetic acid, used in the reverse osmose and in the deionizator systems.