La structure génétique du fondule barré (Fundulus diaphanus) dans le fleuve Saint Laurent, telle qu'estimée par la variation à huit locus microsatellites, est influencée par des facteurs historiques et contemporains. Premièrement, nous avons montré que la présence d'une zone de contact secondaire entre deux races glaciaires influence le patron d'isolement par la distance global. D'autre part, les signaux génétiques obtenus sont différents dans les zones influencées ou non par la marée, démontrant l'influence de l'hydrographie contemporaine du fleuve sur les mouvements de cette espèce. Dans un deuxième chapitre, nous avons étudié les mouvements de la même espèce à une grande échelle géographique, soit autour de la ville de Québec. En utilisant un système d'informations géographiques permettant de définir des distances qui tiennent compte d'éléments de paysage, nous avons identifié la présence de végétation et de la largeur intertidale comme étant un élément facilitant le flux génique entre populations tandis que les hausses soudaines de profondeur tendent à le restreindre. / Genetic structure of banded killifish (Fundulus diaphanus) in the St. Lawrence River, as estimated by variation at eight microsatellite loci, is influenced by historical and contemporary factors. First, we have shown that secondary contacts between two glacial races influence the global isolation by distance pattern. Furthermore, genetic signal in the tidal and non-tidal sections of the river were different, demonstrating the influence of contemporary waterscape of the St. Lawrence on this species' movements. In a second chapter, we studied the genetic structure at a larger geographical scale, namely around Québec City. Using a geographical information System allowing the integration of waterscape features into distances, we identified vegetation and intertidal width presence as an element facilitating gene flow among killifish populations, while sudden increase in water depth tends to restrict it.