Orientadora: Profa. Dra. Helena Beatriz de Carvalho Ruthner Batista / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2016. / A raiva é uma zoonose que atinge todos os mamíferos e ocasiona encefalite fatal. O agente etiológico da infecção é o vírus da raiva (RABV), um vírus RNA membro da família Rhabdoviridae, gênero Lyssavirus. Morcegos e cães são os principais reservatórios do vírus na América Latina e são responsáveis pela manutenção de diferentes ciclos da infecção, denominados ciclos "aéreo, silvestre e rural", onde os morcegos são os maiores protagonistas, e o ciclo urbano, onde os cães domésticos são os principais reservatórios. Nos estados do Rio Grande do Sul (RS) e Santa Catarina (SC), sul do Brasil, a raiva em cães domésticos tem sido controlada por mais de 20 anos. A raiva rural, porém, ainda é endêmica e os bovinos têm sido acometidos de forma frequente com oscilações periódicas em ambos estados. Apesar do aumento nos estudos sobre análises genéticas de isolados brasileiros do RABV, vírus do sul do Brasil têm sido pouco estudados. Este trabalho foi realizado para identificar linhagens genéticas de RABV que circulam nos estados do RS e SC, a fim de contribuir no entendimento das razões para perpetuação da raiva rural na região. Foram selecionadas 50 amostras isoladas de bovinos no RS e 9 em SC e submetidas a Transcrição Reversa seguida da Reação em Cadeia pela Polimerase (RT-PCR) e sequenciamento genético da nucleoproteína do RABV. Foi possível identificar, no RS, a circulação de duas sublinhagens (1A e 1B) de RABV, ambas com características semelhantes a linhagem genética de morcegos hematófagos Desmodus rotundus. Em SC foi identificada apenas uma sublinhagem de RABV (1B). Não foram identificados marcadores genéticos específicos que possam ser relacionados com a distribuição geográfica dos vírus. / Rabies is a zoonosis that affects all mammals and causes fatal encephalitis. The etiological agent of the infection is rabies vírus (RABV), a RNA virus member of the family Rhabdoviridae, genus Lyssavirus. Bats and dogs are the main reservoirs of the virus in Latin America and are responsible for the maintenance of the different cycles of infection, namely the "aerial, sylvatic and rural" cycles, where bats are major protagonists, and the urban cycle, where domestic dogs are main reservoirs. In the states of Rio Grande do Sul (RS), and Santa Catarina (SC), Southern Brazil, rabies in domestic dogs has been successfully controlled for more than 20 years. However, rural rabies is still endemic; in cattle has been prone to periodic oscillations in frequency in both states. Despite the plethora of studies on genetic analyses of Brazilian RABV isolates, viruses from Southern Brazil have only scarcely been investigated. This work was performed to identify genetic lineages of RABV circulating in states of RS and SC, in attempting to contribute to the understanding of the reasons for perpetuation of rabies in the region. Fifty RABV cattle isolates from RS and 9 from SC were selected and submitted to Reverse Transcriptase and Polimerase Chain Reaction (RT-PCR) and genetic sequencing of nucleoprotein of RABV. In RS, the circulation of two sublineages (1A and 1B) of RABV could be identified, both with characteristics of genetic lineages of viruses usually detected in haematophagous bats of the species Desmodus rotundus. In SC, only one sublineages of RABV (1B) was identified. No specific genetic markers that could be related to the viruses¿ geographical distribution were identified.