Une série de lacs méromictiques existent le long de la côte nord de l'île d'Ellesmere au Nunavut (Canada). Ces lacs hautement stratifiés possèdent un couvert de glace p~rmanent qui contribue à maintenir la stabilité de gradients de salinité et de température dans ces écosystèmes. La limnologie physique et chimique de ces lacs polaires est bien connue. Cependant, nous en savons très peu sur les populations microbiennes qu'ils abritent. L' objectif pr~ncipal de ce travail est de décrire la diversité microbienne et les conditions environnementales dans les lacs de façon à relier la composition et la fonction des communautés aux propriétés physico-chimiques. Le profil de l'oxygène dissous divise ces écosystèmes aquatiques en trois couches d'eau distinctes: une zone riche en oxygène dans la partie supérieure du lac, suivie d'une zone de transition et d'une zone anoxique en profondeur. Nous avons échantillonné chacune de ces trois couches afin de prélever des échantillons d'ADN dans le but de décrire, à l'aide d'outils moléculaires (clonage moléculaire, PCR quantitative) la diversité et la fonction des communautés d'Archaea dans deux lacs méromictiques arctiques (A et Cl). Nos résultats révèlent la présence de diverses communautés d'Archaea dans les lacs et une différence prononcée de cette diversité entre les profondeurs échantillonnées. De plus, la présence d'un gène associé à la nitrification, le gène amoA, a pour la première fois été détectée dans un environnement lacustre. Cette découverte nous permet de supposer la présence d'Archaea nitrifiantes dans les lacs A et Cl.