La fièvre boutonneuse Méditerranéenne (FBM) est due à Rickettsia conorii subsp. conorii, bactérie intracellulaire stricte. Cette maladie, initialement décrite comme bénigne, présente actuellement un taux de sévérité de l’ordre de 10% avec une augmentation de cette sévérité décrite dernièrement. Au cours d’une étude clinique rétrospective portant sur 161 cas de FBM, nous avons observé que le traitement par fluoroquinolones était associé à une évolution défavorable, ce qui à ce jour n’avait jamais été rapporté, alors que la doxycycline semble être protectrice. Nous avons également observé cet effet délétère des fluoroquinolones sur un modèle in vitro d’infection cellulaire à R. conorii, effet qui n’a pas été observé avec la doxycycline. Une des hypothèses pouvant expliquer cet effet est l’induction du module toxine-antitoxine par les fluoroquinolones. Ainsi nous avons montré que la ciprofloxacine modulait l’expression des gènes du couple toxine-antitoxine. Nous avons également montré que les statines pouvaient avoir un effet prophylactique au cours de l’infection par R. conorii. Enfin nous avons étudié la réponse de l’hôte au sein de l’escarre d’inoculation par une approche transcriptomique.Cette thèse a mis en évidence que les traitements reçus au cours de la FBM peuvent modifier le pronostic de cette maladie. Le choix des antibiotiques est donc crucial et doit faire l’objet d’études complémentaires. / Mediterranean spotted fever (MSF) is caused by Rickettsia conorii subsp. conorii, a strict intracellular bacterium. The disease initially described as benign presents currently rates of severity around 10% with an increase described recently. In a retrospective clinical study of 161 cases of MSF, we observed that treatment with fluoroquinolones was associated with an unfavourable outcome whereas doxycycline appeared to be protective. We also observed this deleterious effect of fluoroquinolones in vitro in a cellular model of R. conorii infection, which was not observed with doxycycline. One hypothesis that could explain this effect is the induction of toxin-antitoxin module by fluoroquinolones. Thus we have shown that ciprofloxacin modulates the gene expression of toxin-antitoxin module. We have also shown that statins may have a prophylactic effect during infection by R. conorii. Finally, we have studied the host response within the inoculation eschar by a transcriptomic approach. This thesis has shown that the treatment received during the MSF can change the prognosis of this disease. The choice of antibiotics is crucial, and should be subject to further studies.